+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pxp | ||||||
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Title | Benzoylsuccinyl-CoA thiolase | ||||||
Components | (Benzoylsuccinyl-CoA thiolase subunit) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / toluene degradation / thiolase / Zn finger motif / CoA | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacter metallireducens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Ermler, U. / Heider, H. / Weidenweber, S. / Demmer, U. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2022 Title: Finis tolueni: a new type of thiolase with an integrated Zn-finger subunit catalyzes the final step of anaerobic toluene metabolism. Authors: Weidenweber, S. / Schuhle, K. / Lippert, M.L. / Mock, J. / Seubert, A. / Demmer, U. / Ermler, U. / Heider, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7pxp.cif.gz | 778.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7pxp.ent.gz | 645.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7pxp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7pxp_validation.pdf.gz | 877.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7pxp_full_validation.pdf.gz | 890 KB | Display | |
Data in XML | 7pxp_validation.xml.gz | 69.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7pxp_validation.cif.gz | 99.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/7pxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/7pxp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7pytC 7yxmC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16985.541 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacter metallireducens (strain ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15) (bacteria) Strain: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / Gene: bbsA, Gmet_1528 / Production host: Pseudomonas stutzeri (bacteria) / References: UniProt: Q39VG2 #2: Protein | Mass: 41625.609 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacter metallireducens (strain ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15) (bacteria) Strain: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / Gene: bbsB, Gmet_1529 / Production host: Pseudomonas stutzeri (bacteria) / References: UniProt: Q39VG1 #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion / pH: 6 Details: 18% PEG 3350 0.1 M MES, pH 6.0 0.1 M sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 5, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→48.41 Å / Num. obs: 150424 / % possible obs: 93.3 % / Redundancy: 3.094 % / Biso Wilson estimate: 34.52 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 10.82 / Num. measured all: 465352 / Scaling rejects: 5869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2→48.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.186 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.179 / SU Rfree Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.155
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Displacement parameters | Biso max: 133.71 Å2 / Biso mean: 41.02 Å2 / Biso min: 11.06 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→48.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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