PDB-7yje: Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87G/T268V/A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yje

タイトル

Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87G/T268V/A184V/A328V in complex with N-imidazolyl-hexanoyl-L-phenylalanine and acetate ion

要素

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / P450 BM3 heme domain

機能・相同性

機能・相同性情報

aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / unspecific monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Dong, S. / Chen, J. / Jiang, Y. / Cong, Z. / Feng, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Regiodivergent and Enantioselective Hydroxylation of C-H bonds by Synergistic Use of Protein Engineering and Exogenous Dual-Functional Small Molecules.
著者: Chen, J. / Dong, S. / Fang, W. / Jiang, Y. / Chen, Z. / Qin, X. / Wang, C. / Zhou, H. / Jin, L. / Feng, Y. / Wang, B. / Cong, Z.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yje.cif.gz	403.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yje.ent.gz	326.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yje.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7yje_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yje_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	7yje_validation.xml.gz	44.2 KB	表示
CIF形式データ	7yje_validation.cif.gz	67.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yje	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7yd9C 7ydaC 7ydbC 7ydcC 7yddC 7ydeC 7yftC 7yjfC 7yjgC 7yjhC 1fagS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (14) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (10) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
54.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.699, 148.510, 64.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.730, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Fatty acid monooxygenase / Flavocytochrome P450 BM3 分子量: 53524.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア) 株: ATCC 14581 / DSM 32 / CCUG 1817 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / NRRL B-14308 / VKM B-512 / Ford 19 遺伝子: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-IC6 / (2S)-2-(6-imidazol-1-ylhexanoylamino)-3-phenyl-propanoic acid 分子量: 329.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₃N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1002 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH7.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 128081 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 19 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.917 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.88	3.4	0.58	4536	0.7	0.367	0.688	0.861	98.8
1.88-1.92	3.4	0.517	4475	0.744	0.329	0.615	0.872	98.8
1.92-1.95	3.2	0.408	4561	0.8	0.266	0.489	0.892	98.6
1.95-1.99	3	0.326	4493	0.845	0.225	0.398	0.883	98.4
1.99-2.04	3.2	0.305	4527	0.87	0.202	0.367	0.908	99
2.04-2.08	3.6	0.267	4569	0.911	0.165	0.314	0.905	99.8
2.08-2.14	3.6	0.226	4589	0.94	0.139	0.266	0.895	99.9
2.14-2.19	3.6	0.189	4550	0.957	0.116	0.222	0.903	99.8
2.19-2.26	3.6	0.163	4608	0.965	0.101	0.192	0.948	99.7
2.26-2.33	3.5	0.144	4552	0.971	0.089	0.169	0.926	99.8
2.33-2.41	3.5	0.126	4553	0.977	0.078	0.149	0.936	99.6
2.41-2.51	3.5	0.106	4540	0.982	0.066	0.125	0.921	99
2.51-2.63	3.4	0.092	4555	0.984	0.057	0.109	0.939	99
2.63-2.76	3.2	0.076	4536	0.988	0.049	0.091	0.891	98.7
2.76-2.94	3	0.062	4557	0.99	0.041	0.075	0.915	98.6
2.94-3.16	3.6	0.059	4548	0.993	0.035	0.068	1.004	99.8
3.16-3.48	3.6	0.051	4606	0.994	0.031	0.06	1.065	99.9
3.48-3.99	3.6	0.044	4617	0.995	0.027	0.051	1.066	99.8
3.99-5.02	3.4	0.038	4578	0.996	0.023	0.044	0.924	99.5
5.02-50	3.5	0.032	4629	0.998	0.02	0.038	0.645	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1fag

1fag

解像度: 1.85→46.786 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1858	2905	2.27 %
R_work	0.1463	125176	-
obs	0.1472	128081	70.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.61 Å² / B_iso mean: 24.5665 Å² / B_iso min: 1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→46.786 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7320	0	344	1002	8666
B_iso mean	-	-	16.97	34.81	-
残基数	-	-	-	-	908

