PDB-7ywd: Human GDAP1 core domain, trigonal crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ywd

タイトル

Human GDAP1 core domain, trigonal crystal form

要素

Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / GST homology / mitochondrial outer membrane / Charcot-Marie-Tooth disease

機能・相同性

機能・相同性情報

Class I peroxisomal membrane protein import / cellular response to vitamin D / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / mitochondrial fusion / protein targeting to mitochondrion / response to retinoic acid / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Raasakka, A. / Kursula, P.

資金援助

フィンランド, 1件

引用

ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2022
タイトル: Structural insights into Charcot-Marie-Tooth disease-linked mutations in human GDAP1.
著者: Sutinen, A. / Nguyen, G.T.T. / Raasakka, A. / Muruganandam, G. / Loris, R. / Ylikallio, E. / Tyynismaa, H. / Bartesaghi, L. / Ruskamo, S. / Kursula, P.

履歴

登録	2022年2月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年7月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ywd.cif.gz	729.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ywd.ent.gz	520.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ywd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/7ywd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/7ywd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q6jC 7q6kC 7almS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (7) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1

B: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1

C: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1

D: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1

128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1

C: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1

登録者が定義した集合体
63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1

登録者が定義した集合体
63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.770, 126.770, 177.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 23 through 68 or resid 77 through 164 or resid 194 through 294))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 23 through 164 or resid 194 through 294))
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 23 through 68 or resid 77 through 164 or resid 194 through 294))
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 23 through 68 or resid 77 through 164 or resid 194 through 294))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLU	PHE	A	1 - 46
d_1	2	ens_1	VAL	ILE	A	52 - 139
d_1	3	ens_1	SER	GLY	A	143 - 243
d_2	1	ens_1	GLU	ILE	B	1 - 134
d_2	2	ens_1	SER	GLY	B	145 - 245
d_3	1	ens_1	GLU	PHE	C	1 - 46
d_3	2	ens_1	VAL	ILE	C	52 - 139
d_3	3	ens_1	SER	GLY	C	148 - 248
d_4	1	ens_1	GLU	PHE	D	1 - 46
d_4	2	ens_1	VAL	ILE	D	53 - 140
d_4	3	ens_1	SER	GLY	D	158 - 258

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.0539355227584, 0.993260131773, -0.102592738608), (0.95819430657, -0.0225706518608, 0.285226640643), (0.280988665683, -0.113687625997, -0.952953563115)	63.9608543344, -55.8860331428, -79.7746140139
2	given	(-0.870891818274, 0.474928681203, 0.126452317634), (-0.488794389484, -0.810147941026, -0.323636151351), (-0.0512590057814, -0.343661259706, 0.937693688207)	78.795022056, -88.5328835792, 29.5997250833
3	given	(0.438605056849, 0.783633317316, 0.43993684558), (-0.82694944876, 0.543577984372, -0.14379702397), (-0.351824122685, -0.300735430068, 0.886441192522)	59.6946066373, 55.8179938245, 46.3209333323

#1: タンパク質	Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1 / GDAP1 分子量: 31882.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TB36
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM NH4 formate, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→100 Å / Num. obs: 27737 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 144.87 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 3.2→3.39 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4398 / CC_1/2: 0.177 / R_rim(I) all: 3.874 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7alm

7alm

解像度: 3.2→59.04 Å / SU ML: 0.6453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.7106
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2762	1360	4.91 %
R_work	0.2512	26326	-
obs	0.2525	27686	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 188.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→59.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8225	0	0	0	8225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	8403
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6072	11361
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0371	1258
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	1449
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.9818	3221

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.25062894713
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.08000639321
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.69620160862

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.31	0.4555	127	0.4108	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.31-3.45	0.4261	137	0.3858	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.45-3.6	0.3859	131	0.4078	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.6-3.79	0.3937	137	0.3456	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.79-4.03	0.3282	136	0.3076	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.56
4.03-4.34	0.2917	140	0.2737	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-4.78	0.2613	138	0.2443	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-5.47	0.2848	138	0.2493	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
5.47-6.89	0.3076	132	0.2829	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
6.89-59.04	0.2102	144	0.1858	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.18992303619	0.959789284871	0.456804206822	2.68178015615	0.841876257497	2.9881726622	0.558394393014	0.369348694842	0.487267970454	0.04139137686	-0.154091153568	-0.392332581709	-0.00946121151833	0.164751756257	-0.436111756555	1.48121379681	0.286577160758	0.111448502593	0.934552378228	0.11209112615	1.14766152332	42.4975558347	-46.8668199844	-43.9633755627
2	5.93905097778	0.547859086895	-2.02376323274	4.8855216126	1.26635326716	6.05981620486	0.65164299265	-0.634580696502	0.76207227745	-0.189702363877	0.179929007328	-0.593193841198	-0.584614489632	0.937903676884	-0.786958265042	1.19569751354	-0.134808606989	0.163436779177	0.840570012983	-0.286762770507	1.26227473482	24.4466577118	-26.6912624491	-20.2678871135
3	2.52197438589	0.558388097717	0.536377627428	7.6905947762	-0.0480027204572	3.08638147828	0.582271141877	-0.810361015559	-0.948179060416	1.00931560662	-0.601051260323	-0.772637285888	0.468910808133	0.426881562725	0.0487013051697	1.21110625762	-0.2705330103	-0.274057100437	1.53558716433	0.277957073133	1.62265329751	13.8993414038	-57.0110333393	1.85285389869
4	3.74984078913	-1.80260577188	-0.602293918689	3.34342168696	1.88999637079	2.98770878352	0.0623059524942	-1.09376361647	1.02475803677	-0.278872008891	0.853993544182	-1.26255492363	-0.774203007593	1.21609867832	-0.77486082079	1.83810961724	-0.555227006585	0.260213144387	2.09846073822	-0.972647961815	2.24167731985	21.6424905501	1.52395876306	5.14255574168

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 23 - 294

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 23 through 294)	A	A	1 - 243
2	2	(chain 'B' and resid 23 through 294)	B	B	1 - 245
3	3	(chain 'C' and resid 23 through 294)	C	C	1 - 248
4	4	(chain 'D' and resid 23 through 294)	D	D	1 - 258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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