PDB-7yu0: Structure of 6-aminohexanoate-oligomer hydrolase NylC precursor, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yu0

タイトル

Structure of 6-aminohexanoate-oligomer hydrolase NylC precursor, H130Y/N266A/T267A mutant

要素

6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase

キーワード

HYDROLASE / NYLON OLIGOMER

機能・相同性

6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase / Peptidase S58, DmpA / Peptidase family S58 / nylon catabolic process / ArgJ-like domain superfamily / aminopeptidase activity / 6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase

機能・相同性情報

生物種

Arthrobacter (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Negoro, S. / Higuchi, Y.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: X-ray crystallographic and mutational analysis of the NylC precursor: catalytic mechanism of autocleavage and substrate hydrolysis of nylon hydrolase.
著者: Negoro, S. / Shibata, N. / Kato, D.I. / Tanaka, Y. / Yasuhira, K. / Nagai, K. / Oshima, S. / Furuno, Y. / Yokoyama, R. / Miyazaki, K. / Takeo, M. / Hengphasatporn, K. / Shigeta, Y. / Lee, Y.H. / Higuchi, Y.

履歴

登録	2022年8月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yu0.cif.gz	482.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yu0.ent.gz	387.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yu0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/7yu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/7yu0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yu1C 7yu2C 3axgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase

B: 6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase

ヘテロ分子

75.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.242, 144.345, 129.178
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase / 6-aminohexanoate oligomer hydrolase / Ahx endo-type-oligomer hydrolase / Nylon hydrolase / Nylon ...6-aminohexanoate oligomer hydrolase / Ahx endo-type-oligomer hydrolase / Nylon hydrolase / Nylon oligomer-degrading enzyme EIII / Nylonase 分子量: 36891.215 Da / 分子数: 2 / 変異: H130Y, N266A, T267A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arthrobacter (バクテリア) / 株: K172 / 遺伝子: nylC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: Q79F77, 6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 140625 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 30.4
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / Num. unique obs: 5859 / CC_1/2: 0.94 / R_rim(I) all: 0.526 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AXG

3axg

解像度: 1.35→37.006 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 1.493 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1394	7049	5.017 %
R_work	0.1106	133463	-
all	0.112	-	-
obs	-	140512	97.716 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.236 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.836 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.831 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→37.006 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4864	0	88	579	5531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	5254
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.492	1.641	7177
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.498	1.575	11369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.796	5	719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.019	20.389	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.66	15	766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.717	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	679
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	4744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.159	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.23	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.581	1.897	2718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.581	1.897	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.913	2.861	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.913	2.861	3409
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.654	2.347	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.396	2.311	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.019	3.391	3740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.782	3.336	3711
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.493	25.101	5787
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.493	25.109	5788
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.706	3	10200

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.384	0.214	447	0.193	8360	X-RAY DIFFRACTION	83.1555
1.384-1.422	0.212	463	0.179	8976	X-RAY DIFFRACTION	92.2228
1.422-1.463	0.174	521	0.15	9376	X-RAY DIFFRACTION	98.5659
1.463-1.508	0.157	495	0.124	9148	X-RAY DIFFRACTION	99.8137
1.508-1.558	0.139	428	0.107	8991	X-RAY DIFFRACTION	99.6931
1.558-1.612	0.146	458	0.095	8642	X-RAY DIFFRACTION	99.6605
1.612-1.673	0.138	435	0.092	8382	X-RAY DIFFRACTION	99.6609
1.673-1.741	0.134	401	0.086	7994	X-RAY DIFFRACTION	99.5612
1.741-1.819	0.131	397	0.086	7723	X-RAY DIFFRACTION	99.6441
1.819-1.907	0.12	419	0.084	7367	X-RAY DIFFRACTION	99.5525
1.907-2.01	0.115	361	0.083	7002	X-RAY DIFFRACTION	99.4462
2.01-2.132	0.122	332	0.086	6663	X-RAY DIFFRACTION	99.5588
2.132-2.279	0.114	331	0.084	6267	X-RAY DIFFRACTION	99.6978
2.279-2.462	0.113	330	0.093	5827	X-RAY DIFFRACTION	99.6924
2.462-2.696	0.141	296	0.103	5401	X-RAY DIFFRACTION	99.8598
2.696-3.014	0.135	262	0.111	4894	X-RAY DIFFRACTION	99.9031
3.014-3.479	0.128	227	0.115	4370	X-RAY DIFFRACTION	99.8046
3.479-4.259	0.127	191	0.116	3678	X-RAY DIFFRACTION	99.3325
4.259-6.013	0.158	151	0.142	2854	X-RAY DIFFRACTION	98.1064
6.013-37.006	0.244	104	0.206	1548	X-RAY DIFFRACTION	92.4972

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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