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- PDB-7ywf: Monocot chimeric jacalin JAC1 from Oryza sativa: dirigent domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ywf
タイトルMonocot chimeric jacalin JAC1 from Oryza sativa: dirigent domain with bound galactobiose
要素Dirigent protein
キーワードPLANT PROTEIN / Monocot chimeric jacalin / Dirigent protein / Lectin / Pathogen resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylpropanoid biosynthetic process / apoplast / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dirigent protein / Dirigent-like protein / Allene oxide cyclase/Dirigent protein / Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-galactobiose / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / PHOSPHATE ION / Dirigent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Huwa, N. / Classen, T. / Weiergraeber, O.H.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)369034981 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHA 631/10-1 ドイツ
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022
タイトル: The Crystal Structure of the Defense Conferring Rice Protein Os JAC1 Reveals a Carbohydrate Binding Site on the Dirigent-like Domain.
著者: Huwa, N. / Weiergraber, O.H. / Fejzagic, A.V. / Kirsch, C. / Schaffrath, U. / Classen, T.
履歴
登録2022年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dirigent protein
B: Dirigent protein
C: Dirigent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7549
ポリマ－52,3563
非ポリマー1,3986
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.050, 158.050, 48.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 Dirigent protein


分子量: 17452.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ)
遺伝子: JAC1, LOC_Os12g14440, Os12g0247700, OSNPB_120247700
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q306J3
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-galactobiose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2112h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ammonium dihydrogen phosphate, Tris-HCl, methylpentanediol, dithiothreitol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.7749 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.9 Å / Num. obs: 13939 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.73 % / Biso Wilson estimate: 86.52 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.02
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 5.78 % / Mean I/σ(I) obs: 0.51 / Num. unique obs: 1029 / CC1/2: 0.381 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OOD

6ood


解像度: 2.6→45.9 Å / SU ML: 0.6254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 42.7598
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 974 7 %
Rwork0.2424 12938 -
obs0.2448 13912 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 111.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3097 0 90 5 3192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00173267
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56744463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0444535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.28871075
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.740.62161400.62511852X-RAY DIFFRACTION99.8
2.74-2.910.50381390.4831846X-RAY DIFFRACTION99.35
2.91-3.130.41291380.36781828X-RAY DIFFRACTION99.7
3.13-3.450.29171410.27091870X-RAY DIFFRACTION99.95
3.45-3.950.32171370.23811835X-RAY DIFFRACTION99.75
3.95-4.970.20651390.18671846X-RAY DIFFRACTION99.95
4.97-45.90.23411400.20161861X-RAY DIFFRACTION99.55
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0821066053-0.44592974928-0.5900048863777.826923262420.2048307155462.632585631020.017627847737-0.2408451534760.6468212783750.316747122206-0.2973726086280.745764053404-0.367769375636-0.2140609799810.2910982319510.710906361677-0.09656466484550.04446775345170.620935367544-0.009696143619290.86647803871541.952910144869.471865899823.3844932058
23.217167274755.435866660210.9303206953289.310358394392.209321843646.01358774728-2.400270773031.799453051820.13828941605-0.575969429522-0.30691179918-1.10942702868-0.003666113339960.09901912527722.469329782330.96826425128-0.261169196215-0.02926502970381.428421420220.2308917313151.8721376877666.393986996977.21356493355.5600884449
33.854628324670.7930216744770.3120146574285.27021575205-0.08544611730782.10069503858-0.07462439815920.434346589873-0.799677584285-0.516000094380.121463224870.1329492545380.2131898284290.0590087206039-0.0185562217150.735463486563-0.0482230507468-0.01337528128270.752838889203-0.09015140333540.90256845150644.08521764552.57955002298.0218247142
44.839108527581.6430635984-0.5945915717656.93379561676-1.716833013592.44299476722-0.119640951831-0.172582340241-0.2282151080890.0909767709379-0.0692440127498-0.889481861624-0.04633209222110.3111900403440.1711270616210.735828199065-0.01618935405910.09150017171040.9192468389770.09907535840051.3072468698962.924763349362.070755537817.3567529621
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 19 through 156 )AA19 - 1561 - 138
22chain 'B' and (resid 5 through 14 )BC5 - 141 - 10
33chain 'B' and (resid 15 through 156 )BC15 - 15611 - 152
44chain 'C' and (resid 15 through 156 )CE15 - 1561 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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