[日本語] English
万見
- PDB-7yir: Crystal structure of N-terminal PH domain of ARAP3 protein from human -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yir
タイトルCrystal structure of N-terminal PH domain of ARAP3 protein from human
要素Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / ARAP3 / PH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / vesicle-mediated transport / ruffle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / regulation of actin cytoskeleton organization ...phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / vesicle-mediated transport / ruffle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / regulation of actin cytoskeleton organization / lamellipodium / cytoskeleton / signal transduction / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ARAP, RhoGAP domain / : / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. ...ARAP, RhoGAP domain / : / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Zhang, Y.J. / Liu, Y.R. / Wu, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Structural Insights Uncover the Specific Phosphoinositide Recognition by the PH1 Domain of Arap3.
著者: Zhang, Y. / Ge, L. / Xu, L. / Liu, Y. / Wang, J. / Liu, C. / Zhao, H. / Xing, L. / Wang, J. / Wu, B.
履歴
登録2022年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1632
ポリマ－13,0571
非ポリマー1061
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area6130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)102.634, 102.634, 45.506
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-318-

HOH

21A-331-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Arf-GAP with Rho-GAP domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3 / Centaurin-delta-3 / Cnt-d3


分子量: 13056.944 Da / 分子数: 1 / 断片: PH1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARAP3, CENTD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWN8
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-TRIS (pH 6.5), 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.099→50 Å / Num. obs: 8653 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.099→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.357 / Num. unique obs: 429

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.19.2-4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UPR

1upr


解像度: 2.099→33.595 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 424 5.2 %
Rwork0.1845 7726 -
obs0.1867 8150 93.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.69 Å2 / Biso mean: 37.2688 Å2 / Biso min: 16.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.099→33.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数799 0 17 36 852
Biso mean--42.18 34.61 -
残基数----99
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9761103
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.679499
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0992-2.40290.24861450.1811243291
2.4029-3.02710.26831430.198253394
3.0271-33.5950.20321360.1794276196
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.4534 Å / Origin y: -29.2362 Å / Origin z: 0.9186 Å
111213212223313233
T0.2011 Å2-0.0183 Å20.0014 Å2-0.126 Å20.0126 Å2--0.1668 Å2
L4.4891 °20.1628 °20.0976 °2-1.8161 °20.0968 °2--3.6084 °2
S-0.1353 Å °-0.058 Å °0.0359 Å °0.0923 Å °0.0382 Å °0.1347 Å °-0.1148 Å °-0.0447 Å °0.0893 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 3 through 101)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る