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- PDB-7yxd: Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yxd
タイトルCrystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment
要素
  • Ancestral Glucocorticoid Receptor2
  • SHP NR Box 1 Peptide
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Nuclear Receptor / Transcription Factor / Dexamethasone / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / bile acid and bile salt transport / animal organ regeneration / nuclear retinoid X receptor binding / response to glucose / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cholesterol metabolic process / transcription regulator inhibitor activity / Notch signaling pathway ...peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / bile acid and bile salt transport / animal organ regeneration / nuclear retinoid X receptor binding / response to glucose / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cholesterol metabolic process / transcription regulator inhibitor activity / Notch signaling pathway / circadian regulation of gene expression / circadian rhythm / positive regulation of insulin secretion / Nuclear Receptor transcription pathway / transcription corepressor activity / response to ethanol / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors ...Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DEXAMETHASONE / Ancestral Glucocorticoid Receptor2 / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified (未定義)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jimenez-Panizo, A. / Estebanez-Perpina, E. / Fuentes-Prior, P.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Other governmentBFU-Retos2017-86906-R スペイン
Other governmentSAF2017-71878-REDT スペイン
Other governmentSAF2015-71878-REDT スペイン
Other governmentRTI2018-101500-B-I00 スペイン
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: The multivalency of the glucocorticoid receptor ligand-binding domain explains its manifold physiological activities.
著者: Jimenez-Panizo, A. / Alegre-Marti, A. / Tettey, T.T. / Fettweis, G. / Abella, M. / Anton, R. / Johnson, T.A. / Kim, S. / Schiltz, R.L. / Nunez-Barrios, I. / Font-Diaz, J. / Caelles, C. / ...著者: Jimenez-Panizo, A. / Alegre-Marti, A. / Tettey, T.T. / Fettweis, G. / Abella, M. / Anton, R. / Johnson, T.A. / Kim, S. / Schiltz, R.L. / Nunez-Barrios, I. / Font-Diaz, J. / Caelles, C. / Valledor, A.F. / Perez, P. / Rojas, A.M. / Fernandez-Recio, J. / Presman, D.M. / Hager, G.L. / Fuentes-Prior, P. / Estebanez-Perpina, E.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: The multivalency of the glucocorticoid receptor ligand-binding domain explains its manifold physiological activities
著者: Jimenez-Panizo, A. / Alegre-Marti, A. / Fettweis, G. / Abella, M. / Anton, R. / Tettey, T. / Schiltz, L.R. / Johnson, T.A. / Nunez-Barrios, I. / Font-Diaz, J. / Caelles, C. / Valledor, A.F. / ...著者: Jimenez-Panizo, A. / Alegre-Marti, A. / Fettweis, G. / Abella, M. / Anton, R. / Tettey, T. / Schiltz, L.R. / Johnson, T.A. / Nunez-Barrios, I. / Font-Diaz, J. / Caelles, C. / Valledor, A.F. / Perez, P. / Rojas, A.M. / Fernandez-Recio, J. / Presman, D.M. / Hager, G.L. / Fuentes-Prior, P. / Estebanez-Perpina, E.
履歴
登録2022年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
C: SHP NR Box 1 Peptide
D: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
F: SHP NR Box 1 Peptide
H: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
J: SHP NR Box 1 Peptide
L: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
N: SHP NR Box 1 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,35613
ポリマ－119,7648
非ポリマー1,5935
水1448
1
A: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
C: SHP NR Box 1 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3333
ポリマ－29,9412
非ポリマー3921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12050 Å2
手法PISA
2
D: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
F: SHP NR Box 1 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3333
ポリマ－29,9412
非ポリマー3921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11680 Å2
手法PISA
3
H: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
J: SHP NR Box 1 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3564
ポリマ－29,9412
非ポリマー4152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
4
L: Ancestral Glucocorticoid Receptor2
N: SHP NR Box 1 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3333
ポリマ－29,9412
非ポリマー3921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.599, 107.599, 135.641
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22H
13A
23L
14A
24D
15A
25H
16A
26L
17C
27F
18C
28N
19D
29H
110D
210L
111D
211H
112D
212L
113F
213N
114H
214L
115H
215L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLYSLYSAA530 - 7032 - 175
21PROPROLYSLYSDC530 - 7032 - 175
12PHEPHEARGARGAA529 - 7041 - 176
22PHEPHEARGARGHE529 - 7041 - 176
13PHEPHEARGARGAA529 - 7041 - 176
23PHEPHEARGARGLG529 - 7041 - 176
14TRPTRPPHEPHEAA712 - 774184 - 246
24TRPTRPPHEPHEDC712 - 774184 - 246
15TRPTRPPHEPHEAA712 - 774184 - 246
25TRPTRPPHEPHEHE712 - 774184 - 246
16TRPTRPPHEPHEAA712 - 774184 - 246
26TRPTRPPHEPHELG712 - 774184 - 246
17ARGARGSERSERCB17 - 271 - 11
27ARGARGSERSERFD17 - 271 - 11
18ARGARGSERSERCB17 - 271 - 11
28ARGARGSERSERNH17 - 271 - 11
19PROPROLYSLYSDC530 - 7032 - 175
29PROPROLYSLYSHE530 - 7032 - 175
110PROPROLYSLYSDC530 - 7032 - 175
210PROPROLYSLYSLG530 - 7032 - 175
111ASNASNHISHISDC711 - 775183 - 247
211ASNASNHISHISHE711 - 775183 - 247
112ASNASNHISHISDC711 - 775183 - 247
212ASNASNHISHISLG711 - 775183 - 247
113ARGARGSERSERFD17 - 271 - 11
213ARGARGSERSERNH17 - 271 - 11
114PHEPHEARGARGHE529 - 7041 - 176
214PHEPHEARGARGLG529 - 7041 - 176
115ASNASNHISHISHE711 - 775183 - 247
215ASNASNHISHISLG711 - 775183 - 247

