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Yorodumi- PDB-7r5z: Monocot chimeric jacalin JAC1 from Oryza sativa: dirigent domain ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r5z | |||||||||
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Title | Monocot chimeric jacalin JAC1 from Oryza sativa: dirigent domain (crystal form 1) | |||||||||
Components | Dirigent protein | |||||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / Monocot chimeric jacalin / Dirigent protein / Lectin / Pathogen resistance | |||||||||
Function / homology | Function and homology information phenylpropanoid biosynthetic process / apoplast / carbohydrate binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Oryza sativa (Asian cultivated rice) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | |||||||||
Authors | Huwa, N. / Classen, T. / Weiergraeber, O.H. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Biomolecules / Year: 2022 Title: The Crystal Structure of the Defense Conferring Rice Protein Os JAC1 Reveals a Carbohydrate Binding Site on the Dirigent-like Domain. Authors: Huwa, N. / Weiergraber, O.H. / Fejzagic, A.V. / Kirsch, C. / Schaffrath, U. / Classen, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7r5z.cif.gz | 211.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7r5z.ent.gz | 150.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7r5z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5z | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7yweC 7ywfC 7ywgC 7ywwC 6oodS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17452.025 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oryza sativa (Asian cultivated rice) / Gene: JAC1, LOC_Os12g14440, Os12g0247700, OSNPB_120247700 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q306J3 #2: Chemical | ChemComp-CA / | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 35.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: PEG 3350, calcium chloride, Tris-HCl, dithiothreitol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-3 / Wavelength: 0.9677 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Nov 11, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9677 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→43.68 Å / Num. obs: 41085 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 13.72 % / Biso Wilson estimate: 31.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.11 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.8 Å / Redundancy: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 2914 / CC1/2: 0.346 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6OOD Resolution: 1.75→43.68 Å / SU ML: 0.2553 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 27.3662 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→43.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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