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- PDB-7z2p: Tubulin-nocodazole complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z2p
タイトルTubulin-nocodazole complex
要素
  • (Tubulin beta-2B ...) x 2
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
キーワードCELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. ...Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / nocodazole / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Prota, A.E. / Muehlethaler, T. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.
資金援助 スイス, European Union, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_166608 スイス
European CommissionID239047 NEONEuropean Union
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Novel fragment-derived colchicine-site binders as microtubule-destabilizing agents.
著者: de la Roche, N.M. / Muhlethaler, T. / Di Martino, R.M.C. / Ortega, J.A. / Gioia, D. / Roy, B. / Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Cavalli, A.
履歴
登録2022年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin beta-2B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,18420
ポリマ－261,6316
非ポリマー3,55314
水13,998777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.732, 158.090, 179.553
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ACE

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043

-
Tubulin beta-2B ... , 2種, 3分子 BDF

#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#4: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 7種, 791分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-NW6 / nocodazole / ノコダゾ-ル


分子量: 301.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11N3O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗腫瘍剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.37 Å / Num. obs: 200305 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1231 / Rpim(I) all: 0.03467 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 14.63
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / Num. unique obs: 19421 / CC1/2: 0.393

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5LXT

5lxt


解像度: 2→49.37 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 19421 4.99 %
Rwork0.1784 368517 -
obs0.1799 200301 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 161.98 Å2 / Biso mean: 50.451 Å2 / Biso min: 18.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17335 0 244 777 18356
Biso mean--41.58 47.43 -
残基数----2190
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.020.37645880.3479111571174590
2.02-2.050.32446490.30731228812937100
2.05-2.070.34356470.30231228812935100
2.07-2.10.32456480.29231235213000100
2.1-2.130.30866470.27671236113008100
2.13-2.150.28646450.26821230312948100
2.15-2.190.28026470.2541236313010100
2.19-2.220.26146480.24381227612924100
2.22-2.250.25566410.22931233512976100
2.25-2.290.23626480.22131231912967100
2.29-2.330.24566510.22321231912970100
2.33-2.370.24746470.21591233612983100
2.37-2.420.24286460.20391231712963100
2.42-2.470.22726490.19091233412983100
2.47-2.520.22366450.18871229112936100
2.52-2.580.22466500.18411232312973100
2.58-2.640.23116410.18491233312974100
2.64-2.710.23456490.18681234012989100
2.71-2.790.21996510.19111229212943100
2.79-2.880.23066500.19341236313013100
2.88-2.990.23056500.18481233012980100
2.99-3.110.20576470.17371234712994100
3.11-3.250.23316460.18321230412950100
3.25-3.420.21666480.17921231612964100
3.42-3.630.19456580.16121232812986100
3.63-3.910.17846410.14781233012971100
3.91-4.310.16636520.13671229612948100
4.31-4.930.14566500.12541232412974100
4.93-6.210.18276500.16051231512965100
6.21-49.370.17136440.15441233712981100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72630.1216-0.14552.51570.78152.041-0.0310.07770.0739-0.20030.216-0.2406-0.45530.3333-0.16320.3771-0.08610.06680.3632-0.13150.338931.699986.634852.2879
21.2722-0.1566-0.03082.03130.2152.24520.11760.0534-0.06610.23270.00410.0237-0.10010.0767-0.09810.33460.01610.05580.2902-0.09510.351121.078984.57964.4692
30.86180.6708-0.41181.15970.61272.55160.27570.08330.02560.0923-0.27050.59250.0819-0.47-0.0160.415-0.00760.14450.3963-0.14550.49559.344484.601671.2622
40.36520.13080.07482.60861.27251.97250.0102-0.0958-0.0160.57470.02990.12420.17650.0552-0.03440.3723-0.00310.05480.321-0.0840.312923.18277.009869.8342
51.8535-0.3252-0.15951.7991-0.10771.53860.03720.03480.3996-0.2015-0.06060.2028-0.6439-0.1602-0.01270.43540.0421-0.00010.3006-0.06390.421914.912971.94322.6013
61.9784-1.17280.17013.35840.68991.97110.21390.33970.1026-1.0906-0.26520.1356-0.7035-0.10280.09310.48790.0408-0.02550.3166-0.02190.35717.929266.841612.7992
71.2917-0.4232-0.15671.58680.72381.75040.0430.04570.1327-0.16780.0682-0.1328-0.26250.178-0.10410.2521-0.01680.0360.351-0.10150.32426.544556.385520.7871
80.1606-0.4604-0.22451.43420.62691.942-0.0698-0.1026-0.0330.1275-0.13460.31040.0662-0.35480.15520.2291-0.01850.0260.3568-0.13210.389911.331950.775527.1937
