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万見
- PDB-7yj7: Crystal structure of Stenoloma chusanum chalcone synthase 1 (ScCH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yj7
タイトルCrystal structure of Stenoloma chusanum chalcone synthase 1 (ScCHS1) complex with Naringenin
要素chalcone synthase 1 (ScCHS1)
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / flavonoids biosynthesis / chalcone synthase / Stenoloma chusanum
機能・相同性ナリンゲニン
機能・相同性情報
生物種Odontosoria chusana (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Li, J.X. / Cheng, A.X. / Zhang, P.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770330 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000228 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870720 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2022
タイトル: Molecular and structural characterization of a promiscuous chalcone synthase from the fern species Stenoloma chusanum.
著者: Ni, R. / Niu, M. / Fu, J. / Tan, H. / Zhu, T.T. / Zhang, J. / Lou, H.X. / Zhang, P. / Li, J.X. / Cheng, A.X.
履歴
登録2022年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chalcone synthase 1 (ScCHS1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7782
ポリマ－44,5061
非ポリマー2721
水4,576254
1
A: chalcone synthase 1 (ScCHS1)
ヘテロ分子

A: chalcone synthase 1 (ScCHS1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5574
ポリマ－89,0122
非ポリマー5452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.426, 72.294, 82.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-635-

HOH

21A-718-

HOH

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要素

#1: タンパク質 chalcone synthase 1 (ScCHS1)


分子量: 44506.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Odontosoria chusana (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NAR / NARINGENIN / ナリンゲニン / ナリンゲニン


分子量: 272.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→32.713 Å / Num. obs: 24501 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.997→2.069 Å / Num. unique obs: 1774 / CC1/2: 0.937

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7VEY

7vey


解像度: 1.997→32.713 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1979 2000 8.16 %
Rwork0.1756 22501 -
obs0.1774 24501 89.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.91 Å2 / Biso mean: 28.3034 Å2 / Biso min: 9.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.997→32.713 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2972 0 20 254 3246
Biso mean--29.02 32.73 -
残基数----389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013059
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0144154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.118471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2071118
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9973-2.04730.22741010.1811113365
2.0473-2.10260.18431100.1695124571
2.1026-2.16450.21411180.1857132775
2.1645-2.23430.21961230.1751138479
2.2343-2.31410.20841320.1793147884
2.3141-2.40680.221400.182158290
2.4068-2.51630.22981510.1899169595
2.5163-2.64890.24821550.1951175099
2.6489-2.81470.20651580.19381770100
2.8147-3.03190.19671590.18451788100
3.0319-3.33680.20351590.17981797100
3.3368-3.8190.19811610.1651804100
3.819-4.80910.18481630.15291832100
4.8091-32.7130.15781700.1771191699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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