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- PDB-7yx6: Crystal structure of YTHDF2 with compound YLI_DF_027 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yx6
タイトルCrystal structure of YTHDF2 with compound YLI_DF_027
要素YTH domain-containing family protein 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / epitranscriptomic reader / m6A reader
機能・相同性
機能・相同性情報


C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / organelle assembly / spermatogonial cell division / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / regulation of rRNA processing / positive regulation of cap-independent translational initiation / gamete generation / endothelial to hematopoietic transition / embryonic morphogenesis / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity ...C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / organelle assembly / spermatogonial cell division / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / regulation of rRNA processing / positive regulation of cap-independent translational initiation / gamete generation / endothelial to hematopoietic transition / embryonic morphogenesis / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / negative regulation of stem cell differentiation / oocyte maturation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / hematopoietic stem cell proliferation / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / humoral immune response / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of neurogenesis / regulation of cell adhesion / regulation of mRNA stability / stress granule assembly / P-body / centriolar satellite / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / innate immune response / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YTH domain containing protein / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
6-ethyl-1H-pyrimidine-2,4-dione / YTH domain-containing family protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nai, F. / Li, Y. / Caflisch, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B-189363 スイス
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Fragment Ligands of the m 6 A-RNA Reader YTHDF2.
著者: Nai, F. / Nachawati, R. / Zalesak, F. / Wang, X. / Li, Y. / Caflisch, A.
履歴
登録2022年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年3月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_contact_author ...atom_site / pdbx_contact_author / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _software.version
解説: Model orientation/position / 詳細: The LOI binding pose needed correction / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年7月6日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YTH domain-containing family protein 2
B: YTH domain-containing family protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4889
ポリマ－38,7362
非ポリマー7537
水2,378132
1
A: YTH domain-containing family protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7925
ポリマ－19,3681
非ポリマー4244
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: YTH domain-containing family protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6964
ポリマ－19,3681
非ポリマー3283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.570, 80.570, 114.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 YTH domain-containing family protein 2 / CLL-associated antigen KW-14 / High-glucose-regulated protein 8 / Renal carcinoma antigen NY-REN-2


分子量: 19367.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDF2, HGRG8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5A9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-I6R / 6-ethyl-1H-pyrimidine-2,4-dione / 6-エチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン


分子量: 140.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.05 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic pH 4.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.15 Å / Num. obs: 39068 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.43
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Num. unique obs: 6299 / CC1/2: 0.909

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RDN

4rdn


解像度: 1.8→44.15 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.69 / 位相誤差: 29.077
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1968 1952 5 %
Rwork0.1842 37061 -
obs0.1872 39013 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2327 0 47 132 2506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86563332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0601342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.287331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.34261400.28592642X-RAY DIFFRACTION94.46
1.84-1.890.28861380.27822648X-RAY DIFFRACTION94.98
1.89-1.950.31421370.25482612X-RAY DIFFRACTION94.98
1.95-2.010.27791400.25512652X-RAY DIFFRACTION94.95
2.01-2.080.25031400.23432653X-RAY DIFFRACTION94.99
2.08-2.170.2441390.23012632X-RAY DIFFRACTION94.98
2.17-2.260.22851380.21612627X-RAY DIFFRACTION95.01
2.26-2.380.21471400.21412651X-RAY DIFFRACTION94.98
2.38-2.530.22971390.2122655X-RAY DIFFRACTION95.03
2.53-2.730.23281400.20662641X-RAY DIFFRACTION94.97
2.73-30.19431400.19382659X-RAY DIFFRACTION95
3-3.440.18141380.17342630X-RAY DIFFRACTION95.01
3.44-4.330.16821410.13782661X-RAY DIFFRACTION94.97
4.33-44.150.15561420.14512698X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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