PDB-7z3j: Structure of crystallisable rat Phospholipase C gamma 1 in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z3j

タイトル

Structure of crystallisable rat Phospholipase C gamma 1 in complex with inositol 1,4,5-trisphosphate

要素

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1

キーワード

HYDROLASE / HYDROLASE COMPLEX AUTOINHIBITED STATE

機能・相同性

機能・相同性情報

PECAM1 interactions / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / phosphatidylinositol catabolic process / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / ISG15 antiviral mechanism ...PECAM1 interactions / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / phosphatidylinositol catabolic process / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / ISG15 antiviral mechanism / Downstream signal transduction / Signaling by ALK / Generation of second messenger molecules / Role of phospholipids in phagocytosis / DAP12 signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / VEGFR2 mediated cell proliferation / calcium-dependent phospholipase C activity / inositol trisphosphate biosynthetic process / RET signaling / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / response to curcumin / inositol trisphosphate metabolic process / phosphoinositide phospholipase C / FCERI mediated MAPK activation / response to gravity / phosphatidylinositol metabolic process / COP9 signalosome / phospholipase C activity / neurotrophin TRKA receptor binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / clathrin-coated vesicle / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / phosphatidylinositol-mediated signaling / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / glutamate receptor binding / ruffle / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell projection / phosphoprotein binding / insulin receptor binding / modulation of chemical synaptic transmission / calcium-mediated signaling / Schaffer collateral - CA1 synapse / receptor tyrosine kinase binding / response to hydrogen peroxide / epidermal growth factor receptor signaling pathway / ruffle membrane / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / T cell receptor signaling pathway / in utero embryonic development / calcium ion binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Pinotsis, N. / Bunney, T.D. / Katan, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Characterization of the membrane interactions of phospholipase C gamma reveals key features of the active enzyme.
著者: Le Huray, K.I.P. / Bunney, T.D. / Pinotsis, N. / Kalli, A.C. / Katan, M.

履歴

登録	2022年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z3j.cif.gz	562.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z3j.ent.gz	379.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6bpcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (7) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (6) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1

ヘテロ分子

137 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.760, 82.440, 230.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1 / Phosphoinositide phospholipase C-gamma-1 / Phospholipase C-gamma-1 / PLC-gamma-1 分子量: 135990.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Plcg1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10686, phosphoinositide phospholipase C
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸分子量: 420.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅O₁₅P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.91 % / 解説: ugly small crystals, however they diffract well
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 18.7 % PEG 3350, 0.1 M CBTP / PH範囲: 6.8-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→115.1 Å / Num. obs: 93254 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 49.37 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 10.83
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 28825 / CC_1/2: 0.234

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP	11.7.03	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6bpc

6bpc

解像度: 2→49.29 Å / SU ML: 0.3692 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.0714
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2564	4642	5 %
R_work	0.2237	88273	-
obs	0.2254	92915	98.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→49.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9063	0	44	243	9350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0087	9372
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0057	12688
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0552	1352
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1646
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.1726	3517

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.4657	148	0.4351	2803	X-RAY DIFFRACTION	94.8
2.02-2.05	0.4336	151	0.4127	2853	X-RAY DIFFRACTION	97.37
2.05-2.07	0.4039	150	0.3859	2924	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.07-2.1	0.3508	153	0.374	2899	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.1-2.13	0.3701	153	0.3523	2938	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.13-2.15	0.4045	154	0.3527	2907	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.15-2.19	0.3983	154	0.3332	2947	X-RAY DIFFRACTION	99.01
2.19-2.22	0.3683	154	0.3167	2927	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.22-2.25	0.3608	153	0.3141	2907	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2.25-2.29	0.3234	152	0.3109	2889	X-RAY DIFFRACTION	96.54
2.29-2.33	0.3809	153	0.3035	2924	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.33-2.37	0.3091	154	0.2909	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.37-2.42	0.3361	156	0.2801	2965	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.42-2.47	0.3308	155	0.2762	2933	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.47-2.52	0.3277	157	0.2635	2974	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.52-2.58	0.3038	156	0.2719	2960	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.58-2.64	0.3094	153	0.2607	2923	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.64-2.71	0.3568	156	0.2646	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.71-2.79	0.2937	156	0.2753	2960	X-RAY DIFFRACTION	99.17
2.79-2.88	0.3324	155	0.2791	2946	X-RAY DIFFRACTION	98.76
2.88-2.99	0.3086	155	0.2714	2938	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.99-3.11	0.2738	155	0.2522	2956	X-RAY DIFFRACTION	98.86
3.11-3.25	0.3182	156	0.2442	2946	X-RAY DIFFRACTION	98.1
3.25-3.42	0.2726	153	0.2351	2918	X-RAY DIFFRACTION	97
3.42-3.63	0.2427	157	0.2157	2984	X-RAY DIFFRACTION	98.96
3.63-3.91	0.2215	157	0.1897	2985	X-RAY DIFFRACTION	98.84
3.91-4.31	0.1919	159	0.1722	3010	X-RAY DIFFRACTION	99.03
4.31-4.93	0.1848	157	0.1608	2983	X-RAY DIFFRACTION	98.12
4.93-6.21	0.217	158	0.1832	3014	X-RAY DIFFRACTION	97.15
6.21-49.29	0.1993	162	0.1774	3061	X-RAY DIFFRACTION	94.29

