PDB-7yjf: Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268P/V...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yjf

タイトル

Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268P/V78I in complex with N-imidazolyl-pentanoyl-L-phenylalanine and hydroxylamine

要素

P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268P/V78I

キーワード

OXIDOREDUCTASE / P450 BM3 heme domain

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.515 Å

データ登録者

Dong, S. / Chen, J. / Jiang, Y. / Cong, Z. / Feng, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Regiodivergent and Enantioselective Hydroxylation of C-H bonds by Synergistic Use of Protein Engineering and Exogenous Dual-Functional Small Molecules.
著者: Chen, J. / Dong, S. / Fang, W. / Jiang, Y. / Chen, Z. / Qin, X. / Wang, C. / Zhou, H. / Jin, L. / Feng, Y. / Wang, B. / Cong, Z.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yjf.cif.gz	399.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yjf.ent.gz	321 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yjf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yjf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yjf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yd9C 7ydaC 7ydbC 7ydcC 7yddC 7ydeC 7yftC 7yjeC 7yjgC 7yjhC 1fagS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (14) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (10) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268P/V78I

B: P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268P/V78I

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268P/V78I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
54.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268P/V78I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.424, 143.245, 62.062
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.950, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268P/V78I 分子量: 53493.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P14779
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HOA / HYDROXYAMINE / ヒドロキシルアミン分子量: 33.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-IRV / (2~{S})-2-(5-imidazol-1-ylpentanoylamino)-3-phenyl-propanoic acid 分子量: 315.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH7.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→71.62 Å / Num. obs: 258887 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 17.35 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.52-1.6	2.7	0.393	55683	20878	0.767	0.298	0.497	2.5	93.5
4.79-71.62	3.2	0.066	14601	4615	0.979	0.045	0.081	15	93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1fag

1fag

解像度: 1.515→39.134 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2027	3644	1.41 %
R_work	0.1682	255243	-
obs	0.1687	258887	85.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.55 Å² / B_iso mean: 23.1157 Å² / B_iso min: 5.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.515→39.134 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7243	0	182	1208	8633
B_iso mean	-	-	13.93	34.75	-
残基数	-	-	-	-	904

