PDB-7yft: Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268V/A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yft

タイトル

Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268V/A82C/L181M in complex with N-imidazolyl-pentanoyl-L-phenylalanine, indane and hydroxylamine

要素

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / P450 BM3 heme domain

機能・相同性

機能・相同性情報

aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Dong, S. / Chen, J. / Jiang, Y. / Cong, Z. / Feng, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Regiodivergent and Enantioselective Hydroxylation of C-H bonds by Synergistic Use of Protein Engineering and Exogenous Dual-Functional Small Molecules.
著者: Chen, J. / Dong, S. / Fang, W. / Jiang, Y. / Chen, Z. / Qin, X. / Wang, C. / Zhou, H. / Jin, L. / Feng, Y. / Wang, B. / Cong, Z.

履歴

登録	2022年7月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yft.cif.gz	543.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yft.ent.gz	452.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/7yft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/7yft	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7yd9C 7ydaC 7ydbC 7ydcC 7yddC 7ydeC 7yjeC 7yjfC 7yjgC 7yjhC 1fagS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (14) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (10) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
54.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.930, 143.730, 62.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.010, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Fatty acid monooxygenase / Flavocytochrome P450 BM3 分子量: 53532.082 Da / 分子数: 2 / 変異: A82C,F87A,L181M,T268V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア) 株: ATCC 14581 / DSM 32 / CCUG 1817 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / NRRL B-14308 / VKM B-512 / Ford 19 遺伝子: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase

#1: タンパク質

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Fatty acid monooxygenase / Flavocytochrome P450 BM3

分子量: 53532.082 Da / 分子数: 2 / 変異: A82C,F87A,L181M,T268V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)
株: ATCC 14581 / DSM 32 / CCUG 1817 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / NRRL B-14308 / VKM B-512 / Ford 19
遺伝子: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase

-
非ポリマー , 5種, 675分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HOA / HYDROXYAMINE / ヒドロキシルアミン分子量: 33.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-16N / 2,3-dihydro-1H-indene / indan / インダン分子量: 118.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-IRV / (2~{S})-2-(5-imidazol-1-ylpentanoylamino)-3-phenyl-propanoic acid 分子量: 315.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH7.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→38.477 Å / Num. obs: 114919 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 1.604 % / B_iso Wilson estimate: 20.62 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.067 / Χ²: 1.427 / Net I/σ(I): 10.95 / Num. measured all: 184326

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	1.652	0.121	5.62	14464	9758	8755	0.954	0.167	89.7
2.05-2.11	1.641	0.105	6.45	14112	9570	8599	0.966	0.145	89.9
2.11-2.17	1.633	0.096	7.21	13427	9179	8223	0.971	0.133	89.6
2.17-2.24	1.62	0.085	7.83	12898	9012	7961	0.977	0.118	88.3
2.24-2.31	1.6	0.08	8.53	12283	8699	7675	0.979	0.111	88.2
2.31-2.39	1.578	0.073	9.11	11709	8386	7420	0.983	0.102	88.5
2.39-2.48	1.59	0.065	9.89	11239	8216	7070	0.984	0.09	86.1
2.48-2.58	1.619	0.061	10.55	10962	7714	6771	0.985	0.085	87.8
2.58-2.7	1.603	0.057	11.42	10349	7545	6456	0.987	0.079	85.6
2.7-2.83	1.591	0.051	12.32	9640	7139	6059	0.988	0.071	84.9
2.83-2.98	1.598	0.048	13.13	9108	6817	5699	0.988	0.068	83.6
2.98-3.16	1.588	0.047	14.11	8549	6451	5384	0.988	0.066	83.5
3.16-3.38	1.582	0.042	14.98	8008	5995	5061	0.989	0.059	84.4
3.38-3.65	1.577	0.042	15.69	7435	5671	4716	0.989	0.059	83.2
3.65-4	1.577	0.039	16.03	6998	5167	4438	0.991	0.055	85.9
4-4.47	1.577	0.036	16.34	6542	4709	4149	0.992	0.051	88.1
4.47-5.16	1.597	0.038	16.38	5868	4132	3674	0.99	0.053	88.9
5.16-6.32	1.582	0.036	15.81	4957	3492	3134	0.992	0.05	89.7
6.32-8.94	1.603	0.036	16.45	3866	2668	2411	0.993	0.051	90.4
8.94-38.477	1.513	0.03	16.45	1912	1475	1264	0.996	0.043	85.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1fag

1fag

解像度: 2→38.477 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2658	3625	3.15 %
R_work	0.2411	111272	-
obs	0.2419	114897	87.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.44 Å² / B_iso mean: 29.7168 Å² / B_iso min: 7.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→38.477 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7253	0	306	667	8226
B_iso mean	-	-	56.72	27.5	-
残基数	-	-	-	-	903