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

#1: タンパク質
Ancestral Glucocorticoid Receptor2


分子量: 28649.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X8XLE9
#2: タンパク質・ペプチド
SHP NR Box 1 Peptide / Orphan nuclear receptor SHP / Small heterodimer partner / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2


分子量: 1291.518 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR0B2, SHP / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q15466
#3: 化合物
ChemComp-DEX / DEXAMETHASONE / 9A-FLUORO-16BETA-METHYLPREDNISOLONE / デキサメタゾン


分子量: 392.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29FO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.3 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.265
11K, H, -L20.24
11-K, -H, -L30.237
11-h,-k,l40.259
反射解像度: 2.3→76.81 Å / Num. obs: 73686 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.1 % / Num. unique obs: 10882 / CC1/2: 0.314 / Rpim(I) all: 0.641 / Rrim(I) all: 0.987 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UFS

5ufs


解像度: 2.3→76.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.003 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3765 5.1 %RANDOM
Rwork0.1773 ---
obs0.1795 69901 94.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 219.77 Å2 / Biso mean: 49.93 Å2 / Biso min: 11.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.77 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.77 Å2-0 Å2
3---3.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→76.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8156 0 113 8 8277
Biso mean--27.99 36.46 -
残基数----1008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0128458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0161.62511459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0425996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.79322.329395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.874151560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.681544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.026117
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A57530.08
12D57530.08
21A58140.08
22H58140.08
31A57530.08
32L57530.08
41A19400.08
42D19400.08
51A19440.08
52H19440.08
61A19160.09
62L19160.09
71C2630.12
72F2630.12
81C2660.11
82N2660.11
91D57510.08
92H57510.08
101D56950.08
102L56950.08
111D20120.09
112H20120.09
121D19940.09
122L19940.09
131F2660.16
132N2660.16
141H58040.08
142L58040.08
151H19960.09
152L19960.09
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.581 283 -
Rwork0.538 5195 -
all-5478 -
obs--95.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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