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万見
- PDB-7q0o: E. coli NfsA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q0o
タイトルE. coli NfsA
要素Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / 酸化還元酵素 / FMN binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flavin oxidoreductase Frp family / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.96 Å
データ登録者White, S.A. / Grainger, A. / Parr, R. / Day, M.A. / Jarrom, D. / Graziano, A. / Searle, P.F. / Hyde, E.I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Not funded 英国
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2022
タイトル: The 3D-structure, kinetics and dynamics of the E. coli nitroreductase NfsA with NADP + provide glimpses of its catalytic mechanism.
著者: White, S.A. / Christofferson, A.J. / Grainger, A.I. / Day, M.A. / Jarrom, D. / Graziano, A.E. / Searle, P.F. / Hyde, E.I.
履歴
登録2021年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2892
ポリマ－26,8331
非ポリマー4561
水5,350297
1
A: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子

A: Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5784
ポリマ－53,6652
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.904, 52.571, 65.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.270, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-613-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Oxygen-insensitive NADPH nitroreductase / Modulator of drug activity A


分子量: 26832.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: nfsA, mda18, mdaA, ybjB, b0851, JW0835 / プラスミド: pPS1341A1 / 詳細 (発現宿主): pET24 derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): lambda DE3 / 参照: UniProt: P17117, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 100 mM imidazole, pH 7.6, 20% PEG 6000, 200 mM Magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.96→41.28 Å / Num. obs: 132860 / % possible obs: 96.31 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 10.82 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0217 / Rpim(I) all: 0.0217 / Rrim(I) all: 0.03069 / Net I/σ(I): 16.71
反射 シェル解像度: 0.96→0.9943 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.2251 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 10998 / CC1/2: 0.901 / CC star: 0.974 / Rpim(I) all: 0.2251 / Rrim(I) all: 0.3184 / % possible all: 79.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F5V

1f5v


解像度: 0.96→41.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.605 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.017 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1291 6652 5 %RANDOM
Rwork0.1123 ---
obs0.1132 126246 96.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 229.52 Å2 / Biso mean: 19.105 Å2 / Biso min: 7.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20.14 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.96→41.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1887 0 31 306 2224
Biso mean--10.19 35.03 -
残基数----240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7891.6412796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5031.5784525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9355262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.60521.416113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.22815356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6961518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02477
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.8734007
LS精密化 シェル解像度: 0.96→0.985 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 397 -
Rwork0.279 7224 -
all-7621 -
obs--75.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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