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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yxm | |||||||||
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タイトル | Benzoylsuccinyl-CoA thiolase with coenzyme A | |||||||||
要素 | (Benzoylsuccinyl-CoA thiolase ...) x 2 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / toluol degradation / thiolase / coenzyme A / Zn2+ finger motif | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Ermler, U. / Heider, J. / Weidenweber, S. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2022 タイトル: Finis tolueni: a new type of thiolase with an integrated Zn-finger subunit catalyzes the final step of anaerobic toluene metabolism. 著者: Weidenweber, S. / Schuhle, K. / Lippert, M.L. / Mock, J. / Seubert, A. / Demmer, U. / Ermler, U. / Heider, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yxm.cif.gz | 430.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yxm.ent.gz | 350.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yxm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yxm_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yxm_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7yxm_validation.xml.gz | 46.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yxm_validation.cif.gz | 67.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/7yxm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7pxpC 7pytC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Benzoylsuccinyl-CoA thiolase ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 16985.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア) 株: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / 遺伝子: bbsA, Gmet_1528 / 発現宿主: Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 参照: UniProt: Q39VG2 #2: タンパク質 | 分子量: 41625.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア) 株: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / 遺伝子: bbsB, Gmet_1529 / 発現宿主: Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 参照: UniProt: Q39VG1 |
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-非ポリマー , 8種, 621分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PE8 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 化合物 | ChemComp-COA / | #8: 化合物 | ChemComp-CL / | #9: 化合物 | ChemComp-EPE / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 1500 13.4% PEG400 0.1 M, HEPES, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→47.668 Å / Num. obs: 174256 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 20.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: unpublished model 解像度: 1.7→47.668 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 157.94 Å2 / Biso mean: 40.8014 Å2 / Biso min: 21.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→47.668 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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