PDB-7yda: Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87V/T268V/A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yda

タイトル

Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87V/T268V/A184V in complex with N-imidazolyl-pentanoyl-L-phenylalanine and hydroxylamine

要素

Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / P450 BM3 heme domain

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.557 Å

データ登録者

Dong, S. / Chen, J. / Jiang, Y. / Cong, Z. / Feng, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Regiodivergent and Enantioselective Hydroxylation of C-H bonds by Synergistic Use of Protein Engineering and Exogenous Dual-Functional Small Molecules.
著者: Chen, J. / Dong, S. / Fang, W. / Jiang, Y. / Chen, Z. / Qin, X. / Wang, C. / Zhou, H. / Jin, L. / Feng, Y. / Wang, B. / Cong, Z.

履歴

登録	2022年7月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yda.cif.gz	401.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yda.ent.gz	324 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yda.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yda_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yda_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	7yda_validation.xml.gz	44.8 KB	表示
CIF形式データ	7yda_validation.cif.gz	68.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/7yda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/7yda	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yd9C 7ydbC 7ydcC 7yddC 7ydeC 7yftC 7yjeC 7yjfC 7yjgC 7yjhC 1fagS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (14) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (10) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
54.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.505, 147.013, 64.541
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.960, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Fatty acid monooxygenase / Flavocytochrome P450 BM3 分子量: 53538.086 Da / 分子数: 2 / 変異: F87V,A184V,T268V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア) 株: ATCC 14581 / DSM 32 / CCUG 1817 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / NRRL B-14308 / VKM B-512 / Ford 19 遺伝子: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-IRV / (2~{S})-2-(5-imidazol-1-ylpentanoylamino)-3-phenyl-propanoic acid 分子量: 315.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-HOA / HYDROXYAMINE / ヒドロキシルアミン分子量: 33.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1063 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH7.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.557→73.51 Å / Num. obs: 271644 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.81 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.6 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.56-1.64	0.449	77754	21347	0.794	0.272	0.526	2.5	95.8
4.92-73.51	0.036	17122	4711	0.996	0.022	0.042	28.2	96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FAG

1fag

解像度: 1.557→39.434 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1983	3677	1.35 %
R_work	0.168	267967	-
obs	0.1684	271644	89.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.67 Å² / B_iso mean: 27.1611 Å² / B_iso min: 9.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.557→39.434 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7322	0	234	1063	8619
B_iso mean	-	-	18.51	38.83	-
残基数	-	-	-	-	908

