PDB-7yaa: Crystal structure analysis of cp3 bound BCLxl

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yaa

タイトル

Crystal structure analysis of cp3 bound BCLxl

要素

Bcl-2-like protein 1
cp3 peptide

キーワード

APOPTOSIS (アポトーシス) /

Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway /

受精 / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of growth /

Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / cellular response to alkaloid / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria /

BH3 domain binding / apoptotic mitochondrial changes / germ cell development / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential /

regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / response to cytokine / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane /

エンドサイトーシス / RAS processing / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage /

精子形成 / neuron apoptotic process / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus /

核膜 /

ミトコンドリア内膜 / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane /

ミトコンドリアマトリックス / protein heterodimerization activity /

中心体 / negative regulation of apoptotic process /

protein kinase binding /

小胞体 / protein homodimerization activity /

ミトコンドリア / identical protein binding /

細胞質基質 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Li, F.W. / Liu, C. / Wu, C.L. / Wu, D.L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cyclic peptides discriminate BCL-2 and its clinical mutants from BCL-X L by engaging a single-residue discrepancy.
著者: Li, F. / Liu, J. / Liu, C. / Liu, Z. / Peng, X. / Huang, Y. / Chen, X. / Sun, X. / Wang, S. / Chen, W. / Xiong, D. / Diao, X. / Wang, S. / Zhuang, J. / Wu, C. / Wu, D.

履歴

登録	2022年6月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yaa.cif.gz	51.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yaa.ent.gz	33.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yaa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7yaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7yaa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y8dC 7y90C 7y99C 7ya5C 7yb7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Bcl-2-like protein 1

B: cp3 peptide

ヘテロ分子

17.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bcl-2-like protein 1

B: cp3 peptide

ヘテロ分子

A: Bcl-2-like protein 1

B: cp3 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.520, 99.874, 51.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Bcl-2-like protein 1 / / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X 分子量: 16190.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド	cp3 peptide 分子量: 1278.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-JJ9 / N-(2-acetamidoethyl)-4-(4-methanoyl-1,3-thiazol-2-yl)benzamide 分子量: 317.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₅N₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 400, Tris, Magnesium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.976 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月21日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 35428 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.136 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.142 / Χ²: 0.977 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 444458

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.4-1.42	10.4	0.596	1747	0.881	0.968	0.182	0.625	0.903	97.4
1.42-1.45	11.5	0.528	1714	0.92	0.979	0.156	0.552	0.912	98.9
1.45-1.48	12.1	0.475	1737	0.94	0.984	0.139	0.496	0.942	99.6
1.48-1.51	12.5	0.415	1767	0.958	0.989	0.12	0.433	0.948	99.8
1.51-1.54	12.5	0.384	1751	0.962	0.99	0.112	0.401	0.971	99.7
1.54-1.58	11.9	0.359	1737	0.959	0.99	0.107	0.375	0.99	99.7
1.58-1.62	12.6	0.315	1765	0.973	0.993	0.091	0.328	1.03	99.5
1.62-1.66	13.4	0.283	1779	0.977	0.994	0.08	0.294	1.054	99.8
1.66-1.71	13.2	0.259	1747	0.98	0.995	0.074	0.27	1.039	99.7
1.71-1.76	13.1	0.231	1755	0.984	0.996	0.066	0.241	1.031	99.6
1.76-1.83	12.8	0.215	1766	0.982	0.995	0.062	0.224	1.071	99.5
1.83-1.9	11.8	0.19	1771	0.983	0.996	0.057	0.199	1.055	99.3
1.9-1.99	13.5	0.173	1755	0.988	0.997	0.049	0.179	1.04	99.8
1.99-2.09	13.3	0.155	1781	0.989	0.997	0.044	0.161	1.019	99.7
2.09-2.22	13.1	0.144	1771	0.986	0.996	0.042	0.15	1.016	99.4
2.22-2.39	12.2	0.137	1781	0.988	0.997	0.041	0.143	0.983	99.4
2.39-2.63	13.3	0.128	1789	0.994	0.998	0.036	0.133	0.961	99.9
2.63-3.02	13.2	0.121	1809	0.99	0.997	0.035	0.126	0.921	99.7
3.02-3.8	12.3	0.111	1804	0.993	0.998	0.033	0.116	0.853	98.9
3.8-50	12.1	0.103	1902	0.994	0.999	0.031	0.108	0.767	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→24.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 0.795 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18147	1743	5 %	RANDOM
R_work	0.16222	-	-	-
obs	0.1632	32773	96.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.294 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→24.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1218	0	28	159	1405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.072	1.655	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.691	1.594	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.398	5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.972	22.329	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.74	15	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.631	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.771	1.356	603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.693	1.353	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.507	2.024	752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.51	2.025	753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.017	1.641	681
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.015	1.642	682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.597	2.355	988
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.54	25.994	5259
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.54	25.992	5259
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.434 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	120	-
R_work	0.241	1852	-
obs	-	-	75.88 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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