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- PDB-7yf6: Crystal structure of HIV-1 protease in complex with macrocyclic p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yf6
タイトルCrystal structure of HIV-1 protease in complex with macrocyclic peptide
要素
  • Macrocyclic Peptide
  • Protease
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Aspartic peptidase, active site ...: / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Kusumoto, Y. / Sato, S. / Yamada, T. / Kozono, I. / Nakata, Z. / Asada, N. / Mitsuki, S. / Wakasa-Morimoto, C. / Tohru, M. / Watanabe, A. ...Kusumoto, Y. / Sato, S. / Yamada, T. / Kozono, I. / Nakata, Z. / Asada, N. / Mitsuki, S. / Wakasa-Morimoto, C. / Tohru, M. / Watanabe, A. / Hayashi, K. / Mikamiyama, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Highly Potent and Oral Macrocyclic Peptides as a HIV-1 Protease Inhibitor: mRNA Display-Derived Hit-to-Lead Optimization.
著者: Kusumoto, Y. / Hayashi, K. / Sato, S. / Yamada, T. / Kozono, I. / Nakata, Z. / Asada, N. / Mitsuki, S. / Watanabe, A. / Wakasa-Morimoto, C. / Uemura, K. / Arita, S. / Miki, S. / Mizutare, T. / Mikamiyama, H.
履歴
登録2022年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年4月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
C: Macrocyclic Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8374
ポリマ－22,8133
非ポリマー241
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area9360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.877, 49.325, 122.078
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protease / Retropepsin


分子量: 10830.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WFL7
#2: タンパク質・ペプチド Macrocyclic Peptide


分子量: 1151.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 22.5% w/v polyethylene glycol 3,350 and 0.1 M magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→31.39 Å / Num. obs: 13521 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.01-2.086.20.27313040.9620.1190.2991.07399.8
2.08-2.176.40.2213230.9560.0930.2391.231100
2.17-2.266.50.17513420.9810.0740.190.854100
2.26-2.386.60.14713080.9850.0620.160.858100
2.38-2.536.70.11713280.9890.0490.1271100
2.53-2.736.80.08713340.9940.0360.0940.77100
2.73-36.90.06413510.9970.0260.0690.775100
3-3.446.90.04313590.9980.0180.0460.72100
3.44-4.336.80.03313780.9980.0130.0350.6100
4.33-106.30.03714940.9970.0160.0411.36499.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0218精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LL3

4ll3


解像度: 2.01→31.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 4.222 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2343 635 4.7 %RANDOM
Rwork0.1916 ---
obs0.1937 12833 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.58 Å2 / Biso mean: 23.692 Å2 / Biso min: 12.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→31.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1530 0 17 98 1645
Biso mean--29.56 32.57 -
残基数----206
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1441.992140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6823.0013560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6735203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.14624.4949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55615259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.726157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02282
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.062 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 41 -
Rwork0.219 924 -
obs--99.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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