PDB-7ygh: Crystal Structure of the ring nuclease Sso2081 from Saccharolobus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ygh

タイトル

Crystal Structure of the ring nuclease Sso2081 from Saccharolobus solfataricus in complex with cyclic-tetraadenylate (cA4)

要素

CRISPR system ring nuclease SSO2081
RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')

キーワード

HYDROLASE / Sso2081 / ring nuclease / cyclic-tetraadenylates(cA4) / protein-cA4 complex

機能・相同性

CRISPR-assoc protein, NE0113/Csx13 / CRISPR-associated protein NE0113 (Cas_NE0113) / Restriction endonuclease type II-like / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / defense response to virus / lyase activity / cytoplasm / RNA / CRISPR system ring nuclease SSO2081

機能・相同性情報

生物種

Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.11 Å

データ登録者

Lin, Z. / Du, L. / Luo, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of stepwise cyclic tetra-adenylate cleavage by the type III CRISPR ring nuclease Crn1/Sso2081.
著者: Du, L. / Zhang, D. / Luo, Z. / Lin, Z.

履歴

登録	2022年7月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年3月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ygh.cif.gz	91.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ygh.ent.gz	65.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ygh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ygh_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ygh_full_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示
XML形式データ	7ygh_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	7ygh_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/7ygh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/7ygh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yglC 7yhlSC 8htwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CRISPR system ring nuclease SSO2081

B: CRISPR system ring nuclease SSO2081

C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')

42.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.052, 38.837, 72.965
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.798, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CRISPR system ring nuclease SSO2081 分子量: 20812.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: SSO2081 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q7LYJ6, 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; -
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PAPAPAPA)-3') 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate, pH 5.0, 22% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550, 5% w/v n-Dodecyl-B-D-maltoside

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.11→50 Å / Num. obs: 6715 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.84
反射シェル	解像度: 3.11→3.22 Å / R_merge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique obs: 665 / CC_1/2: 0.602 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX		モデル構築
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7YHL

7yhl

解像度: 3.11→28.556 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.262 / WR_factor R_work: 0.242 / SU B: 27.222 / SU ML: 0.467 / Average fsc free: 0.9427 / Average fsc work: 0.9503 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.555 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2584	328	4.888 %	RANDOM
R_work	0.2379	6382	-	-
all	0.239	-	-	-
obs	-	6710	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 136.267 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.611 Å²	-0 Å²	3.216 Å²
2-	-	-0.998 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.681 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.11→28.556 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2850	88	0	1	2939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2989
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.016	2860
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.71	1.644	4035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.65	1.564	6683
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.048	5	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.948	10	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.191	10	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.526	10	121
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.169	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	2911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.021	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.22	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.284	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	21.768	13.556	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	21.768	13.557	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	30.398	20.206	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	30.391	20.205	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	19.825	14.365	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	19.821	14.366	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	29.122	21.094	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	29.116	21.092	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	38.41	254.996	11665
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	38.409	254.98	11666

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.11-3.189	0.383	23	0.337	448	0.339	487	0.914	0.919	96.7146	0.305
3.189-3.276	0.387	25	0.339	438	0.342	463	0.904	0.915	100	0.311
3.276-3.369	0.328	20	0.333	437	0.333	457	0.924	0.922	100	0.306
3.369-3.472	0.252	17	0.3	435	0.298	453	0.96	0.939	99.7793	0.265
3.472-3.584	0.387	20	0.28	422	0.284	442	0.896	0.948	100	0.242
3.584-3.707	0.282	24	0.264	394	0.265	418	0.957	0.956	100	0.231
3.707-3.845	0.25	17	0.251	394	0.251	411	0.965	0.957	100	0.222
3.845-3.999	0.268	23	0.24	355	0.242	378	0.962	0.962	100	0.217
3.999-4.173	0.261	16	0.259	353	0.259	369	0.97	0.959	100	0.24
4.173-4.372	0.264	19	0.28	360	0.279	379	0.957	0.949	100	0.261
4.372-4.602	0.308	15	0.254	325	0.256	340	0.929	0.959	100	0.247
4.602-4.874	0.195	17	0.228	329	0.226	346	0.959	0.966	100	0.226
4.874-5.199	0.276	20	0.252	278	0.254	298	0.955	0.959	100	0.247
5.199-5.6	0.396	12	0.237	294	0.242	306	0.893	0.966	100	0.242
5.6-6.112	0.368	15	0.268	235	0.274	252	0.937	0.959	99.2063	0.274
6.112-6.794	0.189	16	0.247	237	0.243	253	0.977	0.959	100	0.268
6.794-7.772	0.215	9	0.213	216	0.213	225	0.965	0.969	100	0.232
7.772-9.347	0.093	7	0.155	185	0.152	192	0.994	0.986	100	0.184
9.347-12.563	0.237	6	0.15	147	0.153	153	0.967	0.983	100	0.206
12.563-28.556	0.281	7	0.227	100	0.231	108	0.928	0.967	99.0741	0.297

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