[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7ywg: Monocot chimeric jacalin JAC1 from Oryza sativa: lectin domain (c... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ywg | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Monocot chimeric jacalin JAC1 from Oryza sativa: lectin domain (crystal form 1) | |||||||||
![]() | Dirigent protein | |||||||||
![]() | PLANT PROTEIN / Monocot chimeric jacalin / Dirigent protein / Lectin / Pathogen resistance | |||||||||
Function / homology | ![]() phenylpropanoid biosynthetic process / apoplast / carbohydrate binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Huwa, N. / Classen, T. / Weiergraeber, O.H. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: The Crystal Structure of the Defense Conferring Rice Protein Os JAC1 Reveals a Carbohydrate Binding Site on the Dirigent-like Domain. Authors: Huwa, N. / Weiergraber, O.H. / Fejzagic, A.V. / Kirsch, C. / Schaffrath, U. / Classen, T. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 169.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 119.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 437.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 437.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7r5zC ![]() 7yweC ![]() 7ywfC ![]() 7ywwC ![]() 4pifS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 18407.408 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: PEG 3350, MES, potassium phosphate, sodium chloride |
---|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97879 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.1→54.46 Å / Num. obs: 87556 / % possible obs: 90.9 % / Redundancy: 2.25 % / Biso Wilson estimate: 13.34 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 5.45 |
Reflection shell | Resolution: 1.1→1.13 Å / Redundancy: 1.35 % / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 3988 / CC1/2: 0.612 / % possible all: 56.7 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4PIF Resolution: 1.1→54.46 Å / SU ML: 0.1284 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 20.8595 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.1→54.46 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|