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Yorodumi- PDB-7yzg: Crystal structure of the Xenopus FoxH1 bound to the TGTGGATT site -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7yzg | |||||||||
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Title | Crystal structure of the Xenopus FoxH1 bound to the TGTGGATT site | |||||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / transcription factor | |||||||||
Function / homology | Function and homology information mesodermal cell fate specification / activin responsive factor complex / activin receptor signaling pathway / gastrulation with mouth forming second / SMAD binding / cellular response to cytokine stimulus / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding ...mesodermal cell fate specification / activin responsive factor complex / activin receptor signaling pathway / gastrulation with mouth forming second / SMAD binding / cellular response to cytokine stimulus / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Xenopus laevis (African clawed frog) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.82 Å | |||||||||
Authors | Pluta, R. / Macias, M.J. | |||||||||
Funding support | Spain, European Union, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Molecular basis for DNA recognition by the maternal pioneer transcription factor FoxH1. Authors: Pluta, R. / Aragon, E. / Prescott, N.A. / Ruiz, L. / Mees, R.A. / Baginski, B. / Flood, J.R. / Martin-Malpartida, P. / Massague, J. / David, Y. / Macias, M.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7yzg.cif.gz | 120.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7yzg.ent.gz | 75 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7yzg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7yzg_validation.pdf.gz | 434.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7yzg_full_validation.pdf.gz | 436.3 KB | Display | |
Data in XML | 7yzg_validation.xml.gz | 7.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7yzg_validation.cif.gz | 9.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/7yzg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7yz7SC 7yzaC 7yzbC 7yzcC 7yzdC 7yzeC 7yzfC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16291.710 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Gene: foxh1, fast-1, fast1, foxh1a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P70056 |
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#2: DNA chain | Mass: 4993.250 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Xenopus laevis (African clawed frog) |
#3: DNA chain | Mass: 4802.144 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Xenopus laevis (African clawed frog) |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.61 Å3/Da / Density % sol: 65.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 30% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.97928 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 21, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97928 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.82→62.6 Å / Num. obs: 5547 / % possible obs: 90.8 % / Redundancy: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 56.89 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.822→3.095 Å / Num. unique obs: 234 / CC1/2: 0.484 / % possible all: 68 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7yz7 Resolution: 2.82→62.6 Å / SU ML: 0.3849 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.5457 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 67.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.82→62.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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