+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ycc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | KRas G12C in complex with Compound 5c | ||||||
![]() | Isoform 2B of GTPase KRas | ||||||
![]() | ONCOPROTEIN/INHIBITOR / ONCOPROTEIN-inhibitor complex | ||||||
Function / homology | small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-IQC / Isoform 2B of GTPase KRas![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Amano, Y. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
![]() | ![]() Title: Discovery and biological evaluation of 1-{2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}prop-2-en-1-one derivatives as covalent inhibitors of KRAS G12C with favorable metabolic stability and anti-tumor activity. Authors: Imaizumi, T. / Akaiwa, M. / Abe, T. / Nigawara, T. / Koike, T. / Satake, Y. / Watanabe, K. / Kaneko, O. / Amano, Y. / Mori, K. / Yamanaka, Y. / Nagashima, T. / Shimazaki, M. / Kuramoto, K. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 122.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 93.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7yceC ![]() 4l8gS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 19358.836 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.35 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: MES, ammonium sulfate, PEG550MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Nov 4, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.79→50 Å / Num. obs: 53071 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 2.835 / Net I/σ(I): 17.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4L8G Resolution: 1.79→33.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.211 / SU ML: 0.101 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.14 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.77 Å2 / Biso mean: 35.302 Å2 / Biso min: 14.07 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.79→33.72 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.794→1.841 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|