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- PDB-7ymh: Cryo-EM structure of Nb29-alpha1AAR-miniGsq complex bound to nora... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ymh
タイトルCryo-EM structure of Nb29-alpha1AAR-miniGsq complex bound to noradrenaline
要素
  • Nb29
  • alpha1A-adrenergic receptor
  • miniGsq
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Nanobody / Agonist / Complex
機能・相同性Noradrenaline
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Toyoda, Y. / Zhu, A. / Yan, C. / Kobilka, B.K. / Liu, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32122041 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of α-adrenergic receptor activation and recognition by an extracellular nanobody.
著者: Yosuke Toyoda / Angqi Zhu / Fang Kong / Sisi Shan / Jiawei Zhao / Nan Wang / Xiaoou Sun / Linqi Zhang / Chuangye Yan / Brian K Kobilka / Xiangyu Liu /
要旨: The αadrenergic receptor (αAR) belongs to the family of G protein-coupled receptors that respond to adrenaline and noradrenaline. αAR is involved in smooth muscle contraction and cognitive ...The αadrenergic receptor (αAR) belongs to the family of G protein-coupled receptors that respond to adrenaline and noradrenaline. αAR is involved in smooth muscle contraction and cognitive function. Here, we present three cryo-electron microscopy structures of human αAR bound to the endogenous agonist noradrenaline, its selective agonist oxymetazoline, and the antagonist tamsulosin, with resolutions range from 2.9 Å to 3.5 Å. Our active and inactive αAR structures reveal the activation mechanism and distinct ligand binding modes for noradrenaline compared with other adrenergic receptor subtypes. In addition, we identified a nanobody that preferentially binds to the extracellular vestibule of αAR when bound to the selective agonist oxymetazoline. These results should facilitate the design of more selective therapeutic drugs targeting both orthosteric and allosteric sites in this receptor family.
履歴
登録2022年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年6月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha1A-adrenergic receptor
B: miniGsq
D: Nb29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2944
ポリマ－98,1243
非ポリマー1701
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 alpha1A-adrenergic receptor


分子量: 53736.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: タンパク質 miniGsq


分子量: 28571.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Nb29


分子量: 15815.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-E5E / Noradrenaline / (R)-2-(3,4-ジヒドロキシフェニル)-2-ヒドロキシエタンアミニウム


分子量: 170.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 神経伝達物質, ホルモン*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Nb29-alpha1AAR-miniGsq complexCOMPLEX#1-#30RECOMBINANT
2Nb29COMPLEX#31RECOMBINANT
3alpha1AARCOMPLEX#11RECOMBINANT
4miniGsqCOMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12synthetic construct (人工物)32630
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
34Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3247: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
8PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 393000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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