PDB-7yb7: anti-apoptotic protein BCL-2-M12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yb7

タイトル

anti-apoptotic protein BCL-2-M12

要素

Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1
cp2 peptide

キーワード

APOPTOSIS / BCL-2 / M12 mutants / anti-apoptotic / cyclic peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

channel inhibitor activity / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process ...channel inhibitor activity / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process / myeloid cell apoptotic process / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / gland morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / stem cell development / dendritic cell proliferation / lymphoid progenitor cell differentiation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / T cell apoptotic process / melanocyte differentiation / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / glomerulus development / regulation of nitrogen utilization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / neuron maturation / focal adhesion assembly / negative regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of viral genome replication / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / oocyte development / negative regulation of execution phase of apoptosis / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / response to UV-B / calcium ion transport into cytosol / response to iron ion / negative regulation of ossification / motor neuron apoptotic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / smooth muscle cell migration / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / organ growth / negative regulation of B cell apoptotic process / hair follicle morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / apoptotic mitochondrial changes / digestive tract morphogenesis / response to cycloheximide / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / B cell lineage commitment / cellular response to alkaloid / positive regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / hepatocyte apoptotic process / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell homeostasis / germ cell development / BH3 domain binding / B cell homeostasis / humoral immune response / B cell proliferation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of anoikis / regulation of calcium ion transport / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Li, F.W. / Liu, C. / Wu, D.L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cyclic peptides discriminate BCL-2 and its clinical mutants from BCL-X L by engaging a single-residue discrepancy.
著者: Li, F. / Liu, J. / Liu, C. / Liu, Z. / Peng, X. / Huang, Y. / Chen, X. / Sun, X. / Wang, S. / Chen, W. / Xiong, D. / Diao, X. / Wang, S. / Zhuang, J. / Wu, C. / Wu, D.

履歴

登録	2022年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yb7.cif.gz	83.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yb7.ent.gz	61 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/7yb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/7yb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y8dC 7y90C 7y99C 7ya5C 7yaaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (12) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (12)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1

B: Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1

C: cp2 peptide

D: cp2 peptide

ヘテロ分子

38.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1

C: cp2 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1

D: cp2 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.761, 104.788, 111.525
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X 分子量: 17593.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2, BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10415, UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド	cp2 peptide 分子量: 1429.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: This is a cyclic peptide, with a special linker IQ8 connected with A and C. 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-IQ8 / N-(2-acetamidoethyl)-4-(4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)benzamide 分子量: 291.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₇N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.84 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.0 M Lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 29689 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.107 / Χ²: 1.044 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.25-2.29	22.3	0.432	742	0.987	0.997	0.093	0.442	1.143	100
2.29-2.33	24.2	0.392	756	0.985	0.996	0.081	0.401	1.13	100
2.33-2.38	24.1	0.346	760	0.988	0.997	0.072	0.354	1.139	100
2.38-2.42	24	0.342	740	0.99	0.997	0.071	0.35	1.1	100
2.42-2.48	23.6	0.299	768	0.989	0.997	0.063	0.306	1.123	100
2.48-2.53	23.5	0.268	733	0.99	0.998	0.056	0.274	1.16	100
2.53-2.6	23.2	0.23	757	0.994	0.998	0.048	0.235	1.151	100
2.6-2.67	22.6	0.22	761	0.994	0.998	0.047	0.225	1.194	100
2.67-2.75	21.1	0.185	751	0.992	0.998	0.041	0.19	1.247	100
2.75-2.83	23	0.163	769	0.995	0.999	0.035	0.167	1.143	100
2.83-2.94	23.7	0.145	760	0.996	0.999	0.03	0.148	1.094	100
2.94-3.05	23.8	0.133	756	0.997	0.999	0.028	0.136	1.099	100
3.05-3.19	23.4	0.127	773	0.996	0.999	0.027	0.13	1.098	100
3.19-3.36	23.1	0.11	763	0.997	0.999	0.023	0.113	1.026	100
3.36-3.57	21.3	0.105	777	0.996	0.999	0.023	0.108	1.058	100
3.57-3.85	23	0.102	781	0.997	0.999	0.021	0.104	1.057	100
3.85-4.23	23.4	0.096	777	0.997	0.999	0.02	0.098	0.971	100
4.23-4.85	22.5	0.086	790	0.998	0.999	0.018	0.088	0.847	100
4.85-6.1	21	0.073	819	0.996	0.999	0.016	0.075	0.602	100
6.1-50	20.1	0.062	886	0.998	1	0.015	0.064	0.518	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→25.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.256 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19375	1656	5.3 %	RANDOM
R_work	0.17522	-	-	-
obs	0.17626	29689	99.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.972 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→25.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2476	0	0	261	2737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.961	1.653	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.553	1.603	5119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.376	5	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.836	21.779	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.786	15	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.242	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.606	3.025	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.593	3.026	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.123	4.504	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.121	4.503	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.797	3.676	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.796	3.676	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.853	5.269	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.228	57.158	10665
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.252	56.874	10477
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4587	0.09
1	2	B	4587	0.09
2	1	C	298	0.12
2	2	D	298	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.253 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	111	-
R_work	0.194	2105	-
obs	-	-	96.9 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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