91.29850.1570.72550.3048-0.36332.17380.02050.0310.18550.2362-0.09430.0334-0.37760.00740.0570.32280.00450.05020.3162-0.12850.383620.22964.116539.1352
101.167-0.5479-0.14461.92540.86271.0288-0.1113-0.0441-0.1180.1234-0.19030.34180.0417-0.57550.28010.3402-0.05310.06910.5413-0.18520.49131.648756.457738.8623
112.3388-1.1367-0.47740.9520.39961.3744-0.3679-0.21980.1930.63680.15910.1674-0.441-0.7430.16830.44970.1070.0570.5603-0.15440.46664.448264.88846.871
121.9167-0.28110.45230.88160.32881.6665-0.1383-0.17670.14640.22610.01570.1941-0.0237-0.59570.1080.32650.02290.04760.3894-0.15990.41469.030662.477844.9002
130.5338-0.3847-0.05330.92851.04691.7821-0.0477-0.0957-0.03690.4553-0.17570.53020.4198-0.2290.16960.3159-0.02830.06960.3342-0.08040.329815.024143.224834.2933
140.63330.16910.33062.05971.08432.22350.0126-0.0446-0.12640.4941-0.0411-0.16060.56960.1524-0.01440.30610.0245-0.06150.299-0.02880.295726.030138.104530.9573
150.946-0.2984-0.01662.09970.32931.3986-0.04460.12410.0906-0.20140.106-0.0595-0.12680.1655-0.04450.2276-0.060.03810.2931-0.02430.263820.468232.9557-11.8308
160.8119-0.46310.05071.29440.88891.2445-0.0179-0.01850.02830.0884-0.05660.08710.1027-0.15030.06740.2158-0.05220.04050.2623-0.02060.26867.886925.97723.2019
173.11750.2682-0.21892.1578-0.59721.87110.00830.57910.2461-0.33840.14420.21290.0526-0.043-0.15880.4289-0.08560.05680.5906-0.03560.282117.35679.7244-44.1584
181.8865-0.2683-0.57611.2637-0.19081.9362-0.04330.316-0.1836-0.21510.121-0.22090.19850.1751-0.04660.4388-0.02010.06980.4883-0.19190.340924.3704-4.0619-36.8363
191.4097-0.06480.25060.69670.58881.20050.00760.2407-0.0356-0.287-0.0030.04280.1052-0.1124-0.02490.3157-0.04330.02760.3971-0.09080.307811.94543.7531-24.051
201.5315-0.4138-0.35741.2434-0.03281.738-0.17930.229-0.2520.00650.09110.21490.2299-0.19470.08090.3976-0.07030.0230.3576-0.09910.3258.5618-3.1124-21.0528
211.9901-0.3585-1.18791.06530.71271.9267-0.3856-0.0809-0.82480.15150.0644-0.070.60130.61-0.06560.62540.09780.05740.4928-0.19530.615430.4937-17.1939-24.5197
221.5804-0.2607-0.16880.32940.09710.9715-0.2191-0.21910.16790.69110.3302-0.36120.19050.4985-0.12520.8445-0.03530.02260.4678-0.16830.479927.621893.025281.6872
230.129-0.2319-0.30810.15570.09680.3423-0.0967-0.0102-0.02730.01470.545-0.41830.09840.762-0.33890.30750.0430.02560.6145-0.24860.522343.177827.90123.8636
241.22850.7641-0.40283.1985-0.03110.612-0.59770.5757-0.5474-0.30180.079-0.27191.502-0.3180.14910.9674-0.19360.21990.4942-0.17820.46676.60754.662169.6962
251.36730.42090.76621.199-0.8062.18860.0165-0.8785-0.2940.2643-0.3541-0.77650.10941.56760.24480.64330.1746-0.05241.25040.22650.669317.786659.8168104.474
262.32920.6439-1.99880.96070.05192.0983-0.4966-0.065-0.63240.15210.1787-0.07710.8928-0.0380.00560.79910.03080.14330.32090.06180.5485-1.303553.141894.7625
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 199 )A1 - 199
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 200 through 273 )A200 - 273
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 274 through 311 )A274 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 312 through 439 )A312 - 439
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 56 )B1 - 56
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 57 through 88 )B57 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 89 through 180 )B89 - 180
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 181 through 238 )B181 - 238
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 239 through 268 )B239 - 268
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 269 through 311 )B269 - 311
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 312 through 338 )B312 - 338
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 339 through 372 )B339 - 372
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 373 through 401 )B373 - 401
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 402 through 438 )B402 - 438
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 199 )C1 - 199
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 200 through 440 )C200 - 440
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 88 )D1 - 88
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 89 through 238 )D89 - 238
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 239 through 295 )D239 - 295
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 296 through 399 )D296 - 399
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 400 through 441 )D400 - 441
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 6 through 46 )E6 - 46
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 47 through 143 )E47 - 143
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 1 through 66 )F1 - 66
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 67 through 184 )F67 - 184
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 185 through 378 )F185 - 378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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