PDB-7ydt: Crystal structure of mouse MPND

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ydt

タイトル

Crystal structure of mouse MPND

要素

MPN domain containing protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / MPND

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 /

metallopeptidase activity /

histone binding /

transcription coactivator activity /

クロマチンリモデリング / positive regulation of transcription by RNA polymerase II /

タンパク質分解 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.055 Å

データ登録者

Yang, M. / Chen, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Structures of MPND Reveal the Molecular Recognition of Nucleosomes.
著者: Yang, M. / Li, X. / Tian, Z. / Ma, L. / Ma, J. / Liu, Y. / Shang, G. / Liang, A. / Wu, W. / Chen, Z.

履歴

登録	2022年7月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ydt.cif.gz	50.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ydt.ent.gz	34.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ydt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/7ydt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/7ydt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ydwC 6pbdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4)

登録構造単位

A: MPN domain containing protein

B: MPN domain containing protein

34 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MPN domain containing protein

登録者が定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MPN domain containing protein

登録者が定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.677, 62.838, 112.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	MPN domain containing protein 分子量: 17005.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mpnd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3TV65
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.24 % / 解説: slice
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, Bis Tris, ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 17365 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / Num. unique obs: 732 / CC_1/2: 0.883

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6PBD

6pbd

解像度: 2.055→41.971 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / WR_factor R_free: 0.249 / WR_factor R_work: 0.23 / SU B: 4.897 / SU ML: 0.126 / Average fsc free: 0.8886 / Average fsc work: 0.8981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2495	885	5.234 %
R_work	0.2296	16024	-
all	0.231	-	-
obs	-	16909	97.419 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.645 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.293 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.023 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.055→41.971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1427	0	0	62	1489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.149	1.636	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.091	1.589	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.513	5	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.557	22.419	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.324	15	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.337	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	336
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.169	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	662
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	616
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.109	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.22	3.706	727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.22	3.704	726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.081	5.54	902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.079	5.543	903
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.202	3.836	733
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.201	3.837	734
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.092	5.67	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.091	5.671	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.725	40.749	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.693	40.706	1573

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.055-2.108	0.334	64	0.307	965	X-RAY DIFFRACTION	81.4082
2.108-2.166	0.298	58	0.296	1024	X-RAY DIFFRACTION	89.0535
2.166-2.229	0.342	68	0.288	1091	X-RAY DIFFRACTION	95.5482
2.229-2.297	0.3	47	0.259	1087	X-RAY DIFFRACTION	99.3865
2.297-2.372	0.338	54	0.257	1066	X-RAY DIFFRACTION	99.9108
2.372-2.456	0.307	38	0.252	1048	X-RAY DIFFRACTION	100
2.456-2.548	0.309	54	0.246	1000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.548-2.652	0.239	58	0.229	958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.652-2.77	0.18	56	0.232	916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.905	0.185	51	0.219	910	X-RAY DIFFRACTION	99.896
2.905-3.061	0.258	49	0.236	834	X-RAY DIFFRACTION	99.8869
3.061-3.247	0.294	42	0.22	797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.247-3.47	0.284	56	0.22	757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.747	0.249	38	0.2	708	X-RAY DIFFRACTION	99.4667
3.747-4.103	0.235	35	0.196	657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.103-4.585	0.157	40	0.183	597	X-RAY DIFFRACTION	100
4.585-5.29	0.182	33	0.181	533	X-RAY DIFFRACTION	99.8236
5.29-6.467	0.275	25	0.258	468	X-RAY DIFFRACTION	99.7976
6.467-9.098	0.179	10	0.248	381	X-RAY DIFFRACTION	100
9.098-41.971	0.517	9	0.333	227	X-RAY DIFFRACTION	95.935

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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