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- PDB-7yxm: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase with coenzyme A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yxm
タイトルBenzoylsuccinyl-CoA thiolase with coenzyme A
要素(Benzoylsuccinyl-CoA thiolase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / toluol degradation / thiolase / coenzyme A / Zn2+ finger motif
機能・相同性
機能・相同性情報


benzoylsuccinyl-CoA thiolase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / acyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF35, OB-fold, C-terminal / ChsH2, C-terminal OB-fold domain / Domain of unknown function DUF35, rubredoxin-like zinc ribbon domain, N-terminal / : / ChsH2, rubredoxin-like zinc ribbon domain / : / Thiolase C-terminal domain-like / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase ...Domain of unknown function DUF35, OB-fold, C-terminal / ChsH2, C-terminal OB-fold domain / Domain of unknown function DUF35, rubredoxin-like zinc ribbon domain, N-terminal / : / ChsH2, rubredoxin-like zinc ribbon domain / : / Thiolase C-terminal domain-like / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase / Thiolase-like / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / PHOSPHATE ION / Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit BbsB / Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit BbsA
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ermler, U. / Heider, J. / Weidenweber, S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SPP1319 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB-987, He2190/5-1 ドイツ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Finis tolueni: a new type of thiolase with an integrated Zn-finger subunit catalyzes the final step of anaerobic toluene metabolism.
著者: Weidenweber, S. / Schuhle, K. / Lippert, M.L. / Mock, J. / Seubert, A. / Demmer, U. / Ermler, U. / Heider, J.
履歴
登録2022年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
B: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
C: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
D: Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,09016
ポリマ－117,2224
非ポリマー2,86812
水10,971609
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15970 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area36420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.340, 117.340, 228.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-387-

HOH

-
要素

-
Benzoylsuccinyl-CoA thiolase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit / BbsA


分子量: 16985.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
株: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / 遺伝子: bbsA, Gmet_1528 / 発現宿主: Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 参照: UniProt: Q39VG2
#2: タンパク質 Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit / BbsB


分子量: 41625.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens GS-15 (バクテリア)
株: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / 遺伝子: bbsB, Gmet_1529 / 発現宿主: Pseudomonas stutzeri (バクテリア) / 参照: UniProt: Q39VG1

-
非ポリマー , 8種, 621分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL


分子量: 370.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 1500 13.4% PEG400 0.1 M, HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.668 Å / Num. obs: 174256 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.88.051.8371.3621748827144270180.7411.96399.5
1.8-28.8790.7313.5834963039401393780.9560.77699.9
2-2.39.0690.23710.0933043936442364350.9930.251100
2.3-2.78.8630.09721.0723795926857268490.9980.103100
2.7-3.38.7030.04537.9217253419828198240.9990.048100
3.3-4.38.6970.02661.83115817133221331710.027100
4.3-5.98.2410.02170.91566316876687210.02399.9
5.9-88.1870.02173.73218092665266410.022100
8-127.5570.01876.8498771321130710.01998.9
12-47.6687.6960.01876.78455662759210.0294.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished model

