+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pyt | |||||||||
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Title | Benzoylsuccinyl-CoA thiolase with coenzyme A | |||||||||
Components | (Benzoylsuccinyl-CoA thiolase ...) x 2 | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / toluol degradation / thiolase / coenzyme A / Zn2+ finger motif | |||||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Geobacter metallireducens (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | |||||||||
Authors | Ermler, U. / Heider, J. / Weidenweber, S. / Demmer, U. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2022 Title: Finis tolueni: a new type of thiolase with an integrated Zn-finger subunit catalyzes the final step of anaerobic toluene metabolism. Authors: Weidenweber, S. / Schuhle, K. / Lippert, M.L. / Mock, J. / Seubert, A. / Demmer, U. / Ermler, U. / Heider, J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7pyt.cif.gz | 430.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7pyt.ent.gz | 350.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7pyt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7pyt_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7pyt_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 7pyt_validation.xml.gz | 46.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7pyt_validation.cif.gz | 68 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/7pyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/7pyt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7pxpC 7yxmC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Benzoylsuccinyl-CoA thiolase ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 16985.541 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacter metallireducens (strain ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15) (bacteria) Strain: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / Gene: bbsA, Gmet_1528 / Production host: Pseudomonas stutzeri (bacteria) / References: UniProt: Q39VG2 #2: Protein | Mass: 41625.609 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacter metallireducens (strain ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15) (bacteria) Strain: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / Gene: bbsB, Gmet_1529 / Production host: Pseudomonas stutzeri (bacteria) / References: UniProt: Q39VG1 |
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-Non-polymers , 8 types, 622 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PE8 / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / | #7: Chemical | ChemComp-COA / | #8: Chemical | ChemComp-CL / | #9: Chemical | ChemComp-EPE / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 / Details: 20% PEG 1500 13.4% PEG 400 0.1 M HEPES, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 8, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→47.668 Å / Num. obs: 174256 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.704 % / Biso Wilson estimate: 37.056 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.084 / Net I/σ(I): 20.18 / Num. measured all: 1516740 / Scaling rejects: 238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: unpublished Resolution: 1.7→47.668 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.83 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 157.94 Å2 / Biso mean: 40.8066 Å2 / Biso min: 21.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→47.668 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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