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- PDB-7z2m: Crystal Structure of the 11.003 Fab in complex with human IL-17A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z2m
タイトルCrystal Structure of the 11.003 Fab in complex with human IL-17A
要素
  • 11.003 Fab heavy-chain
  • 11.003 Fab light-chain
  • Interleukin-17A
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Cytokine / IL-17A
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway ...positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / intestinal epithelial structure maintenance / fibroblast activation / positive regulation of bicellular tight junction assembly / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / keratinocyte proliferation / cellular response to interleukin-1 / defense response to fungus / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell signaling / defense response to Gram-negative bacterium / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17, chordata / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine-knot cytokine / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Rondeau, J.M. / Lehmann, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: "Redirecting an anti-IL-1 beta antibody to bind a new, unrelated and computationally predicted epitope on hIL-17A".
著者: Fischman, S. / Levin, I. / Rondeau, J.M. / Strajbl, M. / Lehmann, S. / Huber, T. / Nimrod, G. / Cebe, R. / Omer, D. / Kovarik, J. / Bernstein, S. / Sasson, Y. / Demishtein, A. / Shlamkovich, ...著者: Fischman, S. / Levin, I. / Rondeau, J.M. / Strajbl, M. / Lehmann, S. / Huber, T. / Nimrod, G. / Cebe, R. / Omer, D. / Kovarik, J. / Bernstein, S. / Sasson, Y. / Demishtein, A. / Shlamkovich, T. / Bluvshtein, O. / Grossman, N. / Barak-Fuchs, R. / Zhenin, M. / Fastman, Y. / Twito, S. / Vana, T. / Zur, N. / Ofran, Y.
履歴
登録2022年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 11.003 Fab light-chain
B: 11.003 Fab heavy-chain
C: 11.003 Fab light-chain
D: 11.003 Fab heavy-chain
E: 11.003 Fab light-chain
F: 11.003 Fab heavy-chain
G: Interleukin-17A
H: 11.003 Fab heavy-chain
I: Interleukin-17A
J: Interleukin-17A
K: Interleukin-17A
L: 11.003 Fab light-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,77715
ポリマ－247,50112
非ポリマー2763
水27,1491507
1
A: 11.003 Fab light-chain
B: 11.003 Fab heavy-chain
E: 11.003 Fab light-chain
F: 11.003 Fab heavy-chain
J: Interleukin-17A
K: Interleukin-17A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,9358
ポリマ－123,7506
非ポリマー1842
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 11.003 Fab light-chain
D: 11.003 Fab heavy-chain
G: Interleukin-17A
H: 11.003 Fab heavy-chain
I: Interleukin-17A
L: 11.003 Fab light-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8437
ポリマ－123,7506
非ポリマー921
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.996, 107.335, 269.297
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体
11.003 Fab light-chain


分子量: 23640.256 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab light-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質
11.003 Fab heavy-chain


分子量: 24115.092 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab heavy-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
Interleukin-17A / IL-17 / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8


分子量: 14119.862 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T1 / 参照: UniProt: Q16552
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M sodium potassium tartrate, 20% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999802 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月8日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.899→134.649 Å / Num. obs: 190056 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 38.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.138 / Net I/av σ(I): 11.1 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.899-1.90510.92.782035918690.3270.9132.931.198.2
8.811-134.6499.40.0342024421500.9990.0110.03637.299.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.01 Å134.76 Å
Translation2.01 Å134.76 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJan 31, 2020データ削減
AimlessCCP4-7.0データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
BUSTER2.11.7 (20-MAY-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HR9

4hr9


解像度: 1.899→134.649 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.134
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2273 9498 5.04 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.2026 188538 98 %-
原子変位パラメータBiso max: 100.32 Å2 / Biso mean: 41.45 Å2 / Biso min: 20.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7758 Å20 Å20 Å2
2---3.2424 Å20 Å2
3---1.4666 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.899→134.649 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16443 0 18 1507 17968
Biso mean--46.43 46.63 -
残基数----2124
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5597SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2820HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17021HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2219SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14383SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d17021HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg23202HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.12
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 206 5.46 %
Rwork0.2079 3565 -
all0.2089 3771 -
obs--85.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.18230.1025-0.07260.14070.10280.86250.0198-0.0393-0.0234-0.02340.0382-0.06370.0348-0.0777-0.05810.03470.00640.011-0.11420.00820.000816.7561-13.956727.0103
20.03150.03530.64440.3636-0.17921.9823-0.04940.02330.0439-0.0345-0.0138-0.0239-0.050.16270.0632-0.01310.00990.0076-0.0640.0134-0.011929.7466-3.348528.8735
300.04040.16460.4101-0.33311.17330.06290.0718-0.04490.02150.00150.01360.0730.1015-0.0644-0.0310.0284-0.0037-0.0645-0.00180.0056-8.6953-27.289275.1046
40.0043-0.00820.43260.263-0.14552.58860.0309-0.00770.06870.03810.02840.0093-0.0481-0.2261-0.0593-0.02350.02920.013-0.0568-0.0032-0.0253-25.092-21.750474.0034
50.1204-0.16160.55150.4078-0.312.24210.04780.21050.01920.14790.0217-0.00160.10480.4424-0.06950.01470.0099-0.0035-0.0634-0.0302-0.080234.4527-29.7636115.189
60.0626-0.14820.39190.24340.02872.01360.05630.06620.02980.12710.08710.1019-0.0908-0.0054-0.14340.1199-0.01510.0501-0.1729-0.0035-0.040318.2374-21.9639114.412
70.5463-0.7785-0.60783.20910.30451.40570.0478-0.10480.0448-0.15970.0307-0.0191-0.0471-0.0641-0.07850.01440.0084-0.0058-0.09790.0027-0.0606-19.5304-13.048535.6186
80.11850.05780.44140.355-0.10362.018-0.0010.03140.02460.0009-0.00020.0553-0.12710.23140.00110.0433-0.0113-0.0112-0.097-0.0043-0.0593-11.1126-4.1262-12.8847
90.1078-0.4316-0.33493.0073-0.05941.02170.0065-0.0515-0.0244-0.0231-0.0330.035-0.11610.10670.02650.04830.0025-0.0091-0.1114-0.021-0.0588-13.0177-9.354727.7804
100.491-0.6976-0.51984.29110.63041.60790.0511-0.02590.0270.20250.0707-0.0222-0.0687-0.0583-0.12180.03520.0240.0031-0.121-0.0079-0.073920.597-12.565177.3997
110.13140.0838-0.22874.09220.52261.1273-0.0106-0.07930.02660.08470.02790.005500.0676-0.01730.01770.0352-0.0141-0.0829-0.0306-0.058327.3863-10.343167.4129
120.05260.2551-0.04970.36560.24571.6217-0.0167-0.01710.0126-0.0015-0.02750.01560.1328-0.01830.04420.05460.00460.0047-0.1321-0.009-0.0346-23.0059-16.2825-14.8473
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E1 - 214
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F1 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G19 - 131
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H1 - 221
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }I20 - 126
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }J18 - 128
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }K21 - 126
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }L1 - 213

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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