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.0264	0.3333	139	0.2826	4459	89
2.0264-2.0541	0.339	139	0.2782	4333	91
2.0541-2.0835	0.3298	148	0.279	4547	91
2.0835-2.1146	0.2742	142	0.2695	4342	89
2.1146-2.1476	0.3122	142	0.271	4398	90
2.1476-2.1828	0.338	144	0.2653	4329	89
2.1828-2.2204	0.2702	141	0.2583	4297	88
2.2204-2.2608	0.2639	139	0.2545	4384	89
2.2608-2.3043	0.2489	141	0.2539	4328	88
2.3043-2.3513	0.3111	142	0.2587	4324	88
2.3513-2.4024	0.2985	142	0.2654	4407	89
2.4024-2.4583	0.3177	145	0.2653	4177	86
2.4583-2.5198	0.2969	137	0.2611	4240	87
2.5198-2.5879	0.2748	146	0.2706	4319	87
2.5879-2.664	0.3519	141	0.2646	4206	86
2.664-2.75	0.2907	132	0.242	4133	85
2.75-2.8482	0.2383	138	0.2585	4221	84
2.8482-2.9622	0.2705	132	0.2416	4060	84
2.9622-3.097	0.2922	124	0.2453	4079	83
3.097-3.2602	0.2435	135	0.2355	4125	85
3.2602-3.4643	0.2195	134	0.2303	4139	84
3.4643-3.7316	0.2451	136	0.2173	4058	83
3.7316-4.1068	0.2404	139	0.21	4258	87
4.1068-4.7001	0.2256	136	0.1995	4345	88
4.7001-5.9182	0.2402	149	0.2265	4370	89
5.9182-38.4	0.2246	142	0.2311	4394	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3818	0.7878	-1.3777	0.5855	-0.4256	1.5686	-0.0372	0.3433	0.2545	-0.0318	0.0633	0.0336	-0.1286	-0.0913	-0.0313	0.1587	0.0186	-0.0298	0.1815	0.0476	0.1913	-19.7732	-13.9564	-21.8158
2	1.8782	-0.6212	0.8014	1.4693	0.1616	1.6445	0.1061	0.265	-0.2835	-0.375	-0.0777	0.1378	-0.073	-0.1114	-0.0592	0.304	0.0028	-0.0147	0.1726	-0.0219	0.3236	-17.3718	-37.7455	-17.0855
3	4.9867	0.5532	0.0371	0.2287	0.2095	-0.1921	-0.0027	-0.1697	-0.4765	0.0457	-0.0371	0.0875	0.0581	0.0095	0.0239	0.245	-0.0111	0.0583	0.1666	0.0411	0.1942	-24.0188	-30.6375	-9.6921
4	1.8726	-0.3397	0.3159	1.2818	-0.2852	1.002	-0.0393	-0.0452	0.2313	0.082	0.0281	-0.0947	-0.1093	0.0353	0.0034	0.1458	-0.0451	-0.0072	0.1084	0.0018	0.1699	-7.253	-21.0324	-8.0878
5	2.1776	0.3881	2.4215	0.5738	1.6139	5.5216	-0.006	-0.093	-0.1062	0.043	0.0848	0.1568	0.1683	-0.053	-0.0815	0.1725	0.0004	-0.0154	0.1292	0.0442	0.2183	3.3383	-16.232	27.8736
6	2.5101	1.5311	-0.395	1.6066	-0.5456	0.576	-0.0572	-0.0215	0.1802	-0.0087	0.0836	-0.0342	-0.0909	-0.0586	-0.0103	0.1598	0.0493	-0.0331	0.1035	0.0089	0.2369	-0.7392	6.2128	11.2749
7	1.7376	1.4642	-1.4147	1.5826	-1.8971	1.9261	0.1835	-0.594	0.2328	0.6488	-0.1563	0.0326	-0.3543	0.1291	0.0112	0.4266	-0.0055	-0.0243	0.396	-0.0524	0.3534	-0.6408	10.227	25.2782
8	1.3538	0.475	-0.2074	1.1091	-0.1928	0.7513	-0.0037	-0.0492	0.0981	0.0916	0.0283	0.0667	-0.0973	-0.0541	0.0032	0.1659	0.0133	-0.0457	0.1295	0.0073	0.195	4.0877	-0.8114	11.9627

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 108 )	A	5 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 226 )	A	109 - 226
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 227 through 282 )	A	227 - 282
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 283 through 455 )	A	283 - 455
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 72 )	B	4 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 73 through 158 )	B	73 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 159 through 195 )	B	159 - 195
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 196 through 455 )	B	196 - 455

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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