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- PDB-7yxn: Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yxn
タイトルCrystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment
要素
  • Ancestral Glucocorticoid Receptor2
  • SHP NR Box 1 Peptide
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Nuclear Receptor (核内受容体) / Transcription Factor (転写因子) / Dexamethasone (デキサメタゾン)
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid and bile salt transport / transcription regulator inhibitor activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / animal organ regeneration / response to glucose / nuclear retinoid X receptor binding / Notchシグナリング / cholesterol metabolic process / circadian regulation of gene expression ...bile acid and bile salt transport / transcription regulator inhibitor activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / animal organ regeneration / response to glucose / nuclear retinoid X receptor binding / Notchシグナリング / cholesterol metabolic process / circadian regulation of gene expression / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / response to organic cyclic compound / Nuclear Receptor transcription pathway / 概日リズム / transcription corepressor activity / response to ethanol / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / 核内受容体 / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors
類似検索 - ドメイン・相同性
デキサメタゾン / ギ酸 / Ancestral Glucocorticoid Receptor2 / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified (未定義)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Jimenez-Panizo, A. / Estebanez-Perpina, E. / Fuentes-Prior, P.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Other governmentBFU-Retos2017-86906-R スペイン
Other governmentSAF2017-71878-REDT スペイン
Other governmentSAF2015-71878-REDT スペイン
Other governmentRTI2018-101500-B-I00 スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: The multivalency of the glucocorticoid receptor ligand-binding domain explains its manifold physiological activities.
著者: Jimenez-Panizo, A. / Alegre-Marti, A. / Tettey, T.T. / Fettweis, G. / Abella, M. / Anton, R. / Johnson, T.A. / Kim, S. / Schiltz, R.L. / Nunez-Barrios, I. / Font-Diaz, J. / Caelles, C. / ...著者: Jimenez-Panizo, A. / Alegre-Marti, A. / Tettey, T.T. / Fettweis, G. / Abella, M. / Anton, R. / Johnson, T.A. / Kim, S. / Schiltz, R.L. / Nunez-Barrios, I. / Font-Diaz, J. / Caelles, C. / Valledor, A.F. / Perez, P. / Rojas, A.M. / Fernandez-Recio, J. / Presman, D.M. / Hager, G.L. / Fuentes-Prior, P. / Estebanez-Perpina, E.
履歴
登録2022年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
C: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
R: SHP NR Box 1 Peptide
S: SHP NR Box 1 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,04910
ポリマ－60,0804
非ポリマー9696
水905
1
A: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
R: SHP NR Box 1 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5245
ポリマ－30,0402
非ポリマー4853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12200 Å2
手法PISA
2
C: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
S: SHP NR Box 1 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5245
ポリマ－30,0402
非ポリマー4853
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.479, 109.479, 137.781
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22C
13R
23S

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYARGARGAA527 - 7041 - 178
21GLYGLYARGARGCB527 - 7041 - 178
12ASNASNPHEPHEAA711 - 774185 - 248
22ASNASNPHEPHECB711 - 774185 - 248
13ARGARGSERSERRC17 - 271 - 11
23ARGARGSERSERSD17 - 271 - 11

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Ancestral Glucocorticoid Receptor2


分子量: 28835.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X8XLE9
#2: タンパク質・ペプチド SHP NR Box 1 Peptide / Orphan nuclear receptor SHP / Small heterodimer partner / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2


分子量: 1204.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15466
#3: 化合物 ChemComp-DEX / DEXAMETHASONE / 9A-FLUORO-16BETA-METHYLPREDNISOLONE / デキサメタゾン / デキサメタゾン


分子量: 392.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29FO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.26 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→94.81 Å / Num. obs: 33009 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.46→2.56 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 3799 / CC1/2: 0.317 / Rpim(I) all: 0.725 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UFS

5ufs


解像度: 2.46→94.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 12.749 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1692 5.1 %RANDOM
Rwork0.2162 ---
obs0.2177 31272 96.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 179.89 Å2 / Biso mean: 68.274 Å2 / Biso min: 29.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.14 Å20 Å2
2--0.27 Å2-0 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.46→94.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4115 0 68 5 4188
Biso mean--46.6 52 -
残基数----509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6551.6255784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2815503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.31422.438201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.40415786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4141522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023096
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A57640.1
12C57640.1
21A19190.09
22C19190.09
31R2640.15
32S2640.15
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.52 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 123 -
Rwork0.362 2385 -
obs--98.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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