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.70943357595	0.286259722482	-0.531121797191	1.86027151741	0.222257279281	3.20982349332	-0.0484284139442	-1.10036563511	-0.565935929057	0.220569606513	-0.00855737984642	-0.804628380906	0.656144188232	1.35171272178	0.0482021051733	0.547350539716	0.307386858045	-0.0924047250977	1.27379480632	0.0288204887027	0.813262260599	44.4840167249	10.1885370518	46.1625848197
2	2.89540223454	-0.384663145331	-0.205062043234	1.64651504222	-0.220504265924	1.66550330282	0.0350411470894	-0.111669608079	0.255332965098	-0.316853060476	0.180108621393	-0.828036218079	-0.234217964505	0.765961928442	-0.0505297131238	0.545296519312	-0.147854866473	0.123057886452	0.782428864417	-0.153491983276	0.759367752944	46.5461252463	32.3075064997	23.1637001084
3	0.491227535765	0.00397833642916	-0.436420395826	2.50906120152	0.0682012322466	2.4547201781	-0.0249277142336	-0.219017548675	0.0177812713993	0.339382796851	0.0559966988932	-0.0407020921492	0.106088467177	0.276380267876	-0.027291560457	0.333609506429	0.0426471892206	-0.0371592470354	0.450226765895	-0.0411552778447	0.355960402257	16.0138812569	17.9133027537	55.0258438046
4	2.51126203509	2.20845599598	0.756068759236	2.2393931866	-0.909182663837	2.9096535286	0.155375233991	-0.226167098926	0.405884079247	0.312935679253	0.103536658746	-0.00967462619563	-0.229547702537	-0.101985770242	-0.0755503505679	0.479459211092	-0.0174569692013	-0.00574620948538	0.36315899364	-0.0130756884075	0.391405849973	7.2366793625	-4.48061969008	34.1068753351
5	3.54985162459	-0.437625894049	1.35382758642	2.62894168759	0.708554883527	2.54381873627	0.0696067354682	-0.0470194779567	-0.071148641118	0.0884685804089	-0.0164569655704	0.0329275372327	0.18044681801	0.00331651868131	-0.0727264312191	0.442628155448	-0.0215843462288	0.0162482086607	0.413732940918	-0.0187365301774	0.415958409703	57.4663543972	-15.0096843047	6.8286828264
6	2.06344894147	0.0596404879445	-0.895689581997	1.41585772903	-0.0301509835056	2.23944825163	0.13253103663	-0.167384649596	0.0837606002906	-0.0319992718505	-0.0519921814714	-0.0558422120469	-0.0605335939533	0.172867771543	-0.0709884344559	0.488066830769	-0.00743359349023	0.0125605148311	0.385663459396	-0.0664067548043	0.410047007229	26.1314773812	-3.59522478039	9.4130812644
7	-0.236515906931	-0.414029654033	-0.481122881937	2.80369495301	0.799676676075	0.350021206183	0.0860519523436	-0.255080484086	0.219503880214	0.328493134694	-0.0494697542237	-0.0875652556016	-0.154384761165	-0.0481441830778	-0.0151134044505	0.416170010658	-0.038354933989	-0.0295738482385	0.27779944435	-0.00865107523643	0.376069006144	5.21336271688	-33.7941633407	15.5223395041
8	0.596438136418	0.200007715132	0.0411267080397	1.3467033955	1.93743448596	1.62890785711	-0.012330355079	-0.0341040322288	0.0242587232604	-0.243265480455	-0.0160566056265	-0.0822872610152	-0.0372494598307	-0.11017420337	0.0252930108279	0.491793701675	0.00896246775973	-0.0105615641431	0.470010778904	0.0231385179046	0.426844200771	4.41070225396	-16.9771069538	24.8598685629
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10	1.28535855764	-0.0740420671873	-0.445160711257	0.758704541639	-0.190927525579	1.15512299593	0.0651433944246	0.00038767111793	0.114599017949	-0.319214909825	0.0834806798076	-0.00933681665776	-0.248201456356	0.0640666907856	-0.0986164355604	0.451053926318	-0.0574529548019	0.00296352454843	0.378664999642	-0.0462549683215	0.423714859632	20.3901857323	31.0521674772	24.7355850785

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and ((resseq 19:148))	19 - 148	1 - 130
2	2	chain 'A' and ((resseq 149:308))	149 - 308	131 - 265
3	3	chain 'A' and ((resseq 309:478))	309 - 478	266 - 435
4	4	chain 'A' and ((resseq 479:524))	479 - 524	436 - 481
5	5	chain 'A' and ((resseq 544:661))	544 - 661	482 - 599
6	6	chain 'A' and ((resseq 662:767))	662 - 767	600 - 705
7	7	chain 'A' and ((resseq 768:828))	768 - 828	706 - 744
8	8	chain 'A' and ((resseq 829:912))	829 - 912	745 - 828
9	9	chain 'A' and ((resseq 925:1061))	925 - 1061	841 - 965
10	10	chain 'A' and ((resseq 1062:1193))	1062 - 1193	966 - 1097

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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