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万見
- PDB-7yzv: Ryegrass mottle virus serine protease domain S159A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yzv
タイトルRyegrass mottle virus serine protease domain S159A mutant
要素RNA-directed RNA polymerase
キーワードVIRAL PROTEIN / serine protease / viral protease / viral polypeptide / viral genome-linked protein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral translational frameshifting / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S39B, luteovirus / Peptidase family S39 domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, luteovirus / Viral RNA-directed RNA-polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ryegrass mottle virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kalnins, G.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Regional Development Fund1.1.1.2/VIAA/3/19/462European Union
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: VPg Impact on Ryegrass Mottle Virus Serine-like 3C Protease Proteolysis and Structure.
著者: Kalnins, G. / Ludviga, R. / Kalnciema, I. / Resevica, G. / Zeltina, V. / Bogans, J. / Tars, K. / Zeltins, A. / Balke, I.
履歴
登録2022年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8681
ポリマ－20,8681
非ポリマー00
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.222, 36.950, 69.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.291, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-261-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase


分子量: 20867.982 Da / 分子数: 1 / 変異: S159A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ryegrass mottle virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0MCW0, RNA-directed RNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 % / 解説: Needle-like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.18 M ammonium sulfate, 22% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→56.02 Å / Num. obs: 29492 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 15.04 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4334 / CC1/2: 0.724 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
SCALAデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FF0

6ff0


解像度: 1.6→56.02 Å / SU ML: 0.2133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.4834
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 1399 4.75 %
Rwork0.2221 28068 -
obs0.224 29467 95.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→56.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1353 0 0 99 1452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00531379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79791871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.2978196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.650.2771230.26332813X-RAY DIFFRACTION96.71
1.65-1.720.27591370.25312821X-RAY DIFFRACTION96.54
1.72-1.80.29091330.23462723X-RAY DIFFRACTION93.12
1.8-1.890.26681480.23572811X-RAY DIFFRACTION96.48
1.89-2.010.31311520.25462792X-RAY DIFFRACTION95.96
2.01-2.170.26211500.23422758X-RAY DIFFRACTION93.93
2.17-2.380.29891510.23042792X-RAY DIFFRACTION96.02
2.38-2.730.26471340.22432841X-RAY DIFFRACTION96.5
2.73-3.440.2321260.21792866X-RAY DIFFRACTION95.47
3.44-56.020.24041450.19162851X-RAY DIFFRACTION93.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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