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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ydd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268P/V78I in complex with N-imidazolyl-pentanoyl-L-phenylalanine,propylbenzene and hydroxylamine | ||||||
要素 | P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268P/V78I | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / P450 BM3 heme domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding ...NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.663 Å | ||||||
データ登録者 | Dong, S. / Chen, J. / Jiang, Y. / Cong, Z. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023 タイトル: Regiodivergent and Enantioselective Hydroxylation of C-H bonds by Synergistic Use of Protein Engineering and Exogenous Dual-Functional Small Molecules. 著者: Chen, J. / Dong, S. / Fang, W. / Jiang, Y. / Chen, Z. / Qin, X. / Wang, C. / Zhou, H. / Jin, L. / Feng, Y. / Wang, B. / Cong, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ydd.cif.gz | 400.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ydd.ent.gz | 321.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ydd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/7ydd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/7ydd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7yd9C 7ydaC 7ydbC 7ydcC 7ydeC 7yftC 7yjeC 7yjfC 7yjgC 7yjhC 1fagS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 53493.988 Da / 分子数: 2 / 変異: V78I,F87A,T268P/ / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P14779 |
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-非ポリマー , 5種, 972分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH7.5, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.64→74.26 Å / Num. obs: 218554 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 22.95 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 11.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1fag 解像度: 1.663→37.508 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.48 Å2 / Biso mean: 31.0357 Å2 / Biso min: 10.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.663→37.508 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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