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万見
- PDB-7z0w: E. coli NfsA bound to NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z0w
タイトルE. coli NfsA bound to NADP+
要素Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase / NADP+ complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromate reductase activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / 酸化還元酵素 / FMN binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flavin oxidoreductase Frp family / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者White, S.A. / Grainger, A. / Parr, R. / Day, M.A. / Jarrom, D. / Graziano, A. / Searle, P.F. / Hyde, E.I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Not funded 英国
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2022
タイトル: The 3D-structure, kinetics and dynamics of the E. coli nitroreductase NfsA with NADP + provide glimpses of its catalytic mechanism.
著者: White, S.A. / Christofferson, A.J. / Grainger, A.I. / Day, M.A. / Jarrom, D. / Graziano, A.E. / Searle, P.F. / Hyde, E.I.
履歴
登録2022年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
B: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
C: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
D: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
E: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
F: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
G: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
H: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,37520
ポリマ－214,6618
非ポリマー4,71412
水22,8251267
1
A: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
B: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1106
ポリマ－53,6652
非ポリマー1,4444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12430 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area18270 Å2
2
C: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
D: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1106
ポリマ－53,6652
非ポリマー1,4444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12440 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area18320 Å2
3
E: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
F: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5784
ポリマ－53,6652
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11650 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area18280 Å2
4
G: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
H: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5784
ポリマ－53,6652
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11670 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area18260 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)96.766, 110.757, 112.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))
21(CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))
31(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))
41(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))
51(CHAIN E AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))
61(CHAIN F AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))
71CHAIN G
81(CHAIN H AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETMETMET(CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))AA11
12ASPASPASPASP(CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))AA210210
13FMNFMNFMNFMN(CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))AI301
21METMETMETMET(CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))BB11
22ASPASPASPASP(CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))BB210210
23FMNFMNFMNFMN(CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))BJ301
31METMETMETMET(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))CC11
32ASPASPASPASP(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))CC210210
33FMNFMNFMNFMN(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))CM301
41METMETMETMET(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))DD11
42ASPASPASPASP(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))DD210210
43FMNFMNFMNFMN(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))DO301
51METMETMETMET(CHAIN E AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))EE11
52ASPASPASPASP(CHAIN E AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))EE210210
53FMNFMNFMNFMN(CHAIN E AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))EQ301
61METMETMETMET(CHAIN F AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))FF11
62ASPASPASPASP(CHAIN F AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))FF210210
63FMNFMNFMNFMN(CHAIN F AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))FR301
71METMETARGARGCHAIN GGG1 - 2401 - 240
81METMETMETMET(CHAIN H AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))HH11
82ASPASPASPASP(CHAIN H AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))HH210210
83FMNFMNFMNFMN(CHAIN H AND (RESID 1 THROUGH 202 OR RESID 210 THROUGH 240 OR RESID 301))HT301

-
要素

#1: タンパク質
Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase / Modulator of drug activity A


分子量: 26832.664 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: nfsA, mda18, mdaA, ybjB, b0851, JW0835 / プラスミド: pPS1341A1 / 詳細 (発現宿主): pET24 derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P17117, 酸化還元酵素, FMN reductase (NADPH)
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ATR / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン2′-りん酸5′-二りん酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Imidazole, pH 7.6, 20% PEG 6000, 200 mM Magnesium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F5V

1f5v


解像度: 2.06→81.45 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 6964 4.9 %
Rwork0.153 135159 -
obs0.155 142123 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.76 Å2 / Biso mean: 42.19 Å2 / Biso min: 14.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→81.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14943 0 312 1267 16522
Biso mean--35.54 41.29 -
残基数----1899
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A9139X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
12B9139X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
13C9139X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
14D9139X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
15E9139X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
16F9139X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
17G9139X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
18H9139X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.06-2.07940.26562210.23154479100
2.0794-2.10380.25052200.22694548100
2.1038-2.12950.26742470.21194459100
2.1295-2.15640.25612400.21124517100
2.1564-2.18480.25932310.20414435100
2.1848-2.21480.24082380.20194528100
2.2148-2.24640.25242300.19544504100
2.2464-2.27990.26152330.19254465100
2.2799-2.31560.21212360.18674538100
2.3156-2.35350.23912560.17254491100
2.3535-2.39410.18862400.15954478100
2.3941-2.43760.20912020.16474523100
2.4376-2.48450.20682190.16314553100
2.4845-2.53530.19422520.16514495100
2.5353-2.59040.23932470.16254476100
2.5904-2.65060.18742330.15634488100
2.6506-2.71690.21332050.15914545100
2.7169-2.79040.18552060.14784546100
2.7904-2.87250.18472530.14724476100
2.8725-2.96520.19762370.15764490100
2.9652-3.07120.19611950.15874557100
3.0712-3.19420.18892240.16084516100
3.1942-3.33960.19622290.15364538100
3.3396-3.51560.19632310.1514449199
3.5156-3.73590.16192410.1427448999
3.7359-4.02430.17172660.1297445399
4.0243-4.42930.13232190.1142448998
4.4293-5.07020.13362390.1126452399
5.0702-6.38750.19042260.1445454099
6.3875-81.4510.1572480.1553452998
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 106.3267 Å / Origin y: 1.5164 Å / Origin z: 75.2351 Å
111213212223313233
T0.1302 Å2-0.0031 Å2-0.0111 Å2-0.1529 Å20.0033 Å2--0.1516 Å2
L0.0417 °20.0445 °2-0.0351 °2-0.1795 °20.0359 °2--0.1562 °2
S-0.0245 Å °0.0031 Å °-0.0058 Å °0.0007 Å °0.0441 Å °-0.0225 Å °0.012 Å °-0.0121 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 240
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA301 - 580
3X-RAY DIFFRACTION1ALLB1 - 240
4X-RAY DIFFRACTION1ALLB301 - 553
5X-RAY DIFFRACTION1ALLC1 - 240
6X-RAY DIFFRACTION1ALLC301 - 590
7X-RAY DIFFRACTION1ALLD1 - 240
8X-RAY DIFFRACTION1ALLD301 - 583
9X-RAY DIFFRACTION1ALLE1 - 240
10X-RAY DIFFRACTION1ALLE301 - 526
11X-RAY DIFFRACTION1ALLF1 - 240
12X-RAY DIFFRACTION1ALLF301 - 527
13X-RAY DIFFRACTION1ALLG1 - 240
14X-RAY DIFFRACTION1ALLG301 - 548
15X-RAY DIFFRACTION1ALLH1 - 240
16X-RAY DIFFRACTION1ALLH301 - 568

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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