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- PDB-7z1x: Crystal structure of human Gasdermin D complexed with nanobodies ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z1x
タイトルCrystal structure of human Gasdermin D complexed with nanobodies VHH-2 and VHH-6
要素
  • Gasdermin-D
  • VHH-2
  • VHH-6
キーワードIMMUNE SYSTEM / Gasdermin D / GSDMD / nanobody / VHH / inflammation / pyroptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroptotic cell death / pore complex assembly / Release of apoptotic factors from the mitochondria / wide pore channel activity / NLRP3 inflammasome complex / phosphatidic acid binding / Regulation of TLR by endogenous ligand / cardiolipin binding / Interleukin-1 processing / phosphatidylinositol-4-phosphate binding ...pyroptotic cell death / pore complex assembly / Release of apoptotic factors from the mitochondria / wide pore channel activity / NLRP3 inflammasome complex / phosphatidic acid binding / Regulation of TLR by endogenous ligand / cardiolipin binding / Interleukin-1 processing / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylserine binding / pyroptotic inflammatory response / protein secretion / Pyroptosis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / mitochondrial membrane / protein homooligomerization / specific granule lumen / positive regulation of inflammatory response / tertiary granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / ficolin-1-rich granule lumen / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gasdermin / Gasdermin, PUB domain / Gasdermin PUB domain / Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Kopp, A. / Hagelueken, G. / Geyer, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)IRTG 2168 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Pyroptosis inhibiting nanobodies block Gasdermin D pore formation.
著者: Kopp, A. / Hagelueken, G. / Jamitzky, I. / Moecking, J. / Schiffelers, L.D.J. / Schmidt, F.I. / Geyer, M.
履歴
登録2022年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gasdermin-D
B: VHH-2
C: VHH-6
D: Gasdermin-D
E: VHH-2
F: VHH-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,3906
ポリマ－157,3906
非ポリマー00
水10,034557
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.353, 108.353, 124.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Gasdermin-D / Gasdermin domain-containing protein 1


分子量: 48818.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSDMD, DFNA5L, GSDMDC1, FKSG10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57764
#2: 抗体 VHH-2


分子量: 14457.917 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 VHH-6


分子量: 15419.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 20 mg/ml protein complex; 0.04 M NaCl, 25.8% (v/v) PEG400, 0.05 M Na3Cit pH 4.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976255 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976255 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→93.84 Å / Num. obs: 136585 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0163 / Rpim(I) all: 0.0163 / Rrim(I) all: 0.02305 / Net I/σ(I): 17.43
反射 シェル解像度: 1.86→1.926 Å / Rmerge(I) obs: 0.8545 / Mean I/σ(I) obs: 0.73 / Num. unique obs: 13351 / CC1/2: 0.443 / Rpim(I) all: 0.8545

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20_4444: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6N9O, 5IVO

6n9o

5ivo


解像度: 1.86→93.84 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 78.45 / 位相誤差: 31.31 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 4016 1.48 %
Rwork0.2124 --
obs0.2238 136585 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→93.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9660 0 0 557 10217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7251352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081751
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.890.28761610.308311140X-RAY DIFFRACTION81
1.89-1.930.32592080.310813390X-RAY DIFFRACTION98
1.93-1.960.34891920.316913587X-RAY DIFFRACTION99
1.96-20.31041960.316313501X-RAY DIFFRACTION99
2-2.050.3772000.313613580X-RAY DIFFRACTION99
2.05-2.090.29452080.323413316X-RAY DIFFRACTION98
2.09-2.150.33922000.318313537X-RAY DIFFRACTION99
2.15-2.20.30192120.32413647X-RAY DIFFRACTION98
2.2-2.270.31721920.317613398X-RAY DIFFRACTION99
2.27-2.340.30542000.321213520X-RAY DIFFRACTION99
2.34-2.430.28972080.318413614X-RAY DIFFRACTION98
2.43-2.520.30682080.313113484X-RAY DIFFRACTION98
2.52-2.640.31191880.29813487X-RAY DIFFRACTION99
2.64-2.780.32592080.277913512X-RAY DIFFRACTION98
2.78-2.950.29931800.268713518X-RAY DIFFRACTION99
2.95-3.180.28232040.240913546X-RAY DIFFRACTION99
3.18-3.50.23822000.217413497X-RAY DIFFRACTION99
3.5-40.23732000.182513580X-RAY DIFFRACTION99
4-5.040.18471960.14413388X-RAY DIFFRACTION99
5.05-93.840.25322240.180213503X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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