PDB-7yki: Crystal structure of MAGI2 PDZ0-GK domain in complex with phospho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yki

タイトル

Crystal structure of MAGI2 PDZ0-GK domain in complex with phospho-SAPAP1 GBR3 peptide

要素

Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
SAPAP1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / MAGI2 / PDZ0-GK / SAPAP1 / GBR3 / phosphorylated peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

type II activin receptor binding / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / podocyte development / slit diaphragm / positive regulation of synaptic vesicle clustering / beta-1 adrenergic receptor binding / activin receptor binding / nerve growth factor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / clathrin-dependent endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhang, M. / Lin, L. / Zhu, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Phosphorylation-dependent recognition of diverse protein targets by the cryptic GK domain of MAGI MAGUKs.
著者: Zhang, M. / Cao, A. / Lin, L. / Chen, Y. / Shang, Y. / Wang, C. / Zhang, M. / Zhu, J.

履歴

登録	2022年7月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yki.cif.gz	103.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yki.ent.gz	74 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yki.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yki_validation.pdf.gz	477.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yki_full_validation.pdf.gz	480.9 KB	表示
XML形式データ	7yki_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	7yki_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/7yki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/7yki	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ykfC 7ykgC 7ykhC 2eehS 5ypoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2

C: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2

B: SAPAP1

D: SAPAP1

ヘテロ分子

56.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2

B: SAPAP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2

D: SAPAP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.975, 78.909, 92.997
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	2	B
4	2	D

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	A	A	9 - 191	5 - 187
2	1	1	SER	SER	C	B	9 - 191	5 - 187
3	2	2	ILE	ILE	B	C	-4 - 7	1 - 12
4	2	2	ILE	ILE	D	D	-4 - 7	1 - 12

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2 / Activin receptor-interacting protein 1 / Acvrip1 / Atrophin-1-interacting protein 1 / AIP-1 / ...Activin receptor-interacting protein 1 / Acvrip1 / Atrophin-1-interacting protein 1 / AIP-1 / Membrane-associated guanylate kinase inverted 2 / MAGI-2 分子量: 25982.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Magi2, Acvrinp1, Aip1, Arip1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WVQ1
#2: タンパク質・ペプチド	SAPAP1 分子量: 1686.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.1 M ammonium phosphate dibasic, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1M Tris (pH 8.5)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 32529 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Χ²: 2.279 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 138910

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	4.4	0.506	1623	1.59	1	98.9
2.03-2.07	4.3	0.452	1619	2.015	1	98.2
2.07-2.11	4.4	0.395	1623	1.691	1	99.3
2.11-2.15	4.4	0.344	1622	1.731	1	98.9
2.15-2.2	4.4	0.3	1624	1.879	1	98.9
2.2-2.25	4.3	0.288	1610	2.13	1	97.8
2.25-2.31	4.4	0.223	1648	1.927	1	99.1
2.31-2.37	4.4	0.199	1641	1.956	1	99.2
2.37-2.44	4.4	0.184	1629	2.042	1	98.6
2.44-2.52	4.4	0.162	1629	2.1	1	98.1
2.52-2.61	4.4	0.145	1617	2.172	1	98.3
2.61-2.71	4.4	0.127	1639	2.296	1	97.5
2.71-2.84	4.4	0.109	1634	2.329	1	98.3
2.84-2.99	4.3	0.087	1639	2.642	1	98.3
2.99-3.17	4.2	0.074	1615	2.694	1	97
3.17-3.42	4.1	0.063	1639	3.066	1	97.1
3.42-3.76	3.9	0.054	1603	3.299	1	95
3.76-4.31	3.8	0.045	1603	3.188	1	94.5
4.31-5.43	3.9	0.041	1620	2.81	1	93.5
5.43-50	4	0.036	1652	2.521	1	89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2EEH,5YPO

2eeh

5ypo

解像度: 2→44.496 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / WR_factor R_free: 0.235 / WR_factor R_work: 0.198 / SU B: 4.173 / SU ML: 0.114 / Average fsc free: 0.9559 / Average fsc work: 0.9699 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2486	1601	4.93 %
R_work	0.2074	30873	-
all	0.209	-	-
obs	-	32474	96.94 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.078 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.342 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.295 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.047 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.496 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3006	0	46	248	3300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3128
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	1.656	4242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.496	1.564	6639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.835	5	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.674	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.466	10	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.143	10	133
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.248	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.152	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.131	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.887	2.904	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.883	2.904	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.329	4.331	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.329	4.334	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.928	3.367	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.927	3.37	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.097	4.843	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.096	4.846	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.682	45.071	3542
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.578	44.516	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	5705
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.147	0.05	299

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05887	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05887	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14659	0.05006
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14659	0.05006

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.341	108	0.279	2213	0.281	2429	0.929	0.944	95.5537	0.22
2.052-2.108	0.288	115	0.257	2231	0.258	2377	0.914	0.95	98.6958	0.202
2.108-2.169	0.267	104	0.241	2188	0.242	2311	0.946	0.961	99.1778	0.196
2.169-2.236	0.276	111	0.227	2097	0.229	2247	0.953	0.966	98.2644	0.18
2.236-2.309	0.292	94	0.215	2028	0.218	2159	0.952	0.97	98.2862	0.173
2.309-2.39	0.228	106	0.205	1986	0.206	2122	0.962	0.974	98.5862	0.171
2.39-2.48	0.23	107	0.199	1905	0.2	2050	0.966	0.977	98.1463	0.158
2.48-2.581	0.234	101	0.195	1824	0.197	1952	0.969	0.978	98.6168	0.159
2.581-2.695	0.251	82	0.202	1762	0.204	1880	0.968	0.976	98.0851	0.17
2.695-2.826	0.242	82	0.186	1701	0.188	1824	0.962	0.98	97.7522	0.16
2.826-2.978	0.256	79	0.184	1614	0.187	1721	0.959	0.979	98.373	0.165
2.978-3.158	0.2	91	0.191	1503	0.192	1645	0.977	0.978	96.8997	0.181
3.158-3.375	0.226	80	0.205	1423	0.206	1541	0.961	0.975	97.5341	0.2
3.375-3.644	0.209	72	0.194	1306	0.195	1438	0.967	0.977	95.8275	0.188
3.644-3.989	0.175	64	0.185	1196	0.184	1343	0.984	0.98	93.8198	0.191
3.989-4.455	0.213	61	0.177	1084	0.179	1219	0.97	0.982	93.9295	0.2
4.455-5.136	0.339	38	0.189	982	0.193	1096	0.937	0.98	93.0657	0.21
5.136-6.269	0.283	57	0.24	822	0.243	923	0.966	0.969	95.2329	0.27
6.269-8.779	0.347	32	0.233	658	0.237	750	0.942	0.965	92	0.269
8.779-44.496	0.335	17	0.283	350	0.286	460	0.932	0.942	79.7826	0.327

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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