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- PDB-7yul: Crystal structure of human BEND6 BEN domain in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yul
タイトルCrystal structure of human BEND6 BEN domain in complex with DNA
要素
  • BEN domain-containing protein 6
  • DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*G)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / transcription corepressor activity / nervous system development / chromatin binding / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BEN domain-containing protein 6 / BEN domain / BEN domain / BEN domain / BEN domain profile. / BEN / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCOLIC ACID / DNA / DNA (> 10) / BEN domain-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Liu, K. / Xiao, Y.Q. / Zhang, J. / Min, J.R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770834 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into DNA recognition by the BEN domain of the transcription factor BANP.
著者: Liu, K. / Zhang, J. / Xiao, Y. / Yang, A. / Song, X. / Li, Y. / Chen, Y. / Hughes, T.R. / Min, J.
履歴
登録2022年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BEN domain-containing protein 6
C: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5463
ポリマ－15,4702
非ポリマー761
水2,522140
1
A: BEN domain-containing protein 6
C: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子

A: BEN domain-containing protein 6
C: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0926
ポリマ－30,9404
非ポリマー1522
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.092, 39.514, 43.719
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

HOH

21C-206-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 BEN domain-containing protein 6 / BEND6


分子量: 11806.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BEND6, C6orf65 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SZJ8
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*CP*GP*CP*GP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID / グリコ-ル酸


分子量: 76.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12 M Ethylene glycol, 0.1 M Sodium HEPES, 0.1 M MOPS (acid), 12.5% MPD (v/v), 12.5% PEG 1000 (v/v), 12.5% PEG3350 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→27.11 Å / Num. obs: 11195 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.69 % / Rmerge(I) obs: 0.0451 / Net I/σ(I): 34.15
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 3.26 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Mean I/σ(I) obs: 9.77 / Num. unique obs: 483 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
SAINT5.8.0267データ削減
SAINT3.27データスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7YUG

7yug


解像度: 1.82→27.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.207 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1943 567 5.1 %RANDOM
Rwork0.1575 ---
obs0.1594 10599 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.64 Å2 / Biso mean: 16.862 Å2 / Biso min: 5.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å2-0 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→27.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数737 243 5 140 1125
Biso mean--21.6 26.48 -
残基数----104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0121044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.018896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8261.5151455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4881.8112073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.303595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.54423.41541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.78515157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.154155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02244
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 40 -
Rwork0.174 713 -
all-753 -
obs--93.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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