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万見
- PDB-7z1k: Crystal structure of the SPOC domain of human SHARP (SPEN) in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z1k
タイトルCrystal structure of the SPOC domain of human SHARP (SPEN) in complex with RNA polymerase II CTD heptapeptide phosphorylated on Ser5
要素
  • Msx2-interacting protein
  • SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / human SHARP / SPOC domain / RNA polymerase II CTD heptapeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOBTB1 GTPase cycle / positive regulation of neurogenesis / Notchシグナリング / transcription repressor complex / transcription corepressor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...RHOBTB1 GTPase cycle / positive regulation of neurogenesis / Notchシグナリング / transcription repressor complex / transcription corepressor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
SHARP, RNA recognition motif 1 / SHARP, RNA recognition motif 2 / SHARP, RNA recognition motif 3 / SHARP, RNA recognition motif 4 / : / : / : / Msx2-interacting protein, RAM7 domain / Msx2-interacting protein, MID domain / Msx2-interacting protein, nuclear receptor-interacting domain ...SHARP, RNA recognition motif 1 / SHARP, RNA recognition motif 2 / SHARP, RNA recognition motif 3 / SHARP, RNA recognition motif 4 / : / : / : / Msx2-interacting protein, RAM7 domain / Msx2-interacting protein, MID domain / Msx2-interacting protein, nuclear receptor-interacting domain / Spen paralogue/orthologue C-terminal, metazoa / SPOC domain profile. / Spen paralogue and orthologue SPOC, C-terminal / SPOC domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Msx2-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Appel, L. / Grishkovskaya, I. / Slade, D. / Djinovic-Carugo, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The SPOC domain is a phosphoserine binding module that bridges transcription machinery with co- and post-transcriptional regulators.
著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Benedum, J. / Grishkovskaya, I. / Strobl, X. / Polyansky, A. / Ammann, G. / Platzer, S. / Neudolt, A. / Wunder, A. / Walch, L. / Kaiser, S. / Zagrovic, B. / ...著者: Appel, L.M. / Franke, V. / Benedum, J. / Grishkovskaya, I. / Strobl, X. / Polyansky, A. / Ammann, G. / Platzer, S. / Neudolt, A. / Wunder, A. / Walch, L. / Kaiser, S. / Zagrovic, B. / Djinovic-Carugo, K. / Akalin, A. / Slade, D.
履歴
登録2022年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Msx2-interacting protein
B: SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4522
ポリマ－20,4522
非ポリマー00
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.327, 60.517, 68.273
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Msx2-interacting protein / SMART/HDAC1-associated repressor protein / SPEN homolog


分子量: 18730.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPEN, KIAA0929, MINT, SHARP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96T58
#2: タンパク質・ペプチド SER-TYR-SER-PRO-THR-SEP


分子量: 1721.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→36.58 Å / Num. obs: 26393 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 26.82 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Num. unique obs: 1257 / CC1/2: 0.203

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OW1

1ow1


解像度: 1.55→35.23 Å / SU ML: 0.2547 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.6153
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 1331 5.08 %
Rwork0.2155 24889 -
obs0.217 26220 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→35.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1303 0 0 169 1472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00441329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73131814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0467216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8969186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.610.33651260.34942332X-RAY DIFFRACTION94.32
1.61-1.670.3781370.34032433X-RAY DIFFRACTION97.61
1.67-1.750.381340.34922478X-RAY DIFFRACTION99.39
1.75-1.840.37571390.39512485X-RAY DIFFRACTION99.13
1.84-1.950.42231430.3622441X-RAY DIFFRACTION97.99
1.95-2.10.25181160.23482485X-RAY DIFFRACTION98.23
2.1-2.320.25051380.21912469X-RAY DIFFRACTION97.79
2.32-2.650.21071320.19982540X-RAY DIFFRACTION99.63
2.65-3.340.24271280.1892579X-RAY DIFFRACTION99.74
3.34-35.230.19971380.17262647X-RAY DIFFRACTION97.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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