PDB-7ydw: Crystal structure of the MPND-DNA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ydw

タイトル

Crystal structure of the MPND-DNA complex

要素

DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
MPN domain-containing protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / MPND-DNA / COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Yang, M. / Chen, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Structures of MPND Reveal the Molecular Recognition of Nucleosomes.
著者: Yang, M. / Li, X. / Tian, Z. / Ma, L. / Ma, J. / Liu, Y. / Shang, G. / Liang, A. / Wu, W. / Chen, Z.

履歴

登録	2022年7月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ydw.cif.gz	108.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ydw.ent.gz	74.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ydw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/7ydw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/7ydw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ydtSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4)

登録構造単位

A: MPN domain-containing protein

B: MPN domain-containing protein

E: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

F: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

C: MPN domain-containing protein

D: MPN domain-containing protein

74.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.783, 62.922, 69.085
Angle α, β, γ (deg.)	72.583, 89.876, 89.976
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	MPN domain-containing protein 分子量: 17005.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mpnd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q3TV65, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') 分子量: 3087.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') 分子量: 2996.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, sodium citrate, ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 21839 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.47→2.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / Num. unique obs: 899 / CC_1/2: 0.894

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7YDT

7ydt

解像度: 2.47→33.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.884 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / WR_factor R_free: 0.254 / WR_factor R_work: 0.245 / SU B: 11.911 / SU ML: 0.246 / Average fsc free: 0.8443 / Average fsc work: 0.8492 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.268 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2536	1107	5.295 %
R_work	0.2454	19799	-
all	0.246	-	-
obs	-	20906	95.93 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.658 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.596 Å²	-1.187 Å²	0.543 Å²
2-	-	-5.688 Å²	-1.263 Å²
3-	-	-	6.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.47→33.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2841	409	0	161	3411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	3368
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.181	1.57	4628
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.186	1.701	6700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.691	5	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.768	22.821	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.634	15	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.714	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	739
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	487
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.388	4.979	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.388	4.977	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.961	7.437	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.96	7.439	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.979	5.355	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.979	5.357	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.429	7.979	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.429	7.979	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.071	53.703	3585
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.059	53.643	3576

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.47-2.534	0.359	88	0.346	1246	X-RAY DIFFRACTION	81.4408
2.534-2.603	0.291	73	0.352	1268	X-RAY DIFFRACTION	87.0214
2.603-2.679	0.287	59	0.312	1342	X-RAY DIFFRACTION	92.1105
2.679-2.761	0.409	70	0.317	1335	X-RAY DIFFRACTION	94.8683
2.761-2.851	0.312	82	0.293	1304	X-RAY DIFFRACTION	97.4684
2.851-2.951	0.271	83	0.253	1285	X-RAY DIFFRACTION	98.0645
2.951-3.062	0.285	74	0.239	1249	X-RAY DIFFRACTION	98.8789
3.062-3.186	0.252	70	0.234	1229	X-RAY DIFFRACTION	98.5584
3.186-3.327	0.313	58	0.239	1155	X-RAY DIFFRACTION	98.859
3.327-3.489	0.259	52	0.235	1124	X-RAY DIFFRACTION	98.7406
3.489-3.677	0.19	71	0.209	1032	X-RAY DIFFRACTION	99.1906
3.677-3.898	0.234	67	0.199	983	X-RAY DIFFRACTION	98.8701
3.898-4.166	0.176	40	0.178	960	X-RAY DIFFRACTION	99.4036
4.166-4.497	0.158	52	0.163	864	X-RAY DIFFRACTION	99.3492
4.497-4.922	0.192	30	0.173	844	X-RAY DIFFRACTION	99.3182
4.922-5.496	0.156	32	0.181	715	X-RAY DIFFRACTION	99.6
5.496-6.334	0.239	34	0.248	663	X-RAY DIFFRACTION	99.7139
6.334-7.726	0.343	31	0.287	549	X-RAY DIFFRACTION	99.1453
7.726-10	0.237	31	0.332	408	X-RAY DIFFRACTION	100
10.799-33.44	0.729	9	0.681	240	X-RAY DIFFRACTION	96.5116

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)