解像度: 1.7→47.668 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1814 8656 4.97 %
Rwork0.1583 165488 -
obs0.1595 174144 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.94 Å2 / Biso mean: 40.8014 Å2 / Biso min: 21.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→47.668 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7973 0 168 612 8753
Biso mean--69.06 43.27 -
残基数----1051
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.71930.37362770.356533898
1.7193-1.73960.34972840.34255439100
1.7396-1.76080.33992720.3055472100
1.7608-1.78310.30092820.30035477100
1.7831-1.80650.35082510.2955481100
1.8065-1.83130.27642710.27365478100
1.8313-1.85740.27493020.25225425100
1.8574-1.88520.27972970.23565457100
1.8852-1.91460.23622860.21945439100
1.9146-1.9460.26162900.20975466100
1.946-1.97960.21522840.19275463100
1.9796-2.01560.19732810.18855485100
2.0156-2.05430.20422820.17465487100
2.0543-2.09630.19322610.16675512100
2.0963-2.14190.18522900.16415461100
2.1419-2.19170.17222970.16075490100
2.1917-2.24650.18122610.15655520100
2.2465-2.30720.1762900.14335501100
2.3072-2.37510.18552890.14145493100
2.3751-2.45180.17333050.13735517100
2.4518-2.53940.16142890.13775496100
2.5394-2.64110.16382960.145500100
2.6411-2.76130.19762810.14645568100
2.7613-2.90680.19742910.15775536100
2.9068-3.08890.19322960.16435574100
3.0889-3.32740.17692870.16745570100
3.3274-3.66210.17613140.15145589100
3.6621-4.19170.13473170.1265620100
4.1917-5.28010.12693120.11515676100
5.2801-47.6680.20063210.16665958100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.46982.7596-3.23219.347-2.58347.9103-0.187-0.07310.42670.1785-0.0032-0.7778-0.7190.47240.18250.5010.0166-0.05930.33130.11570.4479-54.10819.7512-38.3952
23.8024-0.68671.41165.9040.32162.6418-0.17250.35670.3652-0.30950.17590.4648-0.3115-0.61510.00070.41840.0218-0.02690.57670.1080.3223-70.0751.3241-42.4057
35.73782.26871.54087.43060.25664.96230.0906-0.0656-0.152-0.26540.1433-0.03490.0963-0.4111-0.2320.3227-0.0628-0.01540.40890.04010.3027-67.725-12.5348-37.6485
41.0286-0.45770.00783.28572.10434.0349-0.08220.1930.1212-0.24690.1270.1655-0.3845-0.2379-0.04240.2503-0.0124-0.03110.32030.12710.272-67.7909-1.508-29.5691
52.37941.03370.46032.94531.47883.93260.0056-0.05410.2536-0.11270.00960.289-0.4679-0.65420.00870.38940.1242-0.05120.46270.10770.4071-73.99874.688-23.4311
68.12433.7518-3.1313.9098-1.56755.74950.15080.32530.7304-0.08840.12860.3981-0.6839-0.5068-0.30210.49970.1022-0.04520.30430.09290.4222-67.470311.3959-31.1965
71.70530.04320.12811.3412-0.14461.60790.0328-0.1152-0.13820.04-0.009-0.05650.08050.0134-0.0210.23260.0029-0.01610.20340.0290.2365-40.6192-17.5534-4.1549
82.6382-1.30532.81520.6105-1.33552.8279-0.31360.81610.6814-0.1007-0.1339-0.1444-0.44730.6210.47070.3863-0.0138-0.01230.40260.10910.3749-51.52513.3272-18.5767
91.19720.08540.03650.73820.03821.30510.0105-0.1539-0.01160.05390.03780.1496-0.0727-0.2828-0.05240.24830.0110.00680.30560.03540.2583-61.8226-10.579-2.1204
102.7074-0.75110.79086.8032-1.65894.363-0.1726-0.12350.43930.5540.0254-0.2051-0.8122-0.07880.1080.4222-0.0113-0.06380.23420.00570.2999-20.96223.46942.1996
115.34064.0838-0.93256.5375-2.32886.46890.1065-0.22150.2870.5722-0.21140.001-0.3507-0.0780.1070.24370.0451-0.04380.17730.00840.265-20.549-6.67595.2216
121.39140.2522-0.73043.3744-1.1514.9224-0.08470.36850.25880.0347-0.1824-0.336-0.43850.37540.29270.2889-0.1142-0.01860.24270.06450.2962-17.11283.4829-19.864
131.3836-1.23780.7343.5054-1.19974.085-0.12040.32370.35270.044-0.083-0.3725-0.56710.50240.19240.3277-0.132-0.06890.34550.12340.3777-12.82143.0331-13.3588
145.0703-2.9505-1.31154.9910.20665.48610.11640.1720.54050.1021-0.1237-0.3219-0.7288-0.04950.00980.5179-0.102-0.08690.31090.11630.4311-19.33111.6135-10.389
151.64940.0961-0.00941.9714-0.34271.8478-0.00470.2118-0.1257-0.14570.01490.08930.1229-0.0586-0.02940.23530.0038-0.02660.2117-0.01770.2034-47.2149-19.7233-26.7308
162.71320.84492.60910.41450.53943.5184-0.20510.12210.2533-0.0684-0.0426-0.0636-0.31570.05870.28190.3497-0.009-0.02060.25730.0530.3166-32.60820.9205-21.4671
171.36970.13950.37680.697-0.07571.2009-0.03450.3889-0.0733-0.1722-0.0318-0.18460.01820.30860.07660.30.03790.04090.35640.01650.2816-24.9774-14.1982-30.1878
181.32740.02990.43221.17360.16682.06880.02860.3495-0.2704-0.1787-0.0276-0.19590.22770.3689-0.01240.2780.0570.03080.333-0.03410.2994-25.5581-22.8831-29.8441
192.0171.99492.01521.99571.98532.0158-0.7372-6.41780.66923.99080.09642.2224-0.8135-2.35730.63270.73920.2228-0.04851.4958-0.60571.0426-36.9258-43.6917-40.1686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 22 )A13 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 42 )A23 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 52 )A43 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 53 through 90 )A53 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 91 through 119 )A91 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 120 through 146 )A120 - 146
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 113 )B1 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 114 through 139 )B114 - 139
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 140 through 392 )B140 - 392
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 14 through 52 )C14 - 52
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 53 through 70 )C53 - 70
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 71 through 90 )C71 - 90
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 91 through 130 )C91 - 130
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 131 through 146 )C131 - 146
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 1 through 113 )D1 - 113
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 114 through 139 )D114 - 139
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 140 through 254 )D140 - 254
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 255 through 390 )D255 - 390
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 391 through 392 )D391 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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