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- PDB-7ycc: KRas G12C in complex with Compound 5c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ycc
タイトルKRas G12C in complex with Compound 5c
要素Isoform 2B of GTPase KRas
キーワードONCOPROTEIN/INHIBITOR / ONCOPROTEIN-inhibitor complex
機能・相同性small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-IQC / Isoform 2B of GTPase KRas
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Amano, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery and biological evaluation of 1-{2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}prop-2-en-1-one derivatives as covalent inhibitors of KRAS G12C with favorable metabolic stability and anti-tumor activity.
著者: Imaizumi, T. / Akaiwa, M. / Abe, T. / Nigawara, T. / Koike, T. / Satake, Y. / Watanabe, K. / Kaneko, O. / Amano, Y. / Mori, K. / Yamanaka, Y. / Nagashima, T. / Shimazaki, M. / Kuramoto, K.
履歴
登録2022年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
B: Isoform 2B of GTPase KRas
C: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,29412
ポリマ－58,0773
非ポリマー3,2189
水3,837213
1
A: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4314
ポリマ－19,3591
非ポリマー1,0733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7870 Å2
手法PISA
2
B: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4314
ポリマ－19,3591
非ポリマー1,0733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7900 Å2
手法PISA
3
C: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4314
ポリマ－19,3591
非ポリマー1,0733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.268, 94.407, 67.423
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.490, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-329-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19358.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-IQC / 1-[7-[6-chloranyl-8-fluoranyl-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-2-[(1-methylpiperidin-4-yl)amino]quinazolin-4-yl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]propan-1-one


分子量: 605.149 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H38ClFN8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, ammonium sulfate, PEG550MME

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 53071 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 2.835 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.833.30.18324420.9620.1190.2191.285.6
1.83-1.863.60.17624090.9690.1080.2071.45187.1
1.86-1.93.60.18525220.9570.1160.2192.14589.1
1.9-1.943.40.17825060.9330.1180.2142.66690.3
1.94-1.983.50.14326500.970.090.1692.36593.8
1.98-2.033.50.11126670.9810.070.1312.26396
2.03-2.083.30.11926210.9720.080.1442.93394.4
2.08-2.133.40.10127130.980.0650.1212.58796.7
2.13-2.23.20.08727430.9850.0570.1042.58596.8
2.2-2.273.20.08926620.980.0610.1083.07395.7
2.27-2.353.30.07527230.990.0490.0912.79297.3
2.35-2.443.60.07927280.9890.0490.0933.0397.4
2.44-2.553.60.07427300.990.0460.0873.24397.7
2.55-2.693.50.07427710.9890.0470.0883.70197.5
2.69-2.863.50.0727240.9910.0440.0833.71597.3
2.86-3.083.30.06227530.9920.040.0743.80297.3
3.08-3.393.10.05527450.9930.0360.0663.77797.3
3.39-3.883.40.05225750.9940.0330.0623.7892.3
3.88-4.883.40.04325780.9960.0270.0513.16890.3
4.88-503.40.03828090.9960.0240.0452.27597.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L8G

4l8g


解像度: 1.79→33.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.211 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 2709 5.1 %RANDOM
Rwork0.2116 ---
obs0.2139 50356 94.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.77 Å2 / Biso mean: 35.302 Å2 / Biso min: 14.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å20 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→33.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3946 0 216 213 4375
Biso mean--36.3 37.32 -
残基数----494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0124243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1881.7315758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7355488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.40122.707229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.4815744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.241529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.023383
LS精密化 シェル解像度: 1.794→1.841 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 164 -
Rwork0.274 3313 -
obs-3477 83.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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