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8504-1.8808	0.3113	70	0.2443	3000	35
1.8808-1.9132	0.3009	77	0.223	3295	39
1.9132-1.948	0.2194	84	0.2072	3608	42
1.948-1.9855	0.2203	87	0.2022	3742	44
1.9855-2.026	0.2289	94	0.1962	4098	48
2.026-2.0701	0.2086	100	0.1809	4323	51
2.0701-2.1182	0.2341	102	0.1771	4441	53
2.1182-2.1712	0.1916	112	0.1628	4742	55
2.1712-2.2299	0.2199	115	0.1503	4980	59
2.2299-2.2955	0.1717	122	0.1507	5445	64
2.2955-2.3696	0.1931	143	0.1489	5959	70
2.3696-2.4543	0.1808	145	0.1453	6538	77
2.4543-2.5525	0.206	166	0.1424	7141	84
2.5525-2.6687	0.217	173	0.1504	7377	87
2.6687-2.8094	0.1754	172	0.1515	7474	88
2.8094-2.9854	0.2016	177	0.1487	7810	93
2.9854-3.2158	0.2041	191	0.1413	8296	98
3.2158-3.5393	0.1568	191	0.1281	8266	98
3.5393-4.0512	0.1586	199	0.1206	8288	98
4.0512-5.1031	0.1429	190	0.1252	8124	96
5.1031-46	0.206	195	0.1659	8229	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9132	-0.0453	0.4406	0.5699	-0.1836	0.7859	0.0326	-0.0904	-0.0717	0.0627	0.0202	0.0839	0.0434	-0.126	-0.0298	0.1515	-0.0038	0.0167	0.1713	-0.0115	0.1223	-1.5739	-12.4035	24.6554
2	1.2762	0.3428	-0.3303	1.5367	-0.2335	0.9336	0.0055	-0.1972	0.2296	0.2039	-0.0144	0.0859	-0.1169	-0.017	0.0071	0.1522	0.0021	-0.015	0.1211	-0.0345	0.1738	0.8063	12.2264	18.509
3	1.9859	-0.0345	-0.0154	0.6259	0.1203	0.4175	-0.1017	-0.0076	0.2002	-0.0323	0.0724	0.143	-0.0672	-0.1275	0.0451	0.1966	0.0099	0.0012	0.1466	0.0148	0.1736	-6.3117	5.0164	11.4651
4	0.7375	0.2686	-0.0376	1.5602	-0.2383	0.6659	-0.0091	0.0894	-0.0385	-0.1871	0.0371	-0.043	0.0697	0.0048	-0.0272	0.1219	0.0219	0.0022	0.1298	-0.0286	0.0958	10.7213	-5.0658	9.8303
5	1.2651	-0.1872	-0.1106	1.2128	-0.293	0.7427	-0.0533	0.2336	0.3328	-0.0219	-0.0011	-0.0443	-0.1637	-0.0459	0.0668	0.1469	-0.0036	-0.0278	0.1799	0.0244	0.1886	-14.6971	-8.9339	-26.3066
6	1.0544	-0.5444	0.3193	1.0222	-0.2214	0.4095	-0.0602	-0.044	-0.0263	0.0882	0.0589	0.0642	-0.0361	-0.1719	0.0101	0.1315	0.0265	0.0259	0.1545	-0.0277	0.1413	-23.9065	-29.4968	-9.9233
7	0.8147	-0.0996	0.5468	1.1403	-0.6734	0.6658	0.0268	0.2321	-0.1017	-0.2071	-0.0099	-0.0309	0.0983	0.0698	0.0197	0.1596	0.033	0.0216	0.1524	-0.0548	0.1727	-14.0912	-38.5048	-19.5176
8	1.5448	0.4206	-0.921	1.7461	-1.7585	3.6758	-0.1029	0.3805	-0.2509	-0.4687	0.1921	0.1451	0.545	-0.0901	0.0346	0.2932	-0.0601	0.0184	0.2948	-0.1434	0.331	-28.6417	-38.8068	-26.3071
9	2.3608	-0.4993	-0.3778	2.3642	0.7987	1.0605	-0.1638	-0.0055	-0.2912	0.2046	0.0504	0.1074	0.2451	-0.0842	-0.0467	0.2104	0.0357	0.0885	0.255	0.0101	0.2185	-36.5248	-33.2676	-5.1418
10	0.9913	-0.0415	0.2197	0.3451	-0.2878	0.234	-0.0668	-0.0755	0.0008	0.1048	0.0486	-0.0021	-0.0591	-0.0593	0.0185	0.1577	0.0368	-0.0045	0.1221	-0.0447	0.1039	-10.2704	-27.3363	-6.6604
11	1.8587	-0.3066	0.9786	1.6607	-0.4347	1.2921	-0.2829	-0.0239	0.4726	0.4287	0.098	-0.0536	-0.3937	-0.0379	0.1342	0.2595	0.0265	-0.061	0.1268	-0.047	0.2289	-11.3306	-8.149	-13.6695
12	1.1002	-0.1153	0.5221	0.9739	-0.3558	1.0418	-0.069	0.0146	0.0386	0.0729	0.0508	-0.023	-0.111	-0.0352	0.01	0.1129	0.0109	-0.003	0.1152	-0.044	0.0936	-6.2538	-29.0138	-9.2451

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 108 )	A	2 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 226 )	A	109 - 226
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 227 through 282 )	A	227 - 282
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 283 through 455 )	A	283 - 455
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 72 )	B	2 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 73 through 131 )	B	73 - 131
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 132 through 195 )	B	132 - 195
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 196 through 226 )	B	196 - 226
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 227 through 250 )	B	227 - 250
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 251 through 335 )	B	251 - 335
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 336 through 384 )	B	336 - 384
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 385 through 455 )	B	385 - 455

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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