PDB-7ym8: Cryo-EM structure of Nb29-alpha1AAR-miniGsq complex bound to oxym...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ym8

タイトル

Cryo-EM structure of Nb29-alpha1AAR-miniGsq complex bound to oxymetazoline

要素

alpha1A adrenergic receptor
miniGsq
nanobody 29

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / GPCR / Nanobody / Agonist / Complex

機能・相同性

Oxymetazoline / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Toyoda, Y. / Zhu, A. / Yan, C. / Kobilka, B.K. / Liu, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of α-adrenergic receptor activation and recognition by an extracellular nanobody.
著者: Yosuke Toyoda / Angqi Zhu / Fang Kong / Sisi Shan / Jiawei Zhao / Nan Wang / Xiaoou Sun / Linqi Zhang / Chuangye Yan / Brian K Kobilka / Xiangyu Liu /

要旨: The αadrenergic receptor (αAR) belongs to the family of G protein-coupled receptors that respond to adrenaline and noradrenaline. αAR is involved in smooth muscle contraction and cognitive ...

履歴

登録	2022年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ym8.cif.gz	116.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ym8.ent.gz	82.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ym8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/7ym8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/7ym8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	33924MC 33928C 33930C 7ymhC 7ymjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: miniGsq

A: alpha1A adrenergic receptor

D: nanobody 29

ヘテロ分子

98.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	miniGsq 分子量: 28571.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	alpha1A adrenergic receptor 分子量: 53736.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体	nanobody 29 分子量: 15815.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物	ChemComp-J5C / Oxymetazoline / オキシメタゾリン分子量: 260.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₄N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₅₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	Nb29-alpha1AAR-miniGsq complex	COMPLEX	#1-#3	0	RECOMBINANT
2	Nb29	COMPLEX	#3	1	RECOMBINANT
3	alpha1AAR	COMPLEX	#2	1	RECOMBINANT
4	miniGsq	COMPLEX	#1	1	RECOMBINANT

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	2	synthetic construct (人工物)	32630
2	3	Homo sapiens (ヒト)	9606
3	4	Homo sapiens (ヒト)	9606

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	2	Escherichia coli (大腸菌)	562
2	3	Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)	7108
3	4	Escherichia coli (大腸菌)	562

緩衝液

pH: 7.5

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3247: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
10	cryoSPARC	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	最終オイラー角割当

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 359000 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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