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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yce | ||||||
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タイトル | KRas G12C in complex with Compound 7b | ||||||
![]() | Isoform 2B of GTPase KRas | ||||||
![]() | ONCOPROTEIN/inhibitor / ONCOPROTEIN-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-IQN / Isoform 2B of GTPase KRas![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Amano, Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Discovery and biological evaluation of 1-{2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}prop-2-en-1-one derivatives as covalent inhibitors of KRAS G12C with favorable metabolic stability and anti-tumor activity. 著者: Imaizumi, T. / Akaiwa, M. / Abe, T. / Nigawara, T. / Koike, T. / Satake, Y. / Watanabe, K. / Kaneko, O. / Amano, Y. / Mori, K. / Yamanaka, Y. / Nagashima, T. / Shimazaki, M. / Kuramoto, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7yccC ![]() 4l8gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 19358.836 Da / 分子数: 1 / 変異: G12C, C118S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 99分子 ![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/IQN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/IQN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-GDP / |
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-IQN / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, ammonium sulfate, PEG550MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→22.94 Å / Num. obs: 17961 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 18.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4L8G 解像度: 1.8→22.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.88 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 4.501 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.79 Å2 / Biso mean: 25.494 Å2 / Biso min: 8.49 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→22.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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