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- PDB-7yzc: Crystal structure of the zebrafish FoxH1 bound to the TGTTTATT site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yzc
タイトルCrystal structure of the zebrafish FoxH1 bound to the TGTTTATT site
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
  • Forkhead box protein H1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


prechordal plate formation / axial mesoderm morphogenesis / specification of animal organ position / axial mesodermal cell fate specification / floor plate formation / lens placode formation involved in camera-type eye formation / Spemann organizer formation at the embryonic shield / floor plate development / somite rostral/caudal axis specification / embryonic heart tube left/right pattern formation ...prechordal plate formation / axial mesoderm morphogenesis / specification of animal organ position / axial mesodermal cell fate specification / floor plate formation / lens placode formation involved in camera-type eye formation / Spemann organizer formation at the embryonic shield / floor plate development / somite rostral/caudal axis specification / embryonic heart tube left/right pattern formation / mesendoderm development / endoderm formation / cell migration involved in gastrulation / notochord formation / notochord development / regulation of BMP signaling pathway / embryonic heart tube morphogenesis / brain morphogenesis / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / hypothalamus development / blood vessel development / SMAD binding / cellular response to cytokine stimulus / heart looping / mesoderm formation / anatomical structure morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein H1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Pluta, R. / Macias, M.J.
資金援助 スペイン, European Union, 2件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BFU2017-82675-P スペイン
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission754510European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for DNA recognition by the maternal pioneer transcription factor FoxH1.
著者: Pluta, R. / Aragon, E. / Prescott, N.A. / Ruiz, L. / Mees, R.A. / Baginski, B. / Flood, J.R. / Martin-Malpartida, P. / Massague, J. / David, Y. / Macias, M.J.
履歴
登録2022年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Forkhead box protein H1
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3935
ポリマ－24,2753
非ポリマー1182
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.183, 96.557, 153.812
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Forkhead box protein H1 / Forkhead activin signal transducer 1 / Fast-1 / Schmalspur protein


分子量: 14482.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: foxh1, fast1, sur / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I9E1
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4967.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*CP*T)-3')


分子量: 4825.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% PEG Smear High (mix of PEG 6000, PEG 8000, PEG 10000), 0.1 M sodium acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→76.91 Å / Num. obs: 12168 / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.172→2.336 Å / Num. unique obs: 608 / CC1/2: 0.552 / Rpim(I) all: 0.488 / % possible all: 44.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7yz7

7yz7


解像度: 2.17→76.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 16.233 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24136 604 5 %RANDOM
Rwork0.21039 ---
obs0.21202 11564 82.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.34 Å20 Å2-0 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→76.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数955 650 8 38 1651
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0151751
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0191316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2331.5472452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2232.7443058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4085114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.90222.11552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64815173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.876156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6662.63464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6372.612461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5263.913574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5243.916575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7832.8111287
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7832.8131288
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6984.2011879
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.45674.4255272
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.4574.4325270
LS精密化 シェル解像度: 2.172→2.228 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 5 -
Rwork0.391 70 -
obs--6.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6844-0.4391-0.32213.85030.17346.8304-0.0907-0.0239-0.0496-0.02290.07660.1129-0.2011-0.34740.01410.0152-0.0285-0.00420.2723-0.00940.167-4.815-18.08626.607
22.4902-0.23650.1487.5703-0.27784.67660.00030.11310.0184-0.5681-0.0127-0.19450.0127-0.07910.01230.1828-0.07570.02770.29150.00250.1382-1.798-18.6412.367
32.2831-1.0818-0.01624.90640.01865.5485-0.11350.26090.1804-1.01980.11640.039-0.2585-0.3025-0.00290.2818-0.0816-0.03540.33360.00810.1831-3.297-17.69311.787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A91 - 209
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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