登録情報 データベース : PDB / ID : 7yxa 構造の表示 ダウンロードとリンクタイトル XFEL crystal structure of the human sphingosine 1 phosphate receptor 5 in complex with ONO-5430608 要素Sphingosine 1-phosphate receptor 5,Soluble cytochrome b562 詳細 キーワード MEMBRANE PROTEIN / GPCR / g-protein coupled receptor / XFEL / X-ray free electron laser / serial femtosecond crystallography / SFX / sphingosine-1-phosphate / sphingosine-1-phosphate receptor / S1P5機能・相同性 機能・相同性情報分子機能 ドメイン・相同性 構成要素
sphingosine-1-phosphate receptor activity / Lysosphingolipid and LPA receptors / regulation of metabolic process / regulation of neuron differentiation / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / membrane => GO:0016020 / periplasmic space ... sphingosine-1-phosphate receptor activity / Lysosphingolipid and LPA receptors / regulation of metabolic process / regulation of neuron differentiation / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / membrane => GO:0016020 / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 EDG-8 sphingosine 1-phosphate receptor / Sphingosine 1-phosphate receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) 類似検索 - ドメイン・相同性 Chem-B2O / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Sphingosine 1-phosphate receptor 5 類似検索 - 構成要素生物種 Homo sapiens (ヒト)手法 X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度 : 2.2 Å 詳細データ登録者 Lyapina, E. / Marin, E. / Gusach, A. / Orekhov, P. / Gerasimov, A. / Luginina, A. / Vakhrameev, D. / Ergasheva, M. / Kovaleva, M. / Khusainov, G. ...Lyapina, E. / Marin, E. / Gusach, A. / Orekhov, P. / Gerasimov, A. / Luginina, A. / Vakhrameev, D. / Ergasheva, M. / Kovaleva, M. / Khusainov, G. / Khorn, P. / Shevtsov, M. / Kovalev, K. / Okhrimenko, I. / Bukhdruker, S. / Popov, P. / Hu, H. / Weierstall, U. / Liu, W. / Cho, Y. / Gushchin, I. / Rogachev, A. / Bourenkov, G. / Park, S. / Park, G. / Huyn, H.J. / Park, J. / Gordeliy, V. / Borshchevskiy, V. / Mishin, A. / Cherezov, V. 資金援助 ロシア, 韓国, 4件 詳細 詳細を隠す組織 認可番号 国 Russian Science Foundation 19-14-00261 ロシア Russian Foundation for Basic Research 18-02-40020 ロシア Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation agreement # 075-00337-20-03, project FSMG-2020-0003 ロシア National Research Foundation (NRF, Korea) NRF-2017M3A9F6029736 韓国
引用ジャーナル : Nat Commun / 年 : 2022タイトル : Structural basis for receptor selectivity and inverse agonism in S1P 5 receptors.著者: Lyapina, E. / Marin, E. / Gusach, A. / Orekhov, P. / Gerasimov, A. / Luginina, A. / Vakhrameev, D. / Ergasheva, M. / Kovaleva, M. / Khusainov, G. / Khorn, P. / Shevtsov, M. / Kovalev, K. / ... 著者 : Lyapina, E. / Marin, E. / Gusach, A. / Orekhov, P. / Gerasimov, A. / Luginina, A. / Vakhrameev, D. / Ergasheva, M. / Kovaleva, M. / Khusainov, G. / Khorn, P. / Shevtsov, M. / Kovalev, K. / Bukhdruker, S. / Okhrimenko, I. / Popov, P. / Hu, H. / Weierstall, U. / Liu, W. / Cho, Y. / Gushchin, I. / Rogachev, A. / Bourenkov, G. / Park, S. / Park, G. / Hyun, H.J. / Park, J. / Gordeliy, V. / Borshchevskiy, V. / Mishin, A. / Cherezov, V. 履歴 登録 2022年2月15日 登録サイト : PDBE / 処理サイト : PDBE改定 1.0 2022年8月10日 Provider : repository / タイプ : Initial release改定 2.0 2022年8月17日 Group : Advisory / Atomic model ... Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ : atom_site / atom_site_anisotrop ... atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item : _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ... _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 改定 2.1 2023年2月22日 Group : Database references / カテゴリ : citation / citation_authorItem : _citation.country / _citation.journal_abbrev ... _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year 改定 2.2 2023年3月1日 Group : Database references / カテゴリ : citationItem : _citation.journal_volume / _citation.page_first ... _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title 改定 2.3 2023年12月13日 Group : Data collection / Database referencesカテゴリ : chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_related_exp_data_set改定 2.4 2024年2月7日 Group : Refinement description / カテゴリ : pdbx_initial_refinement_model
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