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- PDB-7yww: Monocot chimeric jacalin JAC1 from Oryza sativa: lectin domain (c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yww
タイトルMonocot chimeric jacalin JAC1 from Oryza sativa: lectin domain (crystal form 2)
要素Dirigent protein
キーワードPLANT PROTEIN / Monocot chimeric jacalin / Dirigent protein / Lectin / Pathogen resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylpropanoid biosynthetic process / apoplast / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dirigent protein / Dirigent-like protein / Allene oxide cyclase/Dirigent protein / Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Dirigent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Huwa, N. / Classen, T. / Weiergraeber, O.H.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)369034981 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHA 631/10-1 ドイツ
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022
タイトル: The Crystal Structure of the Defense Conferring Rice Protein Os JAC1 Reveals a Carbohydrate Binding Site on the Dirigent-like Domain.
著者: Huwa, N. / Weiergraber, O.H. / Fejzagic, A.V. / Kirsch, C. / Schaffrath, U. / Classen, T.
履歴
登録2022年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dirigent protein
B: Dirigent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,98323
ポリマ－37,2412
非ポリマー2,74221
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.320, 99.630, 93.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-596-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dirigent protein


分子量: 18620.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ)
遺伝子: JAC1, LOC_Os12g14440, Os12g0247700, OSNPB_120247700
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q306J3
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: PEG 3350, ammonium iodide, potassium phosphate, N-acetylgalactosamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→52.02 Å / Num. obs: 71961 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.74 % / Biso Wilson estimate: 22.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.65
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 3.74 % / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 5441 / CC1/2: 0.501 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PIF

4pif


解像度: 1.4→46.87 Å / SU ML: 0.2402 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.4977
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1946 3597 5 %
Rwork0.1687 68358 -
obs0.17 71955 97.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→46.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 38 296 2563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01312469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19023374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1071346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0107452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2295881
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.52551410.50142690X-RAY DIFFRACTION99.61
1.42-1.440.47751400.47922641X-RAY DIFFRACTION99.22
1.44-1.460.441400.42692662X-RAY DIFFRACTION99.19
1.46-1.480.3941370.41562608X-RAY DIFFRACTION98.04
1.48-1.50.31461380.32912636X-RAY DIFFRACTION98.44
1.5-1.530.36711370.33092595X-RAY DIFFRACTION96.43
1.53-1.550.30881380.28262622X-RAY DIFFRACTION97.63
1.55-1.580.30021390.26622643X-RAY DIFFRACTION99.18
1.58-1.610.28241410.26952670X-RAY DIFFRACTION99.19
1.61-1.650.2661400.25452694X-RAY DIFFRACTION98.92
1.65-1.680.2441380.20942629X-RAY DIFFRACTION98.47
1.68-1.720.23111380.19672620X-RAY DIFFRACTION97.52
1.72-1.760.18411380.17422619X-RAY DIFFRACTION97.77
1.76-1.810.17951370.15892590X-RAY DIFFRACTION96.63
1.81-1.860.17151390.15132638X-RAY DIFFRACTION97
1.86-1.930.19421390.16452642X-RAY DIFFRACTION97.82
1.93-1.990.19611390.14952639X-RAY DIFFRACTION97.99
1.99-2.070.15721380.15062627X-RAY DIFFRACTION97.46
2.07-2.170.16531390.13522623X-RAY DIFFRACTION96.67
2.17-2.280.19721360.13642591X-RAY DIFFRACTION95.32
2.28-2.430.20181360.1472583X-RAY DIFFRACTION95.5
2.43-2.610.16451390.14642636X-RAY DIFFRACTION96.93
2.61-2.880.14791380.1542627X-RAY DIFFRACTION96.01
2.88-3.290.19691350.14652572X-RAY DIFFRACTION93.67
3.29-4.150.19121360.14482598X-RAY DIFFRACTION93.86
4.15-46.870.16111410.16122663X-RAY DIFFRACTION92.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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