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- PDB-7yfk: The structure of human pregnane X receptor in complex with an SRC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yfk
タイトルThe structure of human pregnane X receptor in complex with an SRC-1 coactivator peptide and a limonoid compound, nomilin
要素Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2,Nuclear receptor coactivator 1
キーワードTRANSCRIPTION / Complex / Activator / Drug Binding / Nuclear Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic transport / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / intermediate filament cytoskeleton / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / steroid metabolic process ...xenobiotic transport / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / intermediate filament cytoskeleton / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / steroid metabolic process / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / xenobiotic catabolic process / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RORA activates gene expression / positive regulation of neuron differentiation / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / xenobiotic metabolic process / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to progesterone / nuclear receptor binding / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / PPARA activates gene expression / Heme signaling / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / RNA polymerase II transcription regulator complex / cerebral cortex development / nuclear receptor activity / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / : / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator ...Nuclear receptor coactivator 1 / : / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor
類似検索 - ドメイン・相同性
Nomilin / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Xia, Y. / Yao, D. / Huang, C. / Cao, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670849 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFC1004704 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Pregnane X receptor agonist nomilin extends lifespan and healthspan in preclinical models through detoxification functions.
著者: Fan, S. / Yan, Y. / Xia, Y. / Zhou, Z. / Luo, L. / Zhu, M. / Han, Y. / Yao, D. / Zhang, L. / Fang, M. / Peng, L. / Yu, J. / Liu, Y. / Gao, X. / Guan, H. / Li, H. / Wang, C. / Wu, X. / Zhu, H. ...著者: Fan, S. / Yan, Y. / Xia, Y. / Zhou, Z. / Luo, L. / Zhu, M. / Han, Y. / Yao, D. / Zhang, L. / Fang, M. / Peng, L. / Yu, J. / Liu, Y. / Gao, X. / Guan, H. / Li, H. / Wang, C. / Wu, X. / Zhu, H. / Cao, Y. / Huang, C.
履歴
登録2022年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2023年6月14日ID: 7CHG
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2,Nuclear receptor coactivator 1
B: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2,Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1444
ポリマ－77,1152
非ポリマー1,0292
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area27650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.986, 90.163, 106.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2,Nuclear receptor coactivator 1 / Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and ...Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and xenobiotic receptor / SXR / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 38557.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 2-306; pregnane X receptor, 307-321:linker, 313-337:SRC-1, 338-340: tag,2-306; pregnane X receptor, 307-321:linker, 313-337:SRC-1, 338-340: tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I2, PXR, NCOA1, BHLHE74, SRC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75469, UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-G3L / Nomilin / [(1R,2R,4S,7S,8S,11R,12R,13S,18R)-7-(furan-3-yl)-1,8,12,17,17-pentamethyl-5,15,20-trioxo-3,6,16-trioxapentacyclo[9.9.0.02,4.02,8.012,18]icosan-13-yl] acetate


分子量: 514.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H34O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 10% (v/v) 2-propanol, 100 mM Imidazole/ Hydrochloric acid, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37.3 Å / Num. obs: 48171 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 41.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05394 / Net I/σ(I): 19.68
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4750 / CC1/2: 0.809

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X0R

5x0r


解像度: 2.1→37.3 Å / 交差検証法: THROUGHOUT /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.194 --
obs-47751 99.03 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4709 0 74 187 4970

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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