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- PDB-7yz7: Crystal structure of the zebrafish FoxH1 bound to the TGTGGATT site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yz7
タイトルCrystal structure of the zebrafish FoxH1 bound to the TGTGGATT site
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
  • Forkhead box protein H1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


prechordal plate formation / axial mesoderm morphogenesis / specification of animal organ position / axial mesodermal cell fate specification / floor plate formation / lens placode formation involved in camera-type eye formation / Spemann organizer formation at the embryonic shield / floor plate development / somite rostral/caudal axis specification / embryonic heart tube left/right pattern formation ...prechordal plate formation / axial mesoderm morphogenesis / specification of animal organ position / axial mesodermal cell fate specification / floor plate formation / lens placode formation involved in camera-type eye formation / Spemann organizer formation at the embryonic shield / floor plate development / somite rostral/caudal axis specification / embryonic heart tube left/right pattern formation / mesendoderm development / cell migration involved in gastrulation / endoderm formation / regulation of BMP signaling pathway / notochord formation / notochord development / embryonic heart tube morphogenesis / brain morphogenesis / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / hypothalamus development / blood vessel development / heart looping / SMAD binding / cellular response to cytokine stimulus / mesoderm formation / anatomical structure morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein H1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Pluta, R. / Macias, M.J.
資金援助 スペイン, European Union, 2件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BFU2017-82675-P スペイン
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission754510European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for DNA recognition by the maternal pioneer transcription factor FoxH1.
著者: Pluta, R. / Aragon, E. / Prescott, N.A. / Ruiz, L. / Mees, R.A. / Baginski, B. / Flood, J.R. / Martin-Malpartida, P. / Massague, J. / David, Y. / Macias, M.J.
履歴
登録2022年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Forkhead box protein H1
B: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3164
ポリマ－24,2773
非ポリマー391
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.121, 30.093, 76.656
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.690, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 Forkhead box protein H1 / Forkhead activin signal transducer 1 / Fast-1 / Schmalspur protein


分子量: 14482.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: foxh1, fast1, sur / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I9E1
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*A)-3')


分子量: 5017.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*CP*T)-3')


分子量: 4777.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 35% PEG Smear LOW

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→47.28 Å / Num. obs: 111474 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 12.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 0.982→0.999 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 1261 / CC1/2: 0.365 / Rpim(I) all: 0.68 / % possible all: 31.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2c6y

2c6y


解像度: 0.98→47.23 Å / SU ML: 0.0793 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.79
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1414 5530 4.96 %RANDOM
Rwork0.1323 105940 --
obs0.1328 111470 89.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→47.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数988 650 1 360 1999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01281842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44652661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0914295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0153224
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.3946503
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.98-0.990.2948300.2868665X-RAY DIFFRACTION17.01
0.99-10.31560.2881210X-RAY DIFFRACTION30.48
1-1.020.286800.26631696X-RAY DIFFRACTION44.32
1.02-1.030.26471180.25432241X-RAY DIFFRACTION57.48
1.03-1.040.24681190.23392759X-RAY DIFFRACTION69.55
1.04-1.060.22131730.21013109X-RAY DIFFRACTION80.8
1.06-1.070.21571940.20163796X-RAY DIFFRACTION96.03
1.07-1.090.25032060.20243915X-RAY DIFFRACTION100
1.09-1.110.17382200.1683863X-RAY DIFFRACTION100
1.11-1.120.16921840.14143936X-RAY DIFFRACTION100
1.12-1.140.13842270.13133891X-RAY DIFFRACTION99.98
1.14-1.160.152060.11953896X-RAY DIFFRACTION100
1.16-1.190.12051990.11333926X-RAY DIFFRACTION100
1.19-1.210.13122300.10743893X-RAY DIFFRACTION100
1.21-1.240.11641880.10783912X-RAY DIFFRACTION100
1.24-1.270.12552030.10763919X-RAY DIFFRACTION100
1.27-1.30.12761850.11253956X-RAY DIFFRACTION100
1.3-1.330.11382090.11253896X-RAY DIFFRACTION100
1.33-1.370.12852130.11463972X-RAY DIFFRACTION100
1.37-1.420.13952240.11313863X-RAY DIFFRACTION100
1.42-1.470.15011800.10823917X-RAY DIFFRACTION100
1.47-1.530.12382150.10483932X-RAY DIFFRACTION99.93
1.53-1.590.11651910.10453979X-RAY DIFFRACTION99.98
1.59-1.680.10752040.10783948X-RAY DIFFRACTION99.98
1.68-1.780.12722160.11453910X-RAY DIFFRACTION99.83
1.78-1.920.13992320.12513932X-RAY DIFFRACTION99.86
1.92-2.110.15542060.13513950X-RAY DIFFRACTION99.76
2.11-2.420.13312060.13253954X-RAY DIFFRACTION99.66
2.42-3.050.17462050.14534011X-RAY DIFFRACTION99.55
3.05-47.230.13172110.14164093X-RAY DIFFRACTION99.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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