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- PDB-7yqs: Neutron structure of a L-rhamnose-alpha-1,4-D-glucuronate lyase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yqs
タイトルNeutron structure of a L-rhamnose-alpha-1,4-D-glucuronate lyase from Fusarium oxysporum 12S, L-Rha complex
要素L-RHAMNOSE-ALPHA-1,4-D-GLUCURONATE LYASE
キーワードLYASE / neutron diffraction crystallography / polysaccharide lyase / gum arabic / carbohydrate-active enzyme
機能・相同性ACETATE ION / alpha-L-rhamnopyranose
機能・相同性情報
生物種Fusarium oxysporum (菌類)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Yano, N. / Kondo, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Arakawa, T. / Sakamoto, T. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H00929 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15H02443 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26660083 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Charge neutralization and beta-elimination cleavage mechanism of family 42 L-rhamnose-alpha-1,4-D-glucuronate lyase revealed using neutron crystallography.
著者: Yano, N. / Kondo, T. / Kusaka, K. / Arakawa, T. / Sakamoto, T. / Fushinobu, S.
履歴
登録2022年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-RHAMNOSE-ALPHA-1,4-D-GLUCURONATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7297
ポリマ－50,0851
非ポリマー1,6446
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.780, 65.800, 108.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 L-RHAMNOSE-ALPHA-1,4-D-GLUCURONATE LYASE


分子量: 50085.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-RAM / alpha-L-rhamnopyranose / alpha-L-rhamnose / 6-deoxy-alpha-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / α-L-ラムノピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LRhapaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 303分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化温度: 293 K / 詳細: 8.5(pD) / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein solution : protein 24mg/ml, 20mM Tris-DCl (pD 8.0), Reservoir solution : 33 % (w/v) PEG 1500, 0.1 M Tris-DCl (pD 8.5), 0.1 M L-Rha

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Ambient temp detailsCrystal-IDSerial crystal experiment
1293room temperature1N
2293room temperature1N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11
SPALLATION SOURCEJPARC MLF BL-03J-PARC MLF BEAMLINE BL-0322.28-6.19
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 S 6M1PIXEL2021年3月17日
iBIX2DIFFRACTOMETER2021年2月12日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1NUMERICAL LINK TYPE SI(111) DOUBLE CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
22.281
36.191
反射

Biso Wilson estimate: 14.58 Å2 / Entry-ID: 7YQS

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Observed criterion σ(I)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.25-43.421153881006.40.9990.0590.025115
1.8-19.823882698.9-37.90.9830.2570.09628.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.25-1.276.40.8862.256670.7940.381100
1.8-1.865.91.1741.638250.4110.507298

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化

SU ML: 0.1148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 16.6944 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 7esk

7esk

/ 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.25-43.42X-RAY DIFFRACTION33.310.1630.14650.14745764109527115291599.9611.33
1.8-19.82NEUTRON DIFFRACTION0.19070.16190.16341946388245.01992
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→43.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3337 0 108 299 3744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00717556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.160313232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0911529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00581482
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.24642110
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.260.23961890.25543594X-RAY DIFFRACTION99.74
1.26-1.280.29311890.24723597X-RAY DIFFRACTION99.97
1.28-1.290.26441900.24443617X-RAY DIFFRACTION99.95
1.29-1.310.24151900.2343620X-RAY DIFFRACTION100
1.31-1.330.26211900.22223605X-RAY DIFFRACTION99.97
1.33-1.350.21421910.2183631X-RAY DIFFRACTION100
1.35-1.370.19961900.21063607X-RAY DIFFRACTION100
1.37-1.390.22121900.20383613X-RAY DIFFRACTION100
1.39-1.410.20821910.19473611X-RAY DIFFRACTION100
1.41-1.430.20571910.18983643X-RAY DIFFRACTION100
1.43-1.460.21011900.18113600X-RAY DIFFRACTION99.97
1.46-1.480.18951920.17823654X-RAY DIFFRACTION100
1.48-1.510.19891890.17093590X-RAY DIFFRACTION99.97
1.51-1.540.20261910.16423619X-RAY DIFFRACTION99.97
1.54-1.570.17551890.16363618X-RAY DIFFRACTION99.97
1.57-1.610.17031940.1613671X-RAY DIFFRACTION99.97
1.61-1.650.18461920.15883647X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.70.17921890.15493601X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.750.16431930.14973650X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.80.13911920.14663644X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.870.15621920.14153665X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.940.15511920.13653653X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.030.15181930.13453642X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.140.1511930.13263690X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.270.15551930.1383655X-RAY DIFFRACTION99.95
2.27-2.450.14791950.13773695X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.690.17711940.13783694X-RAY DIFFRACTION100
2.69-3.080.13661960.13913724X-RAY DIFFRACTION99.97
3.08-3.880.14441990.12713773X-RAY DIFFRACTION99.85
3.88-43.420.14952050.12923904X-RAY DIFFRACTION99.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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