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- PDB-7ydg: Crystal structure of human SARS2 catalytic domain with a disease ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ydg
タイトルCrystal structure of human SARS2 catalytic domain with a disease related mutation
要素Serine--tRNA ligase, mitochondrial
キーワードLIGASE / mitochondrial Seryl-tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial seryl-tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / tRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine--tRNA ligase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wu, S. / Li, P. / Zhou, X.L. / Fang, P.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778064 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977107 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Selective degradation of tRNASer(AGY) is the primary driver for mitochondrial seryl-tRNA synthetase-related disease.
著者: Yu, T. / Zhang, Y. / Zheng, W.Q. / Wu, S. / Li, G. / Zhang, Y. / Li, N. / Yao, R. / Fang, P. / Wang, J. / Zhou, X.L.
履歴
登録2022年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine--tRNA ligase, mitochondrial
B: Serine--tRNA ligase, mitochondrial
C: Serine--tRNA ligase, mitochondrial
D: Serine--tRNA ligase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,6394
ポリマ－157,6394
非ポリマー00
水00
1
A: Serine--tRNA ligase, mitochondrial
B: Serine--tRNA ligase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8202
ポリマ－78,8202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23260 Å2
手法PISA
2
C: Serine--tRNA ligase, mitochondrial
D: Serine--tRNA ligase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8202
ポリマ－78,8202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.180, 144.180, 245.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 184 - 498 / Label seq-ID: 17 - 331

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD

-
要素

#1: タンパク質
Serine--tRNA ligase, mitochondrial / SerRSmt / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase


分子量: 39409.828 Da / 分子数: 4 / 変異: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SARS2, SARSM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NP81, serine-tRNA ligase

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na citrate, PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.18 Å / Num. obs: 42890 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 100.73 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.273 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.28 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 853392
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.2-3.3221.14.3629299944150.490.9644.4681100
11.97-49.1816.10.077152609460.9960.0210.0829.198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
PHENIX1.13精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WLE

1wle


解像度: 3.2→25.45 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.43 / 位相誤差: 23.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 1995 5.39 %
Rwork0.2028 34989 -
obs0.2042 36984 85.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 333.19 Å2 / Biso mean: 122.6718 Å2 / Biso min: 39.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→25.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7952 0 0 0 7952
残基数----1008
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3040X-RAY DIFFRACTION9.409TORSIONAL
12B3040X-RAY DIFFRACTION9.409TORSIONAL
13C3040X-RAY DIFFRACTION9.409TORSIONAL
14D3040X-RAY DIFFRACTION9.409TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.320.3525270.314148551212
3.32-3.450.31341000.26831747184744
3.45-3.610.27552240.25683933415797
3.61-3.80.25312310.225440434274100
3.8-4.030.23022290.204640264255100
4.03-4.340.20242320.177240564288100
4.34-4.780.1952320.15940834315100
4.78-5.460.20362350.175541164351100
5.46-6.860.28482370.248741604397100
6.86-25.450.21682480.202543404588100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 66.6538 Å / Origin y: 107.013 Å / Origin z: 87.0388 Å
111213212223313233
T0.776 Å2-0.0847 Å2-0.0818 Å2-0.5089 Å20.1212 Å2--0.6034 Å2
L1.6588 °20.0643 °20.3137 °2-1.0523 °20.0036 °2--1.7553 °2
S0.006 Å °0.0298 Å °0.031 Å °0.2933 Å °-0.1701 Å °-0.2776 Å °-0.0531 Å °0.7369 Å °0.1115 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA184 - 498
2X-RAY DIFFRACTION1allB184 - 498
3X-RAY DIFFRACTION1allC184 - 498
4X-RAY DIFFRACTION1allD184 - 498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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