PDB-7yj8: Crystal structure of Stenoloma chusanum chalcone synthase 1 (ScCH...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yj8

タイトル

Crystal structure of Stenoloma chusanum chalcone synthase 1 (ScCHS1) complex with Pinocembrin

要素

chalcone synthase 1 (ScCHS1)

キーワード

TRANSFERASE / flavonoids biosynthesis / chalcone synthase / Stenoloma chusanum

機能・相同性

pinocembrin

機能・相同性情報

生物種

Odontosoria chusana (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Li, J.X. / Cheng, A.X. / Zhang, P.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31770330	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32000228	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31870720	中国

引用

ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2022
タイトル: Molecular and structural characterization of a promiscuous chalcone synthase from the fern species Stenoloma chusanum.
著者: Ni, R. / Niu, M. / Fu, J. / Tan, H. / Zhu, T.T. / Zhang, J. / Lou, H.X. / Zhang, P. / Li, J.X. / Cheng, A.X.

履歴

登録	2022年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yj8.cif.gz	166.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yj8.ent.gz	130.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yj8_validation.pdf.gz	725 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yj8_full_validation.pdf.gz	734.1 KB	表示
XML形式データ	7yj8_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	7yj8_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/7yj8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yj5C 7yj6C 7yj7C 7yj9C 7yjaC 7yjbC 7veyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: chalcone synthase 1 (ScCHS1)

ヘテロ分子

44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: chalcone synthase 1 (ScCHS1)

ヘテロ分子

A: chalcone synthase 1 (ScCHS1)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.612, 72.572, 83.555
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-642- HOH
2	1	A-643- HOH

#1: タンパク質	chalcone synthase 1 (ScCHS1) 分子量: 44506.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Odontosoria chusana (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-KML / pinocembrin / (2~{S})-5,7-bis(oxidanyl)-2-phenyl-2,3-dihydrochromen-4-one / ピノセンブリン分子量: 256.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→27.395 Å / Num. obs: 26056 / % possible obs: 86.27 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 30.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 1315 / CC_1/2: 0.986

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VEY

7vey

解像度: 2.2→27.395 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	2618	10.05 %
R_work	0.1728	23438	-
obs	0.1779	26056	64.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.48 Å² / B_iso mean: 43.8759 Å² / B_iso min: 12.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→27.395 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2972	0	19	86	3077
B_iso mean	-	-	53.03	35.14	-
残基数	-	-	-	-	389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3058
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	4152
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	472
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	530
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.149	1823

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2-2.2399	0.2479	65	0.1986	601	32
2.2399-2.283	0.2788	66	0.2026	664	35
2.283-2.3295	0.2757	100	0.2038	678	36
2.3295-2.3802	0.24	69	0.215	751	39
2.3802-2.4355	0.2895	103	0.2174	787	41
2.4355-2.4964	0.3031	98	0.2297	864	46
2.4964-2.5638	0.2821	104	0.2251	916	48
2.5638-2.6392	0.2554	113	0.2233	1019	54
2.6392-2.7243	0.2685	121	0.2167	1107	58
2.7243-2.8216	0.2466	129	0.2305	1248	64
2.8216-2.9344	0.2586	157	0.2189	1309	70
2.9344-3.0678	0.256	161	0.2264	1436	74
3.0678-3.2293	0.2784	145	0.2074	1477	77
3.2293-3.4313	0.2591	180	0.1882	1549	82
3.4313-3.6956	0.2212	185	0.162	1647	86
3.6956-4.0665	0.2163	191	0.1482	1760	92
4.0665-4.6524	0.1759	205	0.1268	1833	96
4.6524-5.8521	0.1868	219	0.1422	1880	99
5.8521-27.395	0.1885	207	0.152	1912	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.3509 Å / Origin y: -24.6019 Å / Origin z: 10.3941 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2135 Å²	-0.0399 Å²	-0.073 Å²	-	0.2518 Å²	-0.0524 Å²	-	-	0.2519 Å²
L	0.7459 °²	-0.1824 °²	-0.2041 °²	-	2.2005 °²	0.2536 °²	-	-	1.479 °²
S	-0.0155 Å °	-0.0461 Å °	0.1201 Å °	0.2395 Å °	0.1402 Å °	-0.5585 Å °	-0.1936 Å °	0.3582 Å °	0.0021 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	12 - 412
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	421
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 86

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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