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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yz7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the zebrafish FoxH1 bound to the TGTGGATT site | |||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / transcription factor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() prechordal plate formation / axial mesoderm morphogenesis / specification of animal organ position / axial mesodermal cell fate specification / floor plate formation / lens placode formation involved in camera-type eye formation / Spemann organizer formation at the embryonic shield / floor plate development / somite rostral/caudal axis specification / embryonic heart tube left/right pattern formation ...prechordal plate formation / axial mesoderm morphogenesis / specification of animal organ position / axial mesodermal cell fate specification / floor plate formation / lens placode formation involved in camera-type eye formation / Spemann organizer formation at the embryonic shield / floor plate development / somite rostral/caudal axis specification / embryonic heart tube left/right pattern formation / mesendoderm development / cell migration involved in gastrulation / endoderm formation / regulation of BMP signaling pathway / notochord formation / notochord development / embryonic heart tube morphogenesis / brain morphogenesis / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / hypothalamus development / blood vessel development / heart looping / SMAD binding / cellular response to cytokine stimulus / mesoderm formation / anatomical structure morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pluta, R. / Macias, M.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for DNA recognition by the maternal pioneer transcription factor FoxH1. 著者: Pluta, R. / Aragon, E. / Prescott, N.A. / Ruiz, L. / Mees, R.A. / Baginski, B. / Flood, J.R. / Martin-Malpartida, P. / Massague, J. / David, Y. / Macias, M.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7yzaC ![]() 7yzbC ![]() 7yzcC ![]() 7yzdC ![]() 7yzeC ![]() 7yzfC ![]() 7yzgC ![]() 2c6yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14482.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: foxh1, fast1, sur / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 5017.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#3: DNA鎖 | 分子量: 4777.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-K / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 35% PEG Smear LOW |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97928 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.98→47.28 Å / Num. obs: 111474 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 12.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 0.982→0.999 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 1261 / CC1/2: 0.365 / Rpim(I) all: 0.68 / % possible all: 31.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2c6y 解像度: 0.98→47.23 Å / SU ML: 0.0793 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.79 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.98→47.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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