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5154-1.5353	0.2816	120	0.263	9255	81
1.5353-1.5564	0.2664	137	0.2551	9646	82
1.5564-1.5786	0.3218	124	0.2468	9378	82
1.5786-1.6022	0.2937	150	0.2407	9606	83
1.6022-1.6272	0.2439	121	0.2294	9638	84
1.6272-1.6539	0.2519	141	0.2204	9624	84
1.6539-1.6824	0.2687	134	0.214	9824	84
1.6824-1.713	0.2991	135	0.2145	9734	85
1.713-1.7459	0.2522	159	0.2071	9876	85
1.7459-1.7816	0.2099	141	0.1964	9971	86
1.7816-1.8203	0.2165	133	0.1953	9887	86
1.8203-1.8627	0.2195	128	0.1957	9938	86
1.8627-1.9092	0.2647	149	0.1996	9886	86
1.9092-1.9609	0.2138	138	0.1837	9911	86
1.9609-2.0186	0.2145	144	0.174	9803	85
2.0186-2.0837	0.1875	144	0.1698	9960	86
2.0837-2.1582	0.183	139	0.1651	9698	84
2.1582-2.2446	0.2165	134	0.1673	9797	85
2.2446-2.3467	0.2077	161	0.1666	9688	85
2.3467-2.4704	0.2016	130	0.1697	9723	84
2.4704-2.6252	0.1862	143	0.1743	9882	86
2.6252-2.8278	0.2311	129	0.1655	9826	85
2.8278-3.1123	0.1911	147	0.1586	9976	86
3.1123-3.5624	0.175	158	0.1396	10059	87
3.5624-4.4872	0.1533	148	0.1263	10338	90
4.4872-39.1	0.1855	157	0.1544	10319	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.244	0.5159	1.1749	0.898	0.5776	2.7849	0.0276	-0.1238	-0.055	0.1443	-0.0298	-0.0396	0.0781	0.0242	-0.001	0.1615	0.0019	0.0037	0.1559	0.0243	0.1355	4.6731	-15.9038	27.5809
2	0.8921	0.3724	-0.2751	0.9202	-0.2525	0.2753	0.0197	-0.1147	0.074	0.1529	-0.0276	-0.034	-0.0754	0.0156	0.0052	0.1547	-0.0096	-0.0116	0.1352	-0.0072	0.1302	0.719	7.4448	15.0264
3	1.3061	-0.2347	1.4091	1.2074	-2.1304	7.1354	-0.1773	-0.3499	0.2064	0.6213	0.119	0.0098	-0.8299	-0.168	0.1041	0.444	0.0457	-0.006	0.2324	-0.0507	0.2118	-7.8137	13.3763	25.607
4	3.9917	-0.2278	0.2883	0.693	-0.0973	0.6787	-0.092	0.1319	0.1386	0.0422	0.0382	0.1312	-0.0739	-0.1064	0.0443	0.1511	-0.0179	0.0005	0.1101	0.0087	0.1299	-5.2752	4.8377	10.4652
5	1.0378	0.4443	-0.2831	0.9797	-0.3	0.9141	-0.0384	0.0525	-0.0465	-0.0366	0.0236	-0.1013	0.043	0.0405	0.0238	0.1244	0.0019	-0.0015	0.1355	-0.0103	0.1231	9.8693	-7.6779	8.2779
6	2.7702	2.1065	-1.9096	2.5505	-2.0607	4.5837	0.1078	-0.0348	-0.0669	0.0961	-0.1318	-0.113	-0.3019	0.0574	0.0055	0.136	0.0278	-0.0172	0.0934	-0.0294	0.1472	19.3675	6.903	14.1894
7	1.7006	-0.0917	-0.9127	1.1375	-0.1619	2.3689	0.0007	0.1527	0.158	-0.0659	-0.0019	0.018	-0.1091	0.0224	-0.008	0.157	-0.0063	0.0035	0.1532	0.0318	0.1626	-15.4958	-8.8726	-25.7046
8	1.7431	-1.0272	0.3344	1.2884	-0.4254	0.5206	0.0135	-0.0007	-0.0105	-0.0342	0.0257	-0.0042	0.0417	-0.0406	-0.043	0.1354	-0.0185	0.0025	0.1312	-0.0163	0.1352	-19.7384	-31.6101	-9.6918
9	0.5864	-0.4297	0.8305	2.6806	-2.3571	3.0758	0.0576	0.2375	-0.0007	-0.4164	-0.0937	-0.0308	0.1639	0.1996	0.0096	0.2636	0.0381	-0.0066	0.1999	-0.0099	0.191	-18.9921	-35.1963	-23.6643
10	1.7334	0.1212	-1.3951	2.2028	-2.328	7.9774	-0.058	0.3109	-0.0883	-0.516	0.044	0.108	0.4382	-0.2445	0.0534	0.2965	-0.0118	-0.0427	0.173	-0.0244	0.1959	-27.6707	-38.0091	-25.33
11	4.2635	0.2967	-0.48	3.8296	1.7799	1.9816	0.0197	-0.1864	-0.3838	0.182	-0.0038	0.2791	0.2191	-0.1773	-0.0444	0.135	-0.017	0.0377	0.1572	0.0346	0.157	-36.4713	-32.3853	-4.4919
12	0.9277	-0.0492	0.2829	0.365	-0.2044	0.6725	0.0559	-0.0481	-0.0205	0.0563	-0.0137	0.0063	0.0101	0.0395	-0.0445	0.1464	0.005	0.0157	0.1337	-0.0146	0.1309	-11.0761	-25.8443	-5.9179
13	2.5521	-0.9924	1.4589	1.8288	-0.5472	2.0358	-0.1063	-0.0468	0.3473	0.1245	0.0662	-0.0669	-0.207	-0.0011	0.0538	0.1849	-0.0204	0.037	0.152	-0.0036	0.225	-12.1526	-7.2496	-13.3017
14	1.5684	-0.8983	0.9195	1.207	-0.8852	1.0569	-0.0162	-0.0946	-0.0013	0.0977	0.0438	0.0181	-0.021	-0.0057	-0.0314	0.1559	0.0002	0.0064	0.1614	-0.0223	0.1253	-12.2078	-23.9608	-4.5387
15	2.0345	-0.7737	0.8743	1.8201	-1.1114	2.436	0.1022	0.0863	0.0428	-0.0991	-0.1105	-0.0708	0.1821	0.1557	0	0.1604	-0.0147	0.0125	0.1282	-0.0394	0.15	-0.6368	-32.0817	-13.4868

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 72 )	A	4 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 195 )	A	73 - 195
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 196 through 225 )	A	196 - 225
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 226 through 282 )	A	226 - 282
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 283 through 424 )	A	283 - 424
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 425 through 455 )	A	425 - 455
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 72 )	B	4 - 72
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 73 through 158 )	B	73 - 158
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 159 through 195 )	B	159 - 195
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 196 through 224 )	B	196 - 224
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 225 through 250 )	B	225 - 250
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 251 through 335 )	B	251 - 335
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 336 through 384 )	B	336 - 384
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 385 through 424 )	B	385 - 424
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 425 through 455 )	B	425 - 455

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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