PDB-7yu2: Structure of 6-aminohexanoate-oligomer hydrolase NylC, D122G/H130...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yu2

タイトル

Structure of 6-aminohexanoate-oligomer hydrolase NylC, D122G/H130Y/T267C mutant, hydroxylamine-treated

要素

6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase

キーワード

HYDROLASE / NYLON OLIGOMER

機能・相同性

6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase / Peptidase S58, DmpA / Peptidase family S58 / nylon catabolic process / ArgJ-like domain superfamily / aminopeptidase activity / 6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase

機能・相同性情報

生物種

Arthrobacter (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.21 Å

データ登録者

Negoro, S. / Higuchi, Y.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: X-ray crystallographic and mutational analysis of the NylC precursor: catalytic mechanism of autocleavage and substrate hydrolysis of nylon hydrolase.
著者: Negoro, S. / Shibata, N. / Kato, D.I. / Tanaka, Y. / Yasuhira, K. / Nagai, K. / Oshima, S. / Furuno, Y. / Yokoyama, R. / Miyazaki, K. / Takeo, M. / Hengphasatporn, K. / Shigeta, Y. / Lee, Y.H. / Higuchi, Y.

履歴

登録	2022年8月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / entity / pdbx_validate_planes Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.details / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_planes Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_validate_planes.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yu2.cif.gz	496.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yu2.ent.gz	400.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yu2_validation.pdf.gz	474.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yu2_full_validation.pdf.gz	485.4 KB	表示
XML形式データ	7yu2_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	7yu2_validation.cif.gz	50.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/7yu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/7yu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yu0C 7yu1C 3axgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase

B: 6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase

ヘテロ分子

74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.270, 144.022, 128.262
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-816- HOH

#1: タンパク質	6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase / 6-aminohexanoate oligomer hydrolase / Ahx endo-type-oligomer hydrolase / Nylon hydrolase / Nylon ...6-aminohexanoate oligomer hydrolase / Ahx endo-type-oligomer hydrolase / Nylon hydrolase / Nylon oligomer-degrading enzyme EIII / Nylonase 分子量: 36908.266 Da / 分子数: 2 / 変異: D122G, H130Y, T267C / 由来タイプ: 組換発現詳細: Authors state that the long gap between the residues is due to the post-translational auto-cleavage of the nascent polypeptide between Asn266 and Thr267. 由来: (組換発現) Arthrobacter (バクテリア) / 株: K172 / 遺伝子: nylC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: Q79F77, 6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→50 Å / Num. obs: 194470 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 26.7
反射シェル	解像度: 1.21→1.23 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 9026 / CC_1/2: 0.791 / R_rim(I) all: 0.745 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AXG

3axg

解像度: 1.21→27.145 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.98 / SU B: 1.221 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1428	9810	5.05 %
R_work	0.1157	184450	-
all	0.117	-	-
obs	-	194260	99.166 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.963 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.547 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.275 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.272 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.21→27.145 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4877	0	63	627	5567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.013	5434
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	5142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.105	1.643	7425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.641	1.577	11813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.791	5	750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.205	20	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.745	15	800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.991	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	703
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	6421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.173	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.271	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.288	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.387	1.448	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.387	1.448	2839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.81	2.178	3573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.809	2.178	3574
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.569	1.866	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.44	1.847	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.982	2.687	3825
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.782	2.652	3808
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.01	19.837	5974
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.01	19.845	5975
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.498	3	10570

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.21-1.243	0.266	686	0.235	12632	X-RAY DIFFRACTION	92.9314
1.243-1.277	0.225	714	0.215	13145	X-RAY DIFFRACTION	98.9787
1.277-1.314	0.204	730	0.175	12909	X-RAY DIFFRACTION	100
1.314-1.355	0.165	683	0.143	12516	X-RAY DIFFRACTION	100
1.355-1.399	0.162	580	0.128	12266	X-RAY DIFFRACTION	99.9922
1.399-1.448	0.162	644	0.118	11778	X-RAY DIFFRACTION	99.992
1.448-1.502	0.139	614	0.103	11372	X-RAY DIFFRACTION	99.9917
1.502-1.564	0.139	626	0.094	10927	X-RAY DIFFRACTION	99.9913
1.564-1.633	0.131	552	0.093	10555	X-RAY DIFFRACTION	99.991
1.633-1.712	0.126	526	0.087	10073	X-RAY DIFFRACTION	99.9529
1.712-1.805	0.12	488	0.082	9635	X-RAY DIFFRACTION	99.9408
1.805-1.913	0.117	488	0.082	9042	X-RAY DIFFRACTION	99.8533
1.913-2.045	0.118	461	0.085	8532	X-RAY DIFFRACTION	99.756
2.045-2.208	0.13	442	0.097	7960	X-RAY DIFFRACTION	99.7744
2.208-2.417	0.125	374	0.099	7371	X-RAY DIFFRACTION	99.7553
2.417-2.699	0.149	346	0.115	6695	X-RAY DIFFRACTION	99.8016
2.699-3.112	0.134	293	0.114	5930	X-RAY DIFFRACTION	99.8075
3.112-3.799	0.132	277	0.118	5025	X-RAY DIFFRACTION	99.512
3.799-5.32	0.138	186	0.123	3883	X-RAY DIFFRACTION	96.9271
5.32-27.145	0.19	100	0.189	2205	X-RAY DIFFRACTION	92.7565

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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