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.557-1.5772	0.2915	141	0.2557	10388	89
1.5772-1.5988	0.2317	140	0.2435	10296	91
1.5988-1.6216	0.2593	149	0.2341	10586	91
1.6216-1.6458	0.2497	145	0.2305	10421	91
1.6458-1.6716	0.2697	148	0.2307	10544	91
1.6716-1.699	0.2486	139	0.2152	10485	91
1.699-1.7283	0.2019	142	0.2092	10486	91
1.7283-1.7597	0.2294	144	0.2066	10476	91
1.7597-1.7935	0.2652	144	0.2146	10355	90
1.7935-1.8301	0.2471	138	0.2018	10311	90
1.8301-1.8699	0.2135	137	0.1932	10132	88
1.8699-1.9134	0.2017	144	0.1814	10217	89
1.9134-1.9613	0.201	144	0.1731	10464	90
1.9613-2.0143	0.2021	147	0.1704	10342	90
2.0143-2.0736	0.1845	145	0.1698	10292	90
2.0736-2.1405	0.2155	140	0.1644	10200	88
2.1405-2.217	0.19	139	0.1613	10051	88
2.217-2.3058	0.2263	135	0.1624	10199	88
2.3058-2.4107	0.2172	136	0.169	10107	88
2.4107-2.5378	0.2188	135	0.1722	10083	88
2.5378-2.6967	0.2162	135	0.1765	10146	88
2.6967-2.9049	0.2146	139	0.1766	10153	88
2.9049-3.1971	0.217	136	0.1686	10209	89
3.1971-3.6594	0.1851	143	0.1487	10127	88
3.6594-4.6094	0.1476	145	0.1335	10394	90
4.6094-39.4	0.1577	147	0.1522	10503	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4563	-0.256	0.8646	0.6522	-0.2722	1.3922	0.0057	-0.1103	-0.0857	0.068	0.024	0.0337	0.0557	-0.0678	-0.0376	0.156	-0.013	0.0106	0.1597	0.0022	0.1406	-1.9721	-12.0216	24.8574
2	1.34	0.3917	-0.5546	1.1647	-0.3034	0.9721	0.0111	-0.1953	0.2195	0.2049	-0.0277	0.0333	-0.1089	-0.0003	-0.0012	0.1979	0.01	-0.0202	0.1475	-0.0415	0.2031	0.5123	12.1941	18.5973
3	6.0561	-0.2906	0.1774	0.3475	0.0218	0.3215	-0.0855	0.0559	0.2838	-0.0142	0.0517	0.1049	-0.0643	-0.0733	0.0383	0.2043	-0.0054	-0.0172	0.1451	0.0177	0.2004	-6.6432	4.9671	11.5408
4	0.6651	0.2584	-0.0687	0.8639	-0.1526	0.6182	0.0066	0.0516	-0.0319	-0.0343	0.0072	-0.0621	0.026	0.0374	-0.0088	0.1307	0.0128	-0.0087	0.1404	-0.013	0.1443	10.4143	-4.9673	9.8394
5	2.1969	-0.1666	-1.5191	0.7388	0.3311	3.4131	0.0525	0.1971	0.2335	-0.0292	0.0369	-0.0114	-0.2017	0.0699	-0.0778	0.2003	-0.0089	-0.0115	0.1718	0.0463	0.2301	-14.6217	-8.8232	-26.4871
6	1.8385	-0.8839	0.276	1.2823	-0.3728	0.3634	0.0166	0.0466	-0.151	0.0249	0.0026	0.0221	0.0446	-0.0209	-0.029	0.1551	-0.0163	-0.0018	0.1335	-0.0277	0.167	-18.8643	-32.4915	-10.5336
7	1.1521	0.1149	0.0794	1.5917	-1.2914	1.5694	-0.0607	0.3992	-0.2514	-0.4538	0.005	-0.0374	0.3329	-0.0145	0.0493	0.3428	-0.0297	0.0443	0.2822	-0.1123	0.2861	-22.7723	-37.2803	-25.3661
8	6.4273	0.3168	-0.2341	0.2227	0.0612	0.3616	-0.0676	0.0403	-0.2489	0.0256	0.035	0.0867	0.0656	-0.0639	0.0483	0.2205	-0.0031	0.0212	0.1664	0.0066	0.2022	-24.642	-31.2186	-10.199
9	1.1705	-0.458	0.5204	1.0034	-0.6429	1.0314	-0.0068	-0.0012	0.1129	0.0907	-0.0072	-0.0048	-0.1441	0.0304	0.035	0.1904	-0.0165	0.0076	0.1608	-0.0277	0.1675	-9.3418	-18.7617	-7.0818
10	2.5835	-1.3405	1.1441	2.3665	-0.9809	2.8541	0.1343	0.1242	-0.0695	-0.2339	0.0036	-0.0085	0.2282	-0.0142	-0.1086	0.1545	-0.0295	-0.0041	0.1664	-0.0276	0.1767	0.4708	-33.537	-13.8824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 108 )	A	3 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 226 )	A	109 - 226
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 227 through 282 )	A	227 - 282
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 283 through 456 )	A	283 - 456
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 72 )	B	3 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 73 through 158 )	B	73 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 159 through 226 )	B	159 - 226
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 227 through 282 )	B	227 - 282
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 283 through 424 )	B	283 - 424
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 425 through 456 )	B	425 - 456

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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