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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7z2p | |||||||||
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Title | Tubulin-nocodazole complex | |||||||||
![]() |
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![]() | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | |||||||||
Function / homology | ![]() tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Prota, A.E. / Muehlethaler, T. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Novel fragment-derived colchicine-site binders as microtubule-destabilizing agents. Authors: de la Roche, N.M. / Muhlethaler, T. / Di Martino, R.M.C. / Ortega, J.A. / Gioia, D. / Roy, B. / Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Cavalli, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 748.3 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 87.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 119.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7z2nC ![]() 5lxtS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 3 molecules ACE
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Tubulin beta-2B ... , 2 types, 3 molecules BDF
#2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 791 molecules ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/NW6.gif)
![](data/chem/img/ACP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/NW6.gif)
![](data/chem/img/ACP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-ACP / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 2, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→49.37 Å / Num. obs: 200305 / % possible obs: 99.77 % / Redundancy: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1231 / Rpim(I) all: 0.03467 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 14.63 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.072 Å / Num. unique obs: 19421 / CC1/2: 0.393 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5LXT Resolution: 2→49.37 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.25 / Phase error: 21.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 161.98 Å2 / Biso mean: 50.451 Å2 / Biso min: 18.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→49.37 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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