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- PDB-7yds: The structure of the bispecific antibody targeted PD-L1 and 4-1BB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yds
タイトルThe structure of the bispecific antibody targeted PD-L1 and 4-1BB
要素
  • Anti-PDL1-VH-CH1
  • Anti-PDL1-VL-CL
  • Programmed cell death 1 ligand 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / Checkpoint inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor ligand activity / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gao, Y. / Zhu, M. / Liu, W.T. / Cheng, L.S. / Zhu, Z.L. / Niu, L.W.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31621002 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92153302 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0504903 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A bispecific antibody targeted PD-L1 and 4-1BB induces a potent antitumor immune activity in colorectal cancer without systemic toxicity
著者: Zhu, M. / Gao, Y.
履歴
登録2022年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: Anti-PDL1-VH-CH1
C: Anti-PDL1-VL-CL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1923
ポリマ－64,1923
非ポリマー00
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.076, 94.880, 96.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / PD-L1 / PDCD1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / hPD-L1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 17080.676 Da / 分子数: 1 / 変異: N35Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 抗体 Anti-PDL1-VH-CH1


分子量: 23386.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Anti-PDL1-VL-CL


分子量: 23725.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18% PEG4000, 0.1M Bis-tris pH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→13.14 Å / Num. obs: 29320 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 24.45 Å2 / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1091 / Rpim(I) all: 0.1091 / Rrim(I) all: 0.1544 / Net I/σ(I): 8.23
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.5817 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 2885 / CC1/2: 0.455 / CC star: 0.791 / Rpim(I) all: 0.5817 / Rrim(I) all: 0.8226 / % possible all: 99.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCdata processing
Aimlessデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CrysalisProデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WKM, 3BIS

6wkm

3bis


解像度: 2.3→13.14 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 1412 4.82 %
Rwork0.1943 27908 -
obs0.1968 29320 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.39 Å2 / Biso mean: 29.8084 Å2 / Biso min: 7.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→13.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4225 0 0 398 4623
Biso mean---31.31 -
残基数----551
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.380.33661360.289127492885
2.38-2.480.32971580.273127132871
2.48-2.590.31951430.255927572900
2.59-2.720.27191310.238327832914
2.72-2.890.31121160.227227822898
2.89-3.110.2941450.205627892934
3.11-3.420.21081380.18427742912
3.42-3.910.22211430.163727962939
3.91-4.880.19071650.142128142979
4.88-13.140.20381370.